<div dir="ltr">I am not running in parallel. Right now I just changed links order from 12 to 4. It is still slow. While I change to shift, not Ewald, it finished 10000 steps in 10 mins. In the paper: <div><span class="Apple-style-span" style="font-family: arial, helvetica, sans-serif; font-size: 12px; line-height: 18px; "><p class="citation" style="margin-top: 0.5em; margin-right: 0px; margin-bottom: 0.5em; margin-left: 0px; font-size: 0.91666em; line-height: 1.45em; ">
<a href="javascript:AL_get(this,%20&#39;jour&#39;,%20&#39;J%20Comput%20Chem.&#39;);" title="Journal of computational chemistry." style="color: black; font-weight: normal; border-bottom-width: 1px; border-bottom-style: dotted; border-bottom-color: black; text-decoration: none; ">J Comput Chem.</a> 2005 Dec;26(16):1701-18.</p>
<h1 class="title" style="font-size: 1.3333em; line-height: 1.125em; font-weight: bold; margin-top: 0.375em; margin-right: 0px; margin-bottom: 0.375em; margin-left: 0px; "><a href="http://citeseerx.ist.psu.edu/viewdoc/download?doi=10.1.1.103.418&amp;rep=rep1&amp;type=pdf">GROMACS: fast, flexible, and free.</a></h1>
<p class="auth_list" style="margin-top: 0.5em; margin-right: 0px; margin-bottom: 0.5em; margin-left: 0px; "><a href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=%22Van%20Der%20Spoel%20D%22%5BAuthor%5D" style="color: black; font-weight: normal; border-bottom-width: 1px; border-bottom-style: dotted; border-bottom-color: black; text-decoration: none; ">Van Der Spoel D</a>, <a href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=%22Lindahl%20E%22%5BAuthor%5D" style="color: black; font-weight: normal; border-bottom-width: 1px; border-bottom-style: dotted; border-bottom-color: black; text-decoration: none; ">Lindahl E</a>, <a href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=%22Hess%20B%22%5BAuthor%5D" style="color: black; font-weight: normal; border-bottom-width: 1px; border-bottom-style: dotted; border-bottom-color: black; text-decoration: none; ">Hess B</a>, <a href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=%22Groenhof%20G%22%5BAuthor%5D" style="color: black; font-weight: normal; border-bottom-width: 1px; border-bottom-style: dotted; border-bottom-color: black; text-decoration: none; ">Groenhof G</a>, <a href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=%22Mark%20AE%22%5BAuthor%5D" style="color: black; font-weight: normal; border-bottom-width: 1px; border-bottom-style: dotted; border-bottom-color: black; text-decoration: none; ">Mark AE</a>, <a href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=%22Berendsen%20HJ%22%5BAuthor%5D" style="color: black; font-weight: normal; border-bottom-width: 1px; border-bottom-style: dotted; border-bottom-color: black; text-decoration: none; ">Berendsen HJ</a>.</p>
<p class="auth_list" style="margin-top: 0.5em; margin-right: 0px; margin-bottom: 0.5em; margin-left: 0px; "> The performance there is around 10000 ps/day. I do not understand why my speed is so slow and it seems that Ewald option makes it slow. </p>
</span></div><div>Thanks,<br>Shuangxing Dai<br>
<br><br><div class="gmail_quote">On Thu, Apr 15, 2010 at 10:18 AM,  <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">
Send gmx-users mailing list submissions to<br>
        <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<br>
To subscribe or unsubscribe via the World Wide Web, visit<br>
        <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
or, via email, send a message with subject or body &#39;help&#39; to<br>
        <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a><br>
<br>
You can reach the person managing the list at<br>
        <a href="mailto:gmx-users-owner@gromacs.org">gmx-users-owner@gromacs.org</a><br>
<br>
When replying, please edit your Subject line so it is more specific<br>
than &quot;Re: Contents of gmx-users digest...&quot;<br>
<br>
<br>
Today&#39;s Topics:<br>
<br>
   1. slow speed (Shuangxing Dai)<br>
   2. Re: slow speed (Justin A. Lemkul)<br>
   3. Re: slow speed (XAvier Periole)<br>
   4. Re: slow speed (Mark Abraham)<br>
<br>
<br>
----------------------------------------------------------------------<br>
<br>
Message: 1<br>
Date: Thu, 15 Apr 2010 10:02:47 -0400<br>
