<DIV>Dear GMX users,</DIV>
<DIV>I want to do some TI calculation using GMX, and I have learned the tutorial of TI calculation from this web site <A href="http://www.dillgroup.ucsf.edu/group/wiki/index.php/Free_Energy:_Tutorial">http://www.dillgroup.ucsf.edu/group/wiki/index.php/Free_Energy:_Tutorial</A>.</DIV>
<DIV>So I have know how to run TI calculations. But there&nbsp;is still a problem. I don't know how to prepare the two topology files, which are initial and final states, respectively. Could somebody&nbsp;give me some suggestion on it? Any response will be highly appreciated! Thanks!</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>All the best,</DIV>
<DIV>Qinghua&nbsp;<BR><BR></DIV>