<div>Dear Justin,</div>
<div> </div>
<div>
<p style="TEXT-ALIGN: justify; MARGIN: 0in 0in 0pt" class="MsoNormal">I am sorry for the poor description of the problem, OK let me explain you clearly here.</p>
<p style="TEXT-ALIGN: justify; MARGIN: 0in 0in 0pt" class="MsoNormal"> </p>
<p style="TEXT-ALIGN: justify; MARGIN: 0in 0in 0pt" class="MsoNormal">I have taken a decapeptide and solvated it with box size 6.0 nm, I want to create a frozen wall (confined sphere) around protein after a certain radius (in this case it is 2.5 nm). To achieve this i made two temperature coupling groups, first (Tmp1) one has protein and waters within 2.5nm from the center of the box and rest is second temperature coupling group (Tmp2). Initially when i run the simulation it was creating nrdf = 0 for both groups, Berk has helped me with a file readir.c file, i compiled my gromacs again that problem was solved. I have submitted simulations again and found that the energy was blowing up. I think you know the story after this. Earlier I want protein to interact with inner wall of the frozen group and check what happens, because of this I have never looked at the energygrps_excl option. I have done with both 2 and 4 fs time steps and I took 4fs option to speed up the simulation, and I have to still look at the paper you suggested me. </p>

<p style="TEXT-ALIGN: justify; MARGIN: 0in 0in 0pt" class="MsoNormal"> </p>
<p style="TEXT-ALIGN: justify; MARGIN: 0in 0in 0pt" class="MsoNormal">Thanks for your suggestions, I have implemented your suggestion one after the other, finally when i use the energygrps_excl option it worked out. Now there is no sudden drift in the energy, and also i checked the velocities of non-frozen group is mostly zero (except for first frame)</p>

<p style="TEXT-ALIGN: justify; MARGIN: 0in 0in 0pt" class="MsoNormal"> </p>
<p style="TEXT-ALIGN: justify; MARGIN: 0in 0in 0pt" class="MsoNormal">When I use the energygrps_excel option in the following way i am getting the below mentioned note i have to still understand what is this message. On the other hand if i use only &quot;energygrp_excl  = Tmp2 Tmp2 Tmp2 Tmp1&quot;  line in mdp file i am getting fatal error. Is it necessary to to define the energy groups first and later exclude the energy option? </p>

<p style="TEXT-ALIGN: justify; MARGIN: 0in 0in 0pt" class="MsoNormal">+++++++++++++++++++++++++++++</p>
<p style="TEXT-ALIGN: justify; MARGIN: 0in 0in 0pt" class="MsoNormal">energygrps     = Tmp1 Tmp2<br>energygrp_excl  = Tmp2 Tmp2 Tmp2 Tmp1</p>
<p style="TEXT-ALIGN: justify; MARGIN: 0in 0in 0pt" class="MsoNormal">++++++++++++++++++++++++++++++++</p>
<p style="TEXT-ALIGN: justify; MARGIN: 0in 0in 0pt" class="MsoNormal">NOTE</p>
<p style="TEXT-ALIGN: justify; MARGIN: 0in 0in 0pt" class="MsoNormal">&quot;Can not exclude the lattice Coulomb energy between energy groups&quot; </p>
<p style="TEXT-ALIGN: justify; MARGIN: 0in 0in 0pt" class="MsoNormal">I used -maxwarn option here and generated the tpr file. I hope this does not harm the simulation. </p>
<p style="TEXT-ALIGN: justify; MARGIN: 0in 0in 0pt" class="MsoNormal"> </p>
<p style="TEXT-ALIGN: justify; MARGIN: 0in 0in 0pt" class="MsoNormal">Please let me know your comments and suggestion.</p>
<p style="TEXT-ALIGN: justify; MARGIN: 0in 0in 0pt" class="MsoNormal"> </p>
<p style="TEXT-ALIGN: justify; MARGIN: 0in 0in 0pt" class="MsoNormal">Thanks very much for your kind help.</p>