From: Shuangxing Dai &lt;<a href="mailto:shuangxingdai@gmail.com">shuangxingdai@gmail.com</a>&gt;<br>
Subject: [gmx-users] slow speed<br>
To: <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
Message-ID:<br>
        &lt;<a href="mailto:q2ka8381c791004150702ye4007304pa2156201ca4b5635@mail.gmail.com">q2ka8381c791004150702ye4007304pa2156201ca4b5635@mail.gmail.com</a>&gt;<br>
Content-Type: text/plain; charset=&quot;utf-8&quot;<br>
<br>
Hi, gmx-users:<br>
   I am using latest version of gromacs and found it was really slow. I was<br>
wondering anyone got the same experience and can point out where the problem<br>
is.<br>
   I was running double precision for MD. But for each dynamics simulation,<br>
it takes 4 days. I should only take two or three hours.<br>
   Here is the .mdp file:<br>
define                   =<br>
; RUN CONTROL PARAMETERS =<br>
integrator               = sd<br>
; start time and timestep in ps =<br>
tinit                    = 0<br>
dt                       = 0.001<br>
nsteps                   = 200000<br>
; number of steps for center of mass motion removal =<br>
nstcomm                  = 100<br>
; OUTPUT CONTROL OPTIONS =<br>
; Output frequency for coords (x), velocities (v) and forces (f) =<br>
nstxout                  = 0<br>
nstvout                  = 0<br>
nstfout                  = 0<br>
; Output frequency for energies to log file and energy file =<br>
nstlog                   = 100<br>
nstenergy                = 100<br>
; Output frequency and precision for xtc file =<br>
nstxtcout                = 100<br>
xtc-precision            = 1000<br>
; NEIGHBORSEARCHING PARAMETERS =<br>
; nblist update frequency =<br>
nstlist                  = 50<br>
; ns algorithm (simple or grid) =<br>
ns_type                  = grid<br>
<br>
;OPTIONS FOR PRESSURE COUPLING<br>
Pcoupl                   = berendsen<br>
tau_p                    = 1<br>
compressibility          = 4.5e-05<br>
ref_p                    = 0.1<br>
;OPTIONS FOR TEMPERATURE COUPLING<br>
tc_grps                  = system<br>
tau_t                    = 0.1<br>
ref_t                    = 300<br>
; OPTIONS FOR BONDS     =<br>
constraints              = hbonds<br>
; Type of constraint algorithm =<br>
constraint-algorithm     = Lincs<br>
; Do not constrain the start configuration =<br>
unconstrained-start      = no<br>
; Relative tolerance of shake =<br>
shake-tol                = 0.0001<br>
; Highest order in the expansion of the constraint coupling matrix =<br>
lincs-order              = 12<br>
; Lincs will write a warning to the stderr if in one step a bond =<br>
; rotates over more degrees than =<br>
lincs-warnangle          = 30<br>
; Periodic boundary conditions: xyz, no, xy<br>
pbc                      = xyz<br>
periodic_molecules       = no<br>
; nblist cut-off<br>
rlist                    = 1<br>
<br>
; OPTIONS FOR ELECTROSTATICS AND VDW<br>
; Method for doing electrostatics<br>
coulombtype              = Ewald<br>
rcoulomb                 = 1<br>
; Method for doing Van der Waals<br>
vdw-type                 = Cut-off<br>
; cut-off lengths<br>
rvdw                     = 1<br>
<br>
; Spacing for the PME/PPPM FFT grid<br>
fourierspacing           = 0.12<br>
; FFT grid size, when a value is 0 fourierspacing will be used<br>
fourier_nx               = 0<br>
fourier_ny               = 0<br>
fourier_nz               = 0<br>
; EWALD/PME/PPPM parameters<br>
pme_order                = 6<br>
ewald_rtol               = 1e-4<br>
ewald_geometry           = 3d<br>
epsilon_surface          = 0<br>
optimize_fft             = no<br>
<br>
  Can anyone help me? Thank you in advance.<br>
Thanks,<br>
Shuangxing Dai<br>
-------------- next part --------------<br>
An HTML attachment was scrubbed...<br>
URL: <a href="http://lists.gromacs.org/pipermail/gmx-users/attachments/20100415/73eee331/attachment-0001.html" target="_blank">http://lists.gromacs.org/pipermail/gmx-users/attachments/20100415/73eee331/attachment-0001.html</a><br>

<br>
------------------------------<br>
<br>
Message: 2<br>
Date: Thu, 15 Apr 2010 10:09:58 -0400<br>
From: &quot;Justin A. Lemkul&quot; &lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;<br>
Subject: Re: [gmx-users] slow speed<br>
To: Discussion list for GROMACS users &lt;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>
Message-ID: &lt;<a href="mailto:4BC71E36.6050102@vt.edu">4BC71E36.6050102@vt.edu</a>&gt;<br>
Content-Type: text/plain; charset=UTF-8; format=flowed<br>
<br>
<br>
<br>
Shuangxing Dai wrote:<br>
&gt; Hi, gmx-users:<br>
&gt;    I am using latest version of gromacs and found it was really slow. I<br>
&gt; was wondering anyone got the same experience and can point out where the<br>
&gt; problem is.<br>
&gt;    I was running double precision for MD. But for each dynamics<br>
&gt; simulation, it takes 4 days. I should only take two or three hours.<br>
<br>
How did you establish this benchmark?  Are you running in serial or in parallel?<br>
  If you&#39;re running in parallel, what type of interconnect do the processors<br>
have?  If they&#39;re high-latency (like gigabit ethernet) you will not get very<br>
good performance.<br>
<br>
-Justin<br>
<br>
&gt;    Here is the .mdp file:<br>
&gt; define                   =<br>
&gt; ; RUN CONTROL PARAMETERS =<br>
&gt; integrator               = sd<br>
&gt; ; start time and timestep in ps =<br>
&gt; tinit                    = 0<br>
&gt; dt                       = 0.001<br>
&gt; nsteps                   = 200000<br>
&gt; ; number of steps for center of mass motion removal =<br>
&gt; nstcomm                  = 100<br>
&gt; ; OUTPUT CONTROL OPTIONS =<br>
&gt; ; Output frequency for coords (x), velocities (v) and forces (f) =<br>
&gt; nstxout                  = 0<br>
&gt; nstvout                  = 0<br>
&gt; nstfout                  = 0<br>
&gt; ; Output frequency for energies to log file and energy file =<br>
&gt; nstlog                   = 100<br>
&gt; nstenergy                = 100<br>
&gt; ; Output frequency and precision for xtc file =<br>
&gt; nstxtcout                = 100<br>
&gt; xtc-precision            = 1000<br>
&gt; ; NEIGHBORSEARCHING PARAMETERS =<br>
&gt; ; nblist update frequency =<br>
&gt; nstlist                  = 50<br>
&gt; ; ns algorithm (simple or grid) =<br>
&gt; ns_type                  = grid<br>
&gt;<br>
&gt; ;OPTIONS FOR PRESSURE COUPLING<br>
&gt; Pcoupl                   = berendsen<br>
&gt; tau_p                    = 1<br>
&gt; compressibility          = 4.5e-05<br>
&gt; ref_p                    = 0.1<br>
&gt; ;OPTIONS FOR TEMPERATURE COUPLING<br>
&gt; tc_grps                  = system<br>
&gt; tau_t                    = 0.1<br>
&gt; ref_t                    = 300<br>
&gt; ; OPTIONS FOR BONDS     =<br>
&gt; constraints              = hbonds<br>
&gt; ; Type of constraint algorithm =<br>
&gt; constraint-algorithm     = Lincs<br>
&gt; ; Do not constrain the start configuration =<br>
&gt; unconstrained-start      = no<br>
&gt; ; Relative tolerance of shake =<br>
&gt; shake-tol                = 0.0001<br>
&gt; ; Highest order in the expansion of the constraint coupling matrix =<br>
&gt; lincs-order              = 12<br>
&gt; ; Lincs will write a warning to the stderr if in one step a bond =<br>
&gt; ; rotates over more degrees than =<br>
&gt; lincs-warnangle          = 30<br>
&gt; ; Periodic boundary conditions: xyz, no, xy<br>
&gt; pbc                      = xyz<br>
&gt; periodic_molecules       = no<br>
&gt; ; nblist cut-off<br>
&gt; rlist                    = 1<br>
&gt;<br>
&gt; ; OPTIONS FOR ELECTROSTATICS AND VDW<br>
&gt; ; Method for doing electrostatics<br>
&gt; coulombtype              = Ewald<br>
&gt; rcoulomb                 = 1<br>
&gt; ; Method for doing Van der Waals<br>
&gt; vdw-type                 = Cut-off<br>
&gt; ; cut-off lengths<br>
&gt; rvdw                     = 1<br>
&gt;<br>
&gt; ; Spacing for the PME/PPPM FFT grid<br>
&gt; fourierspacing           = 0.12<br>
&gt; ; FFT grid size, when a value is 0 fourierspacing will be used<br>
&gt; fourier_nx               = 0<br>
&gt; fourier_ny               = 0<br>
&gt; fourier_nz               = 0<br>
&gt; ; EWALD/PME/PPPM parameters<br>
&gt; pme_order                = 6<br>
&gt; ewald_rtol               = 1e-4<br>
&gt; ewald_geometry           = 3d<br>
&gt; epsilon_surface          = 0<br>
&gt; optimize_fft             = no<br>
&gt;<br>
&gt;   Can anyone help me? Thank you in advance.<br>
&gt; Thanks,<br