<br><div class="gmail_quote">W<span style="color: rgb(0, 0, 153);">e are using an i7 920 processor to run Gromacs-4.0.7 with openmpi-1.4.1. The simulations run well using 4 threads (using &quot;mpirun -np 4 mdrun...&quot;) but the performance is worse when we use 6 or 8 threads. Looking for some way to improve our performance we found out this forum and then started to try use threads without openmpi. We compiled gromacs again and used the command line as described here (&quot;mdrun -nt 8...&quot;), but the following error appears:</span><br style="color: rgb(0, 0, 153);">


<br style="color: rgb(0, 0, 153);"><span style="color: rgb(0, 0, 153);">------</span><br style="color: rgb(0, 0, 153);"><span style="color: rgb(0, 0, 153);">Program mdrun, VERSION 4.0.7</span><br style="color: rgb(0, 0, 153);">


<span style="color: rgb(0, 0, 153);">Source code file: mdrun.c, line: 410</span><br style="color: rgb(0, 0, 153);"><br style="color: rgb(0, 0, 153);"><span style="color: rgb(0, 0, 153);">Fatal error:</span><br style="color: rgb(0, 0, 153);">


<span style="color: rgb(0, 0, 153);">GROMACS compiled without threads support - can only use one thread</span><br style="color: rgb(0, 0, 153);"><span style="color: rgb(0, 0, 153);">------</span><br style="color: rgb(0, 0, 153);">


<br style="color: rgb(0, 0, 153);"><span style="color: rgb(0, 0, 153);">But in gromacs-4.0.7 threads are not supposed to be ON by default?</span><br><br clear="all"><br><br>
</div><br>