<p style="TEXT-ALIGN: justify; MARGIN: 0in 0in 0pt" class="MsoNormal"> </p>
<p style="TEXT-ALIGN: justify; MARGIN: 0in 0in 0pt" class="MsoNormal">Srinivas.</p><br><br></div>
<div class="gmail_quote">On Thu, Apr 8, 2010 at 8:21 PM, Justin A. Lemkul <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote style="BORDER-LEFT: #ccc 1px solid; MARGIN: 0px 0px 0px 0.8ex; PADDING-LEFT: 1ex" class="gmail_quote">
<div>
<div></div>
<div class="h5"><br><br>jampani srinivas wrote:<br>
<blockquote style="BORDER-LEFT: #ccc 1px solid; MARGIN: 0px 0px 0px 0.8ex; PADDING-LEFT: 1ex" class="gmail_quote">Dear Justin,<br> Thanks for your responce. Here is my mdp file.<br> +++++++++++++++++++++++++++++++++++++++<br>
title           = AB2130<br>cpp             = /usr/bin/cpp<br>constraints     = all-bonds<br>integrator      = md<br>dt              = 0.004 ; ps !<br>nsteps          = 25000000 ; total 100.0 ns.<br>nstcomm         = 1<br>
nstxout         = 1000 ; collect data     every 2.0 ps<br>nstvout         = 1000 ; collect velocity every 2.0 ps<br>nstfout         = 0<br>nstlog          = 0<br>nstenergy       = 1000 ; collect energy   every 2.0 ps<br>nstlist         = 10<br>
ns_type         = grid<br>rlist           = 1.0<br>coulombtype     = PME<br>rcoulomb        = 1.0<br>rvdw            = 1.0<br>rvdw_switch     = 0.9<br>fourierspacing  = 0.12<br>fourier_nx      = 0<br>fourier_ny      = 0<br>
fourier_nz      = 0<br>pme_order       = 4<br>ewald_rtol      = 1e-5<br>optimize_fft    = yes<br>; Berendsen temperature coupling is on in two groups<br>Tcoupl          = V-rescale<br>tau_t           = 0.1      0.1<br>tc-grps         = Tmp1     Tmp2<br>
ref_t           = 283.0    0.0<br>gen_vel         = yes<br>gen_temp        = 283.0<br>acc_grps        = Tmp1<br>accelerate      = 0.1 0.1 0.1<br>gen_seed        = 181726<br>freezegrps      = Tmp2<br>freezedim       = Y Y Y<br>
++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++<br></blockquote><br></div></div>There are a whole host of reasons that you&#39;re seeing an energy drift.  Perhaps you should give a more detailed description of what you&#39;re trying to do.  Per your original message, you imply that you have a very simple system of some frozen and non-frozen group, which is clearly oversimplified.  A few thoughts:<br>
<br>1. You&#39;re applying constant acceleration, so you&#39;re introducing non-equilibrium conditions.  What is Tmp1?  Could it be working against Tmp2 (frozen) in some way that is causing a clash?<br><br>2. You&#39;re not using energrygrp_excl for your frozen group.  Per the manual:<br>
<br>&quot;To avoid spurious contributions to the virial and pressure due to large forces between completely frozen atoms you need to use energy group exclusions, this also saves computing time.&quot;<br><br>3. Are you using virtual sites in addition to constraints?  Does a shorter timestep alleviate the energy drift?  Have a look at the Gromacs 4 paper for notes about use of virtual sites and constraints, and the effect on what&#39;s reasonable for the time step.<br>
<br>I&#39;d suggest working through this systematically - you&#39;ve got a ton of variables that could be opposing one another.  Introduce them one at a time to see where your system starts to break down.<br><br>-Justin<br>
<br>
<blockquote style="BORDER-LEFT: #ccc 1px solid; MARGIN: 0px 0px 0px 0.8ex; PADDING-LEFT: 1ex" class="gmail_quote">Thanks<br>Srinivas. 
