<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;">Hello Everyone,<br>I have a same query, I asked before, but couldnt get a solution for that,<br>I have one modelled protein strucutre,,and when I run pdb2gmx to generate topolgy file, it gives charge in non-integral value. In terminal then it gives warning of protein having non-integral charge. Moreover, in the toplogy file qtot for the last residue comes out to be different than that is shown in terminal as warning.<br>I am pasting some part of end of my topology file's [atom] part here.<br><span style="font-weight: bold;">&nbsp; 4883&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CH1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 493&nbsp;&nbsp;&nbsp; LEU&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CG&nbsp;&nbsp; 2100&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 13.019&nbsp;&nbsp; ; qtot -1.94</span><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">&nbsp;
 4884&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CH3&nbsp;&nbsp;&nbsp; 493&nbsp;&nbsp;&nbsp; LEU&nbsp;&nbsp;&nbsp; CD1&nbsp;&nbsp; 2100&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 15.035&nbsp;&nbsp; ; qtot -1.94</span><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">&nbsp; 4885&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CH3&nbsp;&nbsp;&nbsp; 493&nbsp;&nbsp;&nbsp; LEU&nbsp;&nbsp;&nbsp; CD2&nbsp;&nbsp; 2100&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 15.035&nbsp;&nbsp; ; qtot -1.94</span><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">&nbsp; 4886&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp; 493&nbsp;&nbsp;&nbsp; LEU&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp; 2101&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.38&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.011&nbsp;&nbsp; ; qtot -1.56</span><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight:
 bold;">&nbsp; 4887&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp;&nbsp;&nbsp; 493&nbsp;&nbsp;&nbsp; LEU&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp;&nbsp; 2101&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.38&nbsp;&nbsp;&nbsp; 15.9994&nbsp;&nbsp; ; qtot -1.94</span><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">&nbsp; 4888&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp; 494&nbsp;&nbsp;&nbsp; ARG&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp; 2102&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.28&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14.0067&nbsp;&nbsp; ; qtot -2.22</span><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">&nbsp; 4889&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp; 494&nbsp;&nbsp;&nbsp; ARG&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp; 2102&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.28&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot -1.94</span><br style="font-weight: bold;"><span
 style="font-weight: bold;">&nbsp; 4890&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CH1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 494&nbsp;&nbsp;&nbsp; ARG&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CA&nbsp;&nbsp; 2103&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 13.019&nbsp;&nbsp; ; qtot -1.94</span><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">&nbsp; 4891&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CH2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 494&nbsp;&nbsp;&nbsp; ARG&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CB&nbsp;&nbsp; 2103&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14.027&nbsp;&nbsp; ; qtot -1.94</span><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">&nbsp; 4892&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CH2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 494&nbsp;&nbsp;&nbsp; ARG&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CG&nbsp;&nbsp; 2103&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14.027&nbsp;&nbsp; ; qtot -1.94</span><br
 style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">&nbsp; 4893&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CH2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 494&nbsp;&nbsp;&nbsp; ARG&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CD&nbsp;&nbsp; 2104&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.09&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14.027&nbsp;&nbsp; ; qtot -1.85</span><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">&nbsp; 4894&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; NE&nbsp;&nbsp;&nbsp; 494&nbsp;&nbsp;&nbsp; ARG&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; NE&nbsp;&nbsp; 2104&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.11&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14.0067&nbsp;&nbsp; ; qtot -1.96</span><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">&nbsp; 4895&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp; 494&nbsp;&nbsp;&nbsp; ARG&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HE&nbsp;&nbsp; 2104&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.24&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot -1.72</span><br
 style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">&nbsp; 4896&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp; 494&nbsp;&nbsp;&nbsp; ARG&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CZ&nbsp;&nbsp; 2104&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.34&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.011&nbsp;&nbsp; ; qtot -1.38</span><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">&nbsp; 4897&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; NZ&nbsp;&nbsp;&nbsp; 494&nbsp;&nbsp;&nbsp; ARG&nbsp;&nbsp;&nbsp; NH1&nbsp;&nbsp; 2104&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.26&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14.0067&nbsp;&nbsp; ; qtot -1.64</span><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">&nbsp; 4898&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp; 494&nbsp;&nbsp;&nbsp; ARG&nbsp;&nbsp; HH11&nbsp;&nbsp; 2104&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.24&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot -1.4</span><br style="font-weight:
 bold;"><span style="font-weight: bold;">&nbsp; 4899&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp; 494&nbsp;&nbsp;&nbsp; ARG&nbsp;&nbsp; HH12&nbsp;&nbsp; 2104&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.24&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot -1.16</span><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">&nbsp; 4900&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; NZ&nbsp;&nbsp;&nbsp; 494&nbsp;&nbsp;&nbsp; ARG&nbsp;&nbsp;&nbsp; NH2&nbsp;&nbsp; 2104&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.26&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14.0067&nbsp;&nbsp; ; qtot -1.42</span><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">&nbsp; 4901&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp; 494&nbsp;&nbsp;&nbsp; ARG&nbsp;&nbsp; HH21&nbsp;&nbsp; 2104&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.24&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot -1.18</span><br style="font-weight: bold;"><span
