Hello everybody,<div>                         I am going to simulate an enzyme complex taking a ligand at active site and another ligand at allosteric site. When I ran md simulation taking ligand at active site only then it was ok. But when I am running the simulation taking both the ligand it is showing error &quot;1-4 interaction between 3481 and 3485 at distance 4.979 which is larger than the 1-4 table size 2.000 nmThese are ignored for the rest of the simulation.This usually means your system is exploding,if not, you should increase table-extension in your mdp file or with user tables increase the table size&quot;. When I look the particular atoms they corrospond to the last atom of the ligand at the active site</div>
<div>and the fourth atom the ligand at the allosteric site. So I can not understand why GROMACS takes into account bcause they are far apart or is there any wrong to my pdb file. I am genereting the coordinate and topology using PRODRG server. I am also attached my input pdb file.</div>
<div>                                                                         Please help me to find out the problem.</div><div>                                                                                                                                                                                                                           Abhijit<br>
<div>                      <div>       </div></div></div>