<div>Thank you very much for your replay sir...<br></div><br><div class="gmail_quote">On Wed, Apr 14, 2010 at 5:36 AM, Justin A. Lemkul <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;"><div class="im"><br>
<br>
Bharath.K. Chakravarthi wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
sir should i set dat to 0 or what to do....<br>
<br>
</blockquote>
<br></div>
I clearly stated that you should set nstxtcout &gt; 0 in my first message.  Leaving any output control parameter set to zero means &quot;produce output every zero steps&quot; or essentially, not at all.<br>
<br>
-Justin<br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div class="im">
<br>
On Wed, Apr 14, 2010 at 5:32 AM, Bharath.K. Chakravarthi &lt;<a href="mailto:bharath.chakravarthi@gmail.com" target="_blank">bharath.chakravarthi@gmail.com</a> &lt;mailto:<a href="mailto:bharath.chakravarthi@gmail.com" target="_blank">bharath.chakravarthi@gmail.com</a>&gt;&gt; wrote:<br>

<br>
<br>
<br>
    On Wed, Apr 14, 2010 at 5:31 AM, Bharath.K. Chakravarthi<br>
    &lt;<a href="mailto:bharath.chakravarthi@gmail.com" target="_blank">bharath.chakravarthi@gmail.com</a><br></div><div class="im">
    &lt;mailto:<a href="mailto:bharath.chakravarthi@gmail.com" target="_blank">bharath.chakravarthi@gmail.com</a>&gt;&gt; wrote:<br>
<br>
        Thank you for your kind replay sir....<br>
        sir in my .mdp file there is nstxtout instead of nstxtcout sir<br>
        and it is set to 500<br>
        is this what u told...<br>
        i have also attached the .mdp file in this mail sir<br>
<br>
        On Wed, Apr 14, 2010 at 5:18 AM, Justin A. Lemkul<br></div><div class="im">
        &lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a> &lt;mailto:<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a>&gt;&gt; wrote:<br>
<br>
<br>
<br>
            Bharath.K. Chakravarthi wrote:<br>
<br>
                hi there i tried to run MD and i wanted to use *.xtc<br>
                file in vmd to visualize the protein but unfortunately<br>
                there is no such file i given the command like this<br>
                mdrun -nice 0 -v -s input3.tpr -o md_traj.trr -x<br>
                md_traj.xtc -c md_final.gro -e md_ener.edr<br>
                as procedure this should create md_traj.xtc file rite.....<br>
<br>
<br>
            Provided that you have set nstxtcout &gt; 0 in the .mdp file.<br>
             The default is 0 (no .xtc file).  Consult the manual for<br>
            appropriate settings.<br>
<br>
            -Justin<br>
<br>
<br>
                so please can u help me out of this mesh.......<br>
<br>
                --                 Bharath.K.Chakravarthi<br>
                Ph:9535629260<br>
<br>
<br>
            --             ========================================<br>
<br>
            Justin A. Lemkul<br>
            Ph.D. Candidate<br>
            ICTAS Doctoral Scholar<br>
            MILES-IGERT Trainee<br>
            Department of Biochemistry<br>
            Virginia Tech<br>
            Blacksburg, VA<br></div>
            jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> &lt;<a href="http://vt.edu" target="_blank">http://vt.edu</a>&gt; | (540) 231-9080<div class="im"><br>
            <a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>
            ========================================<br>
            --             gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br></div>
            &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<div class="im"><br>
            <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
            Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a><br>
            before posting!<br>
            Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use<br>
            the www interface or send it to<br>
            <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a><br></div>
            &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt;.<div class="im"><br>
            Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
<br>
<br>
<br>
<br>
        --         Bharath.K.Chakravarthi<br>
        Ph:9535629260<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
    --     Bharath.K.Chakravarthi<br>
    Ph:9535629260<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
-- <br>
Bharath.K.Chakravarthi<br>
Ph:9535629260<br>
</div></blockquote><div><div class="h5">
<br>
-- <br>
========================================<br>
<br>
Justin A. Lemkul<br>
Ph.D. Candidate<br>
ICTAS Doctoral Scholar<br>
MILES-IGERT Trainee<br>
Department of Biochemistry<br>
Virginia Tech<br>
Blacksburg, VA<br>
jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | (540) 231-9080<br>
<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>
========================================<br>
-- <br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
</div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Bharath.K.Chakravarthi<br>Ph:9535629260<br>