 style="font-weight: bold;">&nbsp; 4902&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp; 494&nbsp;&nbsp;&nbsp; ARG&nbsp;&nbsp; HH22&nbsp;&nbsp; 2104&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.24&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot -0.94</span><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">&nbsp; 4903&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp; 494&nbsp;&nbsp;&nbsp; ARG&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp; 2105&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.38&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.011&nbsp;&nbsp; ; qtot -0.56</span><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">&nbsp; 4904&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp;&nbsp;&nbsp; 494&nbsp;&nbsp;&nbsp; ARG&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp;&nbsp; 2105&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.38&nbsp;&nbsp;&nbsp; 15.9994&nbsp;&nbsp; ; qtot -0.94</span><br style="font-weight: bold;"><span
 style="font-weight: bold;">&nbsp; 4905&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp; 495&nbsp;&nbsp; LYSH&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp; 2106&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.28&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14.0067&nbsp;&nbsp; ; qtot -1.22</span><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">&nbsp; 4906&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp; 495&nbsp;&nbsp; LYSH&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp; 2106&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.28&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot -0.94</span><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">&nbsp; 4907&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CH1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 495&nbsp;&nbsp; LYSH&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CA&nbsp;&nbsp; 2107&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 13.019&nbsp;&nbsp; ; qtot -0.94</span><br style="font-weight: bold;"><span
 style="font-weight: bold;">&nbsp; 4908&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CH2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 495&nbsp;&nbsp; LYSH&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CB&nbsp;&nbsp; 2107&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14.027&nbsp;&nbsp; ; qtot -0.94</span><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">&nbsp; 4909&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CH2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 495&nbsp;&nbsp; LYSH&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CG&nbsp;&nbsp; 2108&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14.027&nbsp;&nbsp; ; qtot -0.94</span><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">&nbsp; 4910&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CH2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 495&nbsp;&nbsp; LYSH&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CD&nbsp;&nbsp; 2108&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14.027&nbsp;&nbsp; ; qtot -0.94</span><br style="font-weight:
 bold;"><span style="font-weight: bold;">&nbsp; 4911&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CH2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 495&nbsp;&nbsp; LYSH&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CE&nbsp;&nbsp; 2109&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.127&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14.027&nbsp;&nbsp; ; qtot -0.813</span><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">&nbsp; 4912&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; NL&nbsp;&nbsp;&nbsp; 495&nbsp;&nbsp; LYSH&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; NZ&nbsp;&nbsp; 2109&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.129&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14.0067&nbsp;&nbsp; ; qtot -0.684</span><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">&nbsp; 4913&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp; 495&nbsp;&nbsp; LYSH&nbsp;&nbsp;&nbsp; HZ1&nbsp;&nbsp; 2109&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.248&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot -0.436</span><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight:
 bold;">&nbsp; 4914&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp; 495&nbsp;&nbsp; LYSH&nbsp;&nbsp;&nbsp; HZ2&nbsp;&nbsp; 2109&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.248&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot -0.188</span><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">&nbsp; 4915&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp; 495&nbsp;&nbsp; LYSH&nbsp;&nbsp;&nbsp; HZ3&nbsp;&nbsp; 2109&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.248&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot 0.06</span><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">&nbsp; 4916&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp; 495&nbsp;&nbsp; LYSH&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp; 2110&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.27&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.011&nbsp;&nbsp; ; qtot 0.33</span><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">&nbsp;
 4917&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; OM&nbsp;&nbsp;&nbsp; 495&nbsp;&nbsp; LYSH&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O1&nbsp;&nbsp; 2110&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.635&nbsp;&nbsp;&nbsp; 15.9994&nbsp;&nbsp; ; qtot -0.305</span><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">&nbsp; 4918&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; OM&nbsp;&nbsp;&nbsp; 495&nbsp;&nbsp; LYSH&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O2&nbsp;&nbsp; 2110&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.635&nbsp;&nbsp;&nbsp; 15.9994&nbsp;&nbsp; ; qtot -0.94</span><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">&nbsp; 4919&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; MG2+&nbsp;&nbsp;&nbsp; 496&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; MG&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; MG&nbsp;&nbsp; 2111&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 24.305&nbsp;&nbsp; ; qtot 1.06</span><br><br>there are so many non-integral charges here for&nbsp; residues,<br>please help.<br>Thanks and regards
 <br><br><div>--<br>Sonali Dhindwal</div></td></tr></table><br>Send free SMS to your Friends on Mobile from your Yahoo! Messenger. Download Now! http://messenger.yahoo.com/download.php