Hi,<br />
   I am trying to do normal mode analysis on a protein having 6398 atoms. I energy <br />
minimized the structure using steepest descent followed by L-BFGS minimization technique <br />
. The Fmax was equal to 9.67927896882578e-07.<br />
<br />
I then went on to perform normal mode analysis. The command was<br />
nohup mdrun_d -v -s new_nm.tpr -deffnm new_nm -mtx new_nm.mtx &<br />
<br />
Then ,when I tried to diagonalize the matrix , the command being:<br />
g_nmeig_d -f new_nm.mtx -s new_nm.tpr -ol eigenvalue.xvg -v eigenvector.trr<br />
<br />
I get the error message as :<br />
g_nmeig_d(1892) malloc: *** mmap(size=18446744072353271808) failed (error code=12)<br />
*** error: can't allocate region<br />
*** set a breakpoint in malloc_error_break to debug<br />
<br />
I am using a 8 node computer each with a RAM of 2 GB. ( g_nmeig_d runs on a single node).<br />
Gromacs has been compiled in 64 bit mode.<br />
<br />
I have no clue regarding this problem.<br />
Any suggestion will be of great help.<br />
Thanks in advance.<br />
Sarbani Chattopadhyay<br><Table border=0 Width=644 Height=57 cellspacing=0 cellpadding=0 style="font-family:Verdana;font-size:11px;line-height:15px;"><TR><td><A HREF="http://sigads.rediff.com/RealMedia/ads/click_nx.ads/www.rediffmail.com/signatureline.htm@Middle?" target="_blank"><IMG SRC="http://sigads.rediff.com/RealMedia/ads/adstream_nx.ads/www.rediffmail.com/signatureline.htm@Middle"></A></td></TR></Table>