Hello,<br><br>I have been using g_wham, but I have a few questions that I can&#39;t find answers to online.  When using WHAM, one does not need the forces between the pull groups to calculate the PMF, yet g_wham won&#39;t run without it.  Is there a reason for this?<br>
<br>Also, when using the pull code, I am allowed to define the spring constant K for umbrella sampling, but I do not designate where the umbrella potential is centered.  How does gromacs determine this?  I am interested as I would like to create a PMF using umbrella integration (from code I will write myself) rather than use WHAM.  To do this and still use the umbrella sampling runs used with GROMACS, I need to know where my umbrella potentials are centered.<br>
<br>Thank you,<br>Jennifer<br>