Hi gmx-users<br><br>I am somehow famliar with gromacs but only used it
with coarse grained force fields (Martini) so far, not with all atom
ones. I am now trying to run a simulation on a membrane protein system
(protein embedded in a POPC bilayer solvated with water) using the
gromos force field (Gromacs 4.0.2  ffG53a). Using gromacs tutorials I
managed to create the required input files (.gro, .top and .itp). I at
at the stage of running a energy minimization using position restraints
on the protein and the peptide molecules. I can grompp the input files <br>
<br>grompp -f min_posre.mdp -p topol.top -c system.gro -o topol.tpr -n index.ndx<br><br>with the following input file:<br><br>------------------------------<div id=":yc" class="ii gt">-------------------------------------------------------------------------------------<br>

define          = -DPOSRES -DPOSRES_LIPID<br>integrator      = steep         ; Algorithm (steep = steepest descent minimization)<br>emtol           = 100.0         ; Stop minimization when the maximum force &lt; 1000.0 kJ/mol/nm<br>

emstep          = 0.01          ; Energy step size<br>nsteps          = 50000         ; Maximum number of (minimization) steps to perform<br><br>; Parameters describing how to find the neighbors of each atom and how to calculate the interactions<br>

nstlist         = 1             ; Frequency to update the neighbor list and long range forces<br>ns_type         = grid          ; Method to determine neighbor list (simple, grid)<br>rlist           = 1.2           ; Cut-off for making neighbor list (short range forces)<br>

coulombtype     = PME           ; Treatment of long range electrostatic interactions<br>rcoulomb        = 1.2           ; Short-range electrostatic cut-off<br>rvdw            = 1.2           ; Short-range Van der Waals cut-off<br>

pbc             = xyz           ; Periodic Boundary Conditions (yes/no)<br>-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------<br><br>and the following topology file<br>

<br>-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------<br>; Include forcefield parameters<br>#include &quot;ffG53a6_lipid.itp&quot;<br><br>; Include chain topologies<br>

#include &quot;protein.itp&quot;<br><br>; Include Position restraint file<br>#ifdef POSRES<br>#include &quot;posre_protein.itp&quot;<br>#endif<br><br>; Include POPC topology<br>#include &quot;popc.itp&quot;<br><br>#ifdef POSRES_LIPID<br>

#include &quot;lipid_posre.itp&quot;<br>#endif<br><br>; Include water topology<br>#include &quot;spc.itp&quot;<br><br>; Include generic topology for ions<br>#include &quot;ions.itp&quot;<br><br>[ system ]<br>; Name<br>mscl protein with POPC bilayer<br>

<br>[ molecules ]<br>; Compound        #mols<br>Protein             1<br>POPC                242<br>SOL                 32145<br>CL-                 91<br>NA+                 91<br>-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------<br>

<br>When I run the simulation I get the following output after 16 steps of the minimisation<br>-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------<br>Stepsize too small, or no change in energy.<br>

Converged to machine precision,<br>but not to the requested precision Fmax &lt; 100<br><br>Double precision normally gives you higher accuracy.<br><br>Steepest Descents converged to machine precision in 16 steps,<br>but did not reach the requested Fmax &lt; 100.<br>

Potential Energy  =  8.0175742e+17<br>Maximum force     =            inf on atom 4443<br>Norm of force     =            inf<br>-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------<br>

<br>It seems there is an infinite force on atom 4443 but I don&#39;t really
understand what that means. The confout.gro structure looks ok ie the
system has not &quot;exploded&quot;. Should the protein not be restrained? How do
I know my position restraints actually work? I tried increasing the
force constant of the restraints or removing the restraints but still
get the same output. I also tried adding -DFLEXIBLE since I am using
the spc model, but still the same output. <br>
<br>can anyone tell me what that message actually means and what is wrong with my system?<br><br>thanks </div><br clear="all"><br>-- <br>Evelyne Deplazes<br><br>PhD student <br>Theoretical Chemistry group<br>University of Western Australia <br>
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