<div>sir should i set dat to 0 or what to do....<br></div><div><br></div><br><div class="gmail_quote">On Wed, Apr 14, 2010 at 5:32 AM, Bharath.K. Chakravarthi <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:bharath.chakravarthi@gmail.com">bharath.chakravarthi@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;"><div><div class="h5"><br><br><div class="gmail_quote">On Wed, Apr 14, 2010 at 5:31 AM, Bharath.K. Chakravarthi <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:bharath.chakravarthi@gmail.com" target="_blank">bharath.chakravarthi@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<div>Thank you for your kind replay sir....<br></div><div>sir in my .mdp file there is nstxtout instead of nstxtcout sir and it is set to 500</div><div>is this what u told...</div><div>i have also attached the .mdp file in this mail sir</div>

<div><div>
<br><div class="gmail_quote">On Wed, Apr 14, 2010 at 5:18 AM, Justin A. Lemkul <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">


<div><br>
<br>
Bharath.K. Chakravarthi wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
hi there i tried to run MD and i wanted to use *.xtc file in vmd to visualize the protein but unfortunately there is no such file i given the command like this<br>
mdrun -nice 0 -v -s input3.tpr -o md_traj.trr -x md_traj.xtc -c md_final.gro -e md_ener.edr<br>
as procedure this should create md_traj.xtc file rite.....<br>
</blockquote>
<br></div>
Provided that you have set nstxtcout &gt; 0 in the .mdp file.  The default is 0 (no .xtc file).  Consult the manual for appropriate settings.<br>
<br>
-Justin<div><br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
so please can u help me out of this mesh.......<br>
<br>
-- <br>
Bharath.K.Chakravarthi<br>
Ph:9535629260<br>
<br>
</blockquote>
<br></div>
-- <br>
========================================<br>
<br>
Justin A. Lemkul<br>
Ph.D. Candidate<br>
ICTAS Doctoral Scholar<br>
MILES-IGERT Trainee<br>
Department of Biochemistry<br>
Virginia Tech<br>
Blacksburg, VA<br>
jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | (540) 231-9080<br>
<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>
========================================<br><font color="#888888">
-- <br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
</font></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Bharath.K.Chakravarthi<br>Ph:9535629260<br>
</div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Bharath.K.Chakravarthi<br>Ph:9535629260<br>
</div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Bharath.K.Chakravarthi<br>Ph:9535629260<br>