<html><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><div><br></div>Well, ffG43a2 is a GROMOS FF too! So look at the topology and you'll see that<div>it also misses some NON_POLAR hydrogens. You probably generated you itp</div><div>file using pdb2gmx and got a gro file with it. Then the absence of H did not&nbsp;</div><div>appear!&nbsp;</div><div><br></div><div>The H that are involved in H-bonding are explicitly represented in GROMOS FF.</div><div>The ones that are united are the NON-POLAR ones, typically in CH3/CH2 and CH</div><div>groups! Check the ffG43a2.rtp file, it contains residues topologies ...&nbsp;</div><div><br></div><div>Again I would suggest you get into some literature before going on. One day&nbsp;</div><div>reading&nbsp;some papers on the GROMOS FF would be instructive :))</div><div><br></div><div>XAvier.</div><div><br><div><div>On Apr 14, 2010, at 12:28 PM, Anirban Ghosh wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite">Hi XAvier,<br><br>Thanks for the reply. Actually I want to use this ligand with a protein and run the complex using ffG43a2 force-field of GROMACS4.0.7. So is it correct to leave away those 3 hydrogens HA, HB1 and HB2, which are not explicitly described? Because in protein-ligand complexes, hydrogen bond formations between the ligand and the protein are important? So should I continue with this .itp file with 3 less hydrogens?<br> Thanks again.<br><br>Regards,<br><br>Anirban<br><br><br><div class="gmail_quote">On Wed, Apr 14, 2010 at 3:50 PM, XAvier Periole <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:x.periole@rug.nl">x.periole@rug.nl</a>&gt;</span> wrote:<br> <blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><div style=""><div><br></div>You have the proper itp file for the GROMOS FF. Some H are not explicitly&nbsp;<div> described!</div><div><div></div><div class="h5"><div><br><div><div>On Apr 14, 2010, at 12:05 PM, Anirban Ghosh wrote:</div><br><blockquote type="cite">Hi, XAvier,<br><br>Sorry for that mistake. Yes, exactly PRODRG is not giving the non-polar hydrogens. There I am using the GROMOS96.1 FF. So is there any way to get the proper .itp file? I mean any other online server like PRODRG? Or How can I derive the proper .itp file manually?<br> Any suggestion is welcome. Thanks a lot for the prompt reply.<br><br>Regards,<br><br>Anirban<br><br><div class="gmail_quote">On Wed, Apr 14, 2010 at 3:25 PM, XAvier Periole <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:x.periole@rug.nl" target="_blank">x.periole@rug.nl</a>&gt;</span> wrote:<br> <blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><br> You are missing HB1 and HB2, not HB2 and HB3 :))<br> <br> This is due to the force field our are using. Gromos I presume: it<br> uses the united H idea: non-polar H are not explicitly modeled.<br> <br> you should be able to erase those from your gro file, but I would<br> suggest you get into some literature about the FF you use.<br> <br> XAvier.<div> <div></div><div><br> <br> On Apr 14, 2010, at 11:36 AM, Anirban Ghosh wrote:<br> <br> </div></div><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"> <div><div></div><div> Hi ALL,<br> <br> I have a ligand LDOPA with 25 atoms (including all hydrogens).:<br> -------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------<br> DAH COORDS<br> &nbsp; 25<br> &nbsp; &nbsp;1DAH &nbsp;O &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;1 &nbsp; 5.988 &nbsp; 5.216 &nbsp; 9.128<br> &nbsp; &nbsp;1DAH &nbsp;C &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;2 &nbsp; 5.980 &nbsp; 5.110 &nbsp; 9.194<br> &nbsp; &nbsp;1DAH &nbsp;OXT &nbsp; &nbsp; &nbsp;3 &nbsp; 5.951 &nbsp; 4.985 &nbsp; 9.139<br> &nbsp; &nbsp;1DAH &nbsp;CA &nbsp; &nbsp; &nbsp; 4 &nbsp; 6.001 &nbsp; 5.107 &nbsp; 9.349<br> &nbsp; &nbsp;1DAH &nbsp;HA &nbsp; &nbsp; &nbsp; 5 &nbsp; 5.935 &nbsp; 5.027 &nbsp; 9.384<br> &nbsp; &nbsp;1DAH &nbsp;N &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;6 &nbsp; 6.140 &nbsp; 5.064 &nbsp; 9.387<br> &nbsp; &nbsp;1DAH &nbsp;H2 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 7 &nbsp; 6.161 &nbsp; 4.977 &nbsp; 9.343<br> &nbsp; &nbsp;1DAH &nbsp;H3 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 8 &nbsp; 6.137 &nbsp; 5.056 &nbsp; 9.486<br> &nbsp; &nbsp;1DAH &nbsp;H1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 9 &nbsp; 6.206 &nbsp; 5.133 &nbsp; 9.356<br> &nbsp; &nbsp;1DAH &nbsp;CB &nbsp; &nbsp; &nbsp;10 &nbsp; 5.952 &nbsp; 5.236 &nbsp; 9.422<br> &nbsp; &nbsp;1DAH &nbsp;HB1 &nbsp; &nbsp; 11 &nbsp; 5.985 &nbsp; 5.320 &nbsp; 9.362<br> &nbsp; &nbsp;1DAH &nbsp;HB2 &nbsp; &nbsp; 12 &nbsp; 5.999 &nbsp; 5.231 &nbsp; 9.520<br> &nbsp; &nbsp;1DAH &nbsp;CG &nbsp; &nbsp; &nbsp;13 &nbsp; 5.802 &nbsp; 5.258 &nbsp; 9.450<br> &nbsp; &nbsp;1DAH &nbsp;CD2 &nbsp; &nbsp; 14 &nbsp; 5.761 &nbsp; 5.333 &nbsp; 9.565<br> &nbsp; &nbsp;1DAH &nbsp;HD2 &nbsp; &nbsp; 15 &nbsp; 5.836 &nbsp; 5.375 &nbsp; 9.632<br> &nbsp; &nbsp;1DAH &nbsp;CE2 &nbsp; &nbsp; 16 &nbsp; 5.623 &nbsp; 5.353 &nbsp; 9.592<br> &nbsp; &nbsp;1DAH &nbsp;OE2 &nbsp; &nbsp; 17 &nbsp; 5.589 &nbsp; 5.425 &nbsp; 9.704<br> &nbsp; &nbsp;1DAH &nbsp;HE2 &nbsp; &nbsp; 18 &nbsp; 5.672 &nbsp; 5.454 &nbsp; 9.752<br> &nbsp; &nbsp;1DAH &nbsp;CZ &nbsp; &nbsp; &nbsp;19 &nbsp; 5.523 &nbsp; 5.297 &nbsp; 9.503<br> &nbsp; &nbsp;1DAH &nbsp;OZ &nbsp; &nbsp; &nbsp;20 &nbsp; 5.387 &nbsp; 5.314 &nbsp; 9.525<br> &nbsp; &nbsp;1DAH &nbsp;HZ &nbsp; &nbsp; &nbsp;21 &nbsp; 5.335 &nbsp; 5.268 &nbsp; 9.453<br> &nbsp; &nbsp;1DAH &nbsp;CE1 &nbsp; &nbsp; 22 &nbsp; 5.564 &nbsp; 5.223 &nbsp; 9.389<br> &nbsp; &nbsp;1DAH &nbsp;HE1 &nbsp; &nbsp; 23 &nbsp; 5.489 &nbsp; 5.181 &nbsp; 9.321<br> &nbsp; &nbsp;1DAH &nbsp;CD1 &nbsp; &nbsp; 24 &nbsp; 5.701 &nbsp; 5.203 &nbsp; 9.362<br> &nbsp; &nbsp;1DAH &nbsp;HD1 &nbsp; &nbsp; 25 &nbsp; 5.731 &nbsp; 5.146 &nbsp; 9.274<br> &nbsp; 1.02033 &nbsp; 1.02033 &nbsp; 1.02033<br> --------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------<br> <br> &nbsp;I derived the topology file from PRODRG server. However the .itp file is giving only 22 atoms definition and 3 of the hydrogen atoms are missing:<br> <br> ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------<br> DAH &nbsp; &nbsp; &nbsp;3<br> <br> [ atoms ]<br> ; &nbsp; nr &nbsp; &nbsp; &nbsp;type &nbsp;resnr resid &nbsp;atom &nbsp;cgnr &nbsp; charge &nbsp; &nbsp; mass<br> &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;OM &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp;DAH &nbsp; &nbsp; &nbsp; O &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp; -0.715 &nbsp;15.9994<br> &nbsp; &nbsp; 2 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; C &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp;DAH &nbsp; &nbsp; &nbsp; C &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp; &nbsp;0.387 &nbsp;12.0110<br> &nbsp; &nbsp; 3 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;OM &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp;DAH &nbsp; &nbsp; OXT &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp; -0.716 &nbsp;15.9994<br> &nbsp; &nbsp; 4 &nbsp; &nbsp; &nbsp; CH1 &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp;DAH &nbsp; &nbsp; &nbsp;CA &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp; &nbsp;0.178 &nbsp;13.0190<br> &nbsp; &nbsp; 5 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;NL &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp;DAH &nbsp; &nbsp; &nbsp; N &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp; &nbsp;0.683 &nbsp;14.0067<br> &nbsp; &nbsp; 6 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; H &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp;DAH &nbsp; &nbsp; &nbsp;H2 &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp; &nbsp;0.010 &nbsp; 1.0080<br> &nbsp; &nbsp; 7 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; H &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp;DAH &nbsp; &nbsp; &nbsp;H3 &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp; &nbsp;0.010 &nbsp; 1.0080<br> &nbsp; &nbsp; 8 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; H &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp;DAH &nbsp; &nbsp; &nbsp;H1 &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp; &nbsp;0.011 &nbsp; 1.0080<br> &nbsp; &nbsp; 9 &nbsp; &nbsp; &nbsp; CH2 &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp;DAH &nbsp; &nbsp; &nbsp;CB &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp; &nbsp;0.152 &nbsp;14.0270<br> &nbsp; &nbsp;10 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; C &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp;DAH &nbsp; &nbsp; &nbsp;CG &nbsp; &nbsp; 2 &nbsp; -0.020 &nbsp;12.0110<br> &nbsp; &nbsp;11 &nbsp; &nbsp; &nbsp; CR1 &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp;DAH &nbsp; &nbsp; CD2 &nbsp; &nbsp; 2 &nbsp; &nbsp;0.001 &nbsp;12.0110<br> &nbsp; &nbsp;12 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;HC &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp;DAH &nbsp; &nbsp; HD2 &nbsp; &nbsp; 2 &nbsp; &nbsp;0.019 &nbsp; 1.0080<br> &nbsp; &nbsp;13 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; C &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp;DAH &nbsp; &nbsp; CE2 &nbsp; &nbsp; 3 &nbsp; &nbsp;0.130 &nbsp;12.0110<br> &nbsp; &nbsp;14 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;OA &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp;DAH &nbsp; &nbsp; OE2 &nbsp; &nbsp; 3 &nbsp; -0.197 &nbsp;15.9994<br> &nbsp; &nbsp;15 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; H &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp;DAH &nbsp; &nbsp; HE2 &nbsp; &nbsp; 3 &nbsp; &nbsp;0.051 &nbsp; 1.0080<br> &nbsp; &nbsp;16 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; C &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp;DAH &nbsp; &nbsp; &nbsp;CZ &nbsp; &nbsp; 3 &nbsp; &nbsp;0.130 &nbsp;12.0110<br> &nbsp; &nbsp;17 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;OA &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp;DAH &nbsp; &nbsp; &nbsp;OZ &nbsp; &nbsp; 3 &nbsp; -0.197 &nbsp;15.9994<br> &nbsp; &nbsp;18 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; H &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp;DAH &nbsp; &nbsp; &nbsp;HZ &nbsp; &nbsp; 3 &nbsp; &nbsp;0.051 &nbsp; 1.0080<br> &nbsp; &nbsp;19 &nbsp; &nbsp; &nbsp; CR1 &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp;DAH &nbsp; &nbsp; CE1 &nbsp; &nbsp; 3 &nbsp; &nbsp;0.001 &nbsp;12.0110<br> &nbsp; &nbsp;20 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;HC &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp;DAH &nbsp; &nbsp; HE1 &nbsp; &nbsp; 3 &nbsp; &nbsp;0.031 &nbsp; 1.0080<br> &nbsp; &nbsp;21 &nbsp; &nbsp; &nbsp; CR1 &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp;DAH &nbsp; &nbsp; CD1 &nbsp; &nbsp; 4 &nbsp; &nbsp;0.000 &nbsp;12.0110<br> &nbsp; &nbsp;22 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;HC &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp;DAH &nbsp; &nbsp; HD1 &nbsp; &nbsp; 4 &nbsp; &nbsp;0.000 &nbsp; 1.0080<br> <br> [ bonds ]<br> ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------<br> So you can see that HA, HB2 and HB3 hydrogens are missing here. So I am getting error messages popped by grompp commands. How can I get the definition of those missing 3 H atoms? Is it ok if I delete those 3 H atoms from my .gro file and proceed? If not then how to derive parameters for them? Any suggestion is welcome.<br> Thanks a lot in advance.<br> <br> Regards,<br> <br> Anirban<br></div></div> -- <br> gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br> <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br> Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br> Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br> www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br> Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br> </blockquote> <br> -- <br> gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br> <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br> Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br> Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use thewww interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br> Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br> </blockquote></div><br> -- <br>gmx-users mailing list &nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br> Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br> Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a></blockquote></div><br></div></div></div></div><br>--<br> gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br> <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br> Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br> Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br> www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br> Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br></blockquote></div><br> -- <br>gmx-users mailing list &nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before posting!<br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</blockquote></div><br></div></body></html>