<div class="im"><br>On Thu, Apr 8, 2010 at 7:52 PM, Justin A. Lemkul &lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a> &lt;mailto:<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a>&gt;&gt; wrote:<br>
<br><br><br>   jampani srinivas wrote:<br><br>       Hi<br>        Thanks for your response, I am allowing the two groups (frozen<br>       and non-frozen) groups interact each other, i guess i am getting<br>       the energy of total system from g_energy.<br>
        I checked the velocities of frozen group atoms, they are not<br>       &quot;zero&quot;. I have seen in git master that this problem was fixed<br>       and updated in md.c file, I have downloaded this from git master<br>
       and compiled my gromacs again still i found that frozen atoms<br>       gets the initial velocity.<br>        I am not at all clear why the energy of system should blow up,<br>       can you please help me if there is solution for this.<br>
        <br><br>   I haven&#39;t been following this closely; can you post an .mdp file?<br><br>   -Justin<br><br>       Thanks in advance.<br>        Srinivas.<br><br><br>       On Wed, Apr 7, 2010 at 4:47 PM, ms &lt;<a href="mailto:devicerandom@gmail.com" target="_blank">devicerandom@gmail.com</a><br>
</div>       &lt;mailto:<a href="mailto:devicerandom@gmail.com" target="_blank">devicerandom@gmail.com</a>&gt; &lt;mailto:<a href="mailto:devicerandom@gmail.com" target="_blank">devicerandom@gmail.com</a> 
<div class="im"><br>       &lt;mailto:<a href="mailto:devicerandom@gmail.com" target="_blank">devicerandom@gmail.com</a>&gt;&gt;&gt; wrote:<br><br>          jampani srinivas ha scritto:<br>           &gt; Dear Berk,<br>           &gt;<br>
           &gt; I am sorry if i am confusing you with my poor description<br>       of problem,<br>           &gt; actually I have submitted simulation with two temperature<br>          coupling groups (i<br>           &gt; think you already know that from our earlier<br>
       conversations) and<br>          found that<br>           &gt; there is a continuous increase in the total energy of the<br>       system.<br>          I could<br>           &gt; not observe any blowing in the output file but the system<br>
       energy is<br>           &gt; continuously increasing, i am using 4fs time step here.<br>       Can you<br>          please let<br>           &gt; me know if i have to give more details?<br>           &gt;<br><br>          Which part of the system is increasing its energy?<br>
<br>          m.<br>          --<br>          gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>       &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>
</div>          &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a> &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;&gt; 
<div>
<div></div>
<div class="h5"><br><br>          <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>          Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before<br>
          posting!<br>          Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>          www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a><br>
       &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt;<br>          &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a><br>
       &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt;&gt;.<br><br>          Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
<br><br><br><br>       --         *********************************************<br>       J. Srinivasa Rao<br>       Post-doctoral Research Associate<br>       C/o Prof. Luis R Cruz Cruz<br>       Computational Biophysics Group<br>
       Department of Physics<br>       Drexel University<br>       3141 Chestnut St<br>       Philadelphia, PA 19104, USA.<br>       Ph:  Off:     215-895-1989<br>             Mob:  704-706-4191<br>       Web:<a href="http://jsrao.web.officelive.com/default.aspx" target="_blank">http://jsrao.web.officelive.com/default.aspx</a><br>
       **********************************************<br><br><br><br>   --     ========================================<br><br>   Justin A. Lemkul<br>   Ph.D. Candidate<br>   ICTAS Doctoral Scholar<br>   MILES-IGERT Trainee<br>
   Department of Biochemistry<br>   Virginia Tech<br>   Blacksburg, VA<br></div></div>   jalemkul[at]<a href="http://vt.edu/" target="_blank">vt.edu</a> &lt;<a href="http://vt.edu/" target="_blank">http://vt.edu/</a>&gt; | (540) 231-9080 
<div>
<div></div>
<div class="h5"><br>   <a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br><br>   ========================================<br>
   --     gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>   &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>
   <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>   Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before<br>
   posting!<br>   Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www<br>   interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a><br>   &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt;.<br>
   Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br><br><br><br><br>-- <br>*********************************************<br>
J. Srinivasa Rao<br>Post-doctoral Research Associate<br>C/o Prof. Luis R Cruz Cruz<br>Computational Biophysics Group<br>Department of Physics<br>Drexel University<br>3141 Chestnut St<br>Philadelphia, PA 19104, USA.<br>Ph:  Off:     215-895-1989<br>
      Mob:  704-706-4191<br>Web:<a href="http://jsrao.web.officelive.com/default.aspx" target="_blank">http://jsrao.web.officelive.com/default.aspx</a><br>**********************************************<br><br><br></div></div>
</blockquote>
<div>
<div></div>
<div class="h5"><br>-- <br>========================================<br><br>Justin A. Lemkul<br>Ph.D. Candidate<br>ICTAS Doctoral Scholar<br>MILES-IGERT Trainee<br>Department of Biochemistry<br>Virginia Tech<br>Blacksburg, VA<br>
jalemkul[at]<a href="http://vt.edu/" target="_blank">vt.edu</a> | (540) 231-9080<br><a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>========================================<br>-- <br>gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br></div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>*********************************************<br>
J. Srinivasa Rao <br>Post-doctoral Research Associate<br>C/o Prof. Luis R Cruz Cruz<br>Computational Biophysics Group<br>Department of Physics<br>Drexel University<br>3141 Chestnut St<br>Philadelphia, PA 19104, USA.<br>Ph:  Off:     215-895-1989<br>
       Mob:  704-706-4191<br>Web:<a href="http://jsrao.web.officelive.com/default.aspx">http://jsrao.web.officelive.com/default.aspx</a><br>**********************************************<br><br><br>