<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;">Sorry to bother you again but can you please help me in knowing "termini", I think total charge (i.e, cumulative) is wriiten at the last residue of a protein in [atoms] part of a .top file. that is what i have pasted in my previous mail.<br>and Mg is in my protein, that is why it is there in topology file. am i doing something wrong in that ?<br>Thanks and Regards<br><br><div>--<br>Sonali Dhindwal</div><br><br>--- On <b>Sat, 10/4/10, Mark Abraham <i>&lt;Mark.Abraham@anu.edu.au&gt;</i></b> wrote:<br><blockquote style="border-left: 2px solid rgb(16, 16, 255); margin-left: 5px; padding-left: 5px;"><br>From: Mark Abraham &lt;Mark.Abraham@anu.edu.au&gt;<br>Subject: Re: [gmx-users] non-integral charge on my modeled protein structure<br>To: "Discussion list for GROMACS users" &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br>Date: Saturday, 10 April, 2010, 12:13 PM<br><br><div
 class="plainMail">On 10/04/2010 4:08 PM, sonali dhindwal wrote:<br>&gt; Hello Everyone,<br>&gt; I have a same query, I asked before, but couldnt get a solution for that,<br>&gt; I have one modelled protein strucutre,,and when I run pdb2gmx to<br>&gt; generate topolgy file, it gives charge in non-integral value. In<br><br>Then something is broken. Are your termini sane? What's that Mg doing?<br><br>&gt; terminal then it gives warning of protein having non-integral charge.<br>&gt; Moreover, in the toplogy file qtot for the last residue comes out to be<br>&gt; different than that is shown in terminal as warning.<br><br>I don't believe you are looking at a .top file that corresponds to the terminal output.<br><br>&gt; I am pasting some part of end of my topology file's [atom] part here.<br>&gt; 4883 CH1 493 LEU CG 2100 0 13.019 ; qtot -1.94<br>&gt; 4884 CH3 493 LEU CD1 2100 0 15.035 ; qtot -1.94<br>&gt; 4885 CH3 493 LEU CD2 2100 0 15.035 ; qtot
 -1.94<br>&gt; 4886 C 493 LEU C 2101 0.38 12.011 ; qtot -1.56<br>&gt; 4887 O 493 LEU O 2101 -0.38 15.9994 ; qtot -1.94<br>&gt; 4888 N 494 ARG N 2102 -0.28 14.0067 ; qtot -2.22<br>&gt; 4889 H 494 ARG H 2102 0.28 1.008 ; qtot -1.94<br>&gt; 4890 CH1 494 ARG CA 2103 0 13.019 ; qtot -1.94<br>&gt; 4891 CH2 494 ARG CB 2103 0 14.027 ; qtot -1.94<br>&gt; 4892 CH2 494 ARG CG 2103 0 14.027 ; qtot -1.94<br>&gt; 4893 CH2 494 ARG CD 2104 0.09 14.027 ; qtot -1.85<br>&gt; 4894 NE 494 ARG NE 2104 -0.11 14.0067 ; qtot -1.96<br>&gt; 4895 H 494 ARG HE 2104 0.24 1.008 ; qtot -1.72<br>&gt; 4896 C 494 ARG CZ 2104 0.34 12.011 ; qtot -1.38<br>&gt; 4897 NZ 494 ARG NH1 2104 -0.26 14.0067 ; qtot -1.64<br>&gt; 4898 H 494 ARG HH11 2104 0.24 1.008 ; qtot -1.4<br>&gt; 4899 H 494 ARG HH12 2104 0.24 1.008 ; qtot -1.16<br>&gt; 4900 NZ 494 ARG NH2 2104 -0.26 14.0067 ; qtot -1.42<br>&gt; 4901 H 494 ARG HH21 2104 0.24 1.008 ; qtot -1.18<br>&gt; 4902 H 494 ARG HH22 2104 0.24 1.008 ; qtot
 -0.94<br>&gt; 4903 C 494 ARG C 2105 0.38 12.011 ; qtot -0.56<br>&gt; 4904 O 494 ARG O 2105 -0.38 15.9994 ; qtot -0.94<br>&gt; 4905 N 495 LYSH N 2106 -0.28 14.0067 ; qtot -1.22<br>&gt; 4906 H 495 LYSH H 2106 0.28 1.008 ; qtot -0.94<br>&gt; 4907 CH1 495 LYSH CA 2107 0 13.019 ; qtot -0.94<br>&gt; 4908 CH2 495 LYSH CB 2107 0 14.027 ; qtot -0.94<br>&gt; 4909 CH2 495 LYSH CG 2108 0 14.027 ; qtot -0.94<br>&gt; 4910 CH2 495 LYSH CD 2108 0 14.027 ; qtot -0.94<br>&gt; 4911 CH2 495 LYSH CE 2109 0.127 14.027 ; qtot -0.813<br>&gt; 4912 NL 495 LYSH NZ 2109 0.129 14.0067 ; qtot -0.684<br>&gt; 4913 H 495 LYSH HZ1 2109 0.248 1.008 ; qtot -0.436<br>&gt; 4914 H 495 LYSH HZ2 2109 0.248 1.008 ; qtot -0.188<br>&gt; 4915 H 495 LYSH HZ3 2109 0.248 1.008 ; qtot 0.06<br>&gt; 4916 C 495 LYSH C 2110 0.27 12.011 ; qtot 0.33<br>&gt; 4917 OM 495 LYSH O1 2110 -0.635 15.9994 ; qtot -0.305<br>&gt; 4918 OM 495 LYSH O2 2110 -0.635 15.9994 ; qtot -0.94<br>&gt; 4919 MG2+ 496 MG MG 2111 2
 24.305 ; qtot 1.06<br>&gt; <br>&gt; there are so many non-integral charges here for residues,<br>&gt; please help.<br><br>No, the residues here have integral charges. The partial sum over all residues is non-integral. Go and find the first-non-integral one and fix it.<br><br>Mark<br>-- gmx-users mailing list&nbsp; &nbsp; <a ymailto="mailto:gmx-users@gromacs.org" href="/mc/compose?to=gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a ymailto="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" href="/mc/compose?to=gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>Can't post? Read <a
 href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br></div></blockquote></td></tr></table><br>



      <!--1--><hr size=1></hr> 
The INTERNET now has a personality. YOURS! <a href="http://in.rd.yahoo.com/tagline_yyi_1/*http://in.yahoo.com/" target="_blank">See your Yahoo! Homepage</a>.