<div>Dear Users.</div>
<div> </div>
<div>I am a relative new user of GROMACS and I have some doubts:</div>
<div> </div>
<div>I would like to perform a energy minimization (with water and iones) of a crystal in orden to re-build the H-bonds responsible of the secundary structure, to achieve this goal I want to restraint the movement of the protein (aminoacids) and permit the movement of the H-bonds as a product of add Hydrogens with pdb2gmx.</div>

<div> </div>
<div>I think that this task could be define/establish in CONSTRAINS in the &quot;.mdp&quot; file, I searched in the web and only find this:</div>
<div> </div>
<div>
<h3>Bonds</h3>
<dl>
<dt>
<h4>constraints:</h4>
<dd>
<dl compact>
<dt><b>none</b> 
<dd>No constraints except for those defined explicitly in the topology, i.e. bonds are represented by a harmonic (or other) potential or a Morse potential (depending on the setting of <b>morse</b>) and angles by a harmonic (or other) potential. 
<dt><b>hbonds</b> 
<dd>Convert the bonds with H-atoms to constraints. 
<dt><b>all-bonds</b> 
<dd>Convert all bonds to constraints. 
<dt><b>h-angles</b> 
<dd>Convert all bonds and additionally the angles that involve H-atoms to bond-constraints. 
<dt><b>all-angles</b> 
<dd>Convert all bonds and angles to bond-constraints. </dd></dt></dd></dt></dd></dt></dd></dt></dd></dt></dl></dd></dt></dl>
<dl></dl>
<dl>What option shoud I use for my objective? My objetive, is it possible to do? I would be very grateful if someone can help me with some ideas or advices.</dl>
<dl></dl>
<dl>thanks in advance</dl>
<dl>Miguel</dl></div>