<html><head><style type="text/css"><!-- DIV {margin:0px;} --></style></head><body><div style="font-family:'times new roman', 'new york', times, serif;font-size:12pt"><div>Hi,</div><div>&nbsp;&nbsp;I am having a problem with running a NVE ( micro-canonical) ensemble &nbsp;using a system of 128 Martini DPPC lipids. I started the simulation with a 128 lipid bilayer with Martini water &nbsp;which was pre-equilibrated in NPT ensemble ( using berendsen &nbsp;temperature coupling at 325 K( separate coupling for lipid and water) and &nbsp;pressure coupling at 1 atm for 500 ns).</div><div>But, when I started running the NVE simulation by switching off pressure coupling and temperature coupling, the temperature started going down from 325 to almost 2 K very quickly which looks like very unphysical. However, total energy remains conserved . But the temperature is becoming a concern as it is going down to a 0 K. &nbsp; I am not sure whether I am doing some mistake
 in the mdp parameter. Any help will be appreciated.</div><div><br></div><div>Here is the part of &nbsp;mdp option I used for running with gromacs-4.0.7</div><div><br></div><div><div>; RUN CONTROL PARAMETERS</div><div>integrator &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = md</div><div>; Start time and timestep in ps</div><div>tinit &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 0.0</div><div>dt &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 0.020</div><div>nsteps &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 25000000</div><div>; For exact run continuation or redoing part of a run</div><div>; Part index is updated automatically on checkpointing (keeps files separate)</div><div>simulation_part &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 1</div><div><div>init_step &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 0</div><div>; mode for center of mass motion
 removal</div><div>comm-mode &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= Linear</div><div>; number of steps for center of mass motion removal</div><div>nstcomm &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 1</div><div>; group(s) for center of mass motion removal</div><div>comm-grps &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= DPPC Nonlipid</div><div><br></div><div>; LANGEVIN DYNAMICS OPTIONS</div><div>; Friction coefficient (amu/ps) and random seed</div><div>bd-fric &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 0</div><div>ld-seed &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 1993</div><div><br></div><div>; ENERGY MINIMIZATION OPTIONS</div><div>; Force tolerance and initial step-size</div><div>emtol &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 10</div><div>emstep &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 0.01</div><div>; Max
 number of iterations in relax_shells</div><div>niter &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 20</div><div>; Step size (ps^2) for minimization of flexible constraints</div><div>fcstep &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 0</div><div>; Frequency of steepest descents steps when doing CG</div><div>nstcgsteep &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 1000</div><div><div>nbfgscorr &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 10</div><div><br></div><div>; TEST PARTICLE INSERTION OPTIONS</div><div>rtpi &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 0.05</div><div><br></div><div>; OUTPUT CONTROL OPTIONS</div><div>; Output frequency for coords (x), velocities (v) and forces (f)</div><div>nstxout &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 500</div><div>nstvout &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;=
 500</div><div>nstfout &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 0</div><div>; Output frequency for energies to log file and energy file</div><div>nstlog &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 500</div><div>nstenergy &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 500</div><div>; Output frequency and precision for xtc file</div><div>nstxtcout &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 500</div><div>xtc_precision &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 100</div><div>; This selects the subset of atoms for the xtc file. You can</div><div>; select multiple groups. By default all atoms will be written.</div><div>xtc-grps &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; =</div><div>; Selection of energy groups</div><div>energygrps &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = DPPC Nonlipid</div><div><br></div><div>; NEIGHBORSEARCHING PARAMETERS</div><div><div>; nblist update
 frequency</div><div>nstlist &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 10</div><div>; ns algorithm (simple or grid)</div><div>ns_type &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= grid</div><div>; Periodic boundary conditions: xyz, no, xy</div><div>pbc &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= xyz</div><div>periodic_molecules &nbsp; &nbsp; &nbsp; = no</div><div>; nblist cut-off</div><div>rlist &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 1.4</div><div><br></div><div>; OPTIONS FOR ELECTROSTATICS AND VDW</div><div>; Method for doing electrostatics</div><div>coulombtype &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= Shift</div><div>rcoulomb_switch &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 0.0</div><div>rcoulomb &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 1.2</div><div>; Relative dielectric constant for the medium and the reaction
 field</div><div>epsilon_r &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 15</div><div>epsilon_rf &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 1</div><div>; Method for doing Van der Waals</div><div>vdw_type &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = Shift</div><div>; cut-off lengths</div><div>rvdw_switch &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 0.9</div><div>rvdw &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 1.2</div><div><div>; Apply long range dispersion corrections for Energy and Pressure</div><div>DispCorr &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = No</div><div>; Extension of the potential lookup tables beyond the cut-off</div><div>table-extension &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 1</div><div>; Seperate tables between energy group pairs</div><div>energygrp_table &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;=</div><div>; Spacing for the PME/PPPM FFT grid</div><div>fourierspacing
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 0.12</div><div>; FFT grid size, when a value is 0 fourierspacing will be used</div><div>fourier_nx &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 0</div><div>fourier_ny &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 0</div><div>fourier_nz &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 0</div><div>; EWALD/PME/PPPM parameters</div><div>pme_order &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 4</div><div>ewald_rtol &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 1e-05</div><div>ewald_geometry &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 3d</div><div>epsilon_surface &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 0</div><div>optimize_fft &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = no</div><div><div>; Temperature coupling</div><div>tcoupl &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = no</div><div>; Groups to couple separately</div><div>tc-grps &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;
 &nbsp;=</div><div>; Time constant (ps) and reference temperature (K)</div><div>tau-t &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;=</div><div>ref-t &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;=</div><div>; Pressure coupling</div><div>Pcoupl &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = no</div><div><br></div><div>; Time constant (ps), compressibility (1/bar) and reference P (bar)</div><div>tau-p &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 1</div><div>compressibility &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;=</div><div>ref-p &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;=</div><div>; Scaling of reference coordinates, No, All or COM</div><div>refcoord_scaling &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = No</div><div>; Random seed for Andersen thermostat</div><div>andersen_seed &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 815131</div></div><div><div>; GENERATE
 VELOCITIES FOR STARTUP RUN</div><div>gen_vel &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= yes</div><div>gen_temp &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 325</div><div>gen_seed &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 473529</div><div><br></div><div>; OPTIONS FOR BONDS</div><div>constraints &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= none</div><div>; Type of constraint algorithm</div><div>constraint_algorithm &nbsp; &nbsp; = Lincs</div><div>; Do not constrain the start configuration</div><div>continuation &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = no</div><div>; Use successive overrelaxation to reduce the number of shake iterations</div><div>Shake-SOR &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= no</div><div>; Relative tolerance of shake</div><div>shake-tol &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 0.0001</div><div>; Highest order in the expansion of the constraint
 coupling matrix</div><div>lincs_order &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 4</div><div>; Number of iterations in the final step of LINCS. 1 is fine for</div><div>; normal simulations, but use 2 to conserve energy in NVE runs.</div><div>; For energy minimization with constraints it should be 4 to 8.</div><div>lincs-iter &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 1</div><div><div>; Lincs will write a warning to the stderr if in one step a bond</div><div>; rotates over more degrees than</div><div>lincs_warnangle &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 30</div><div>; Convert harmonic bonds to morse potentials</div><div>morse &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= no</div></div></div><div><br></div><div>Thanks</div><div>Sanku</div></div></div></div></div></div><div style="position:fixed"></div>


</div><br>



      </body></html>