Hello gmx-users<br><br>I am trying to simulate an amino acid (say GLN). It can be as a zwitterionic form or uncharged ends. Neither ffamber or ffopls force fields has a complete parameter for them. While in ffamber, I have the parameters for CGLU and NGLU, but not for a Glutamine. Do I need to define it there, or there is some way out. If I need to define it, how do I retrive the partial charges. <br>

<br>Any insight would be very helpful.<br>Thanks<br><br>Chandan<br clear="all"><br>--<br>Chandan kumar Choudhury<br>NCL, Pune<br>INDIA<br>