<div>Dear users,</div>
<div>                  I am using gromacs to understand the protein-protein complex interaction stability prediction. for this I have used protein-protein docked complex as initial .pdb file to simulate. According to gromacs drug enzyme complex 3.3.1 tutorial, the .itp file needed as input for drug molecule as seperate from protein file. So please tell me is this compulsory to use small molecule as seperate, or can I perform MD simulation by taking complex structure as directly. I am little confuse about to do this because if I choose this then problem will occurs with calculating the g_hbond. the g_hbond analyze the H-bonds between the complex and with complex only. But I am intrested to calculate the H-bonds between the protein (receptor) and and protein (ligand). Please notify me how can I make this possible if no then tell me how to make .itp file of protein (ligand) without using PRODRUG2 SERVER. Because prodrug server produced the .itp file other than default amino acids example DRG.<br clear="all">

<br><br><br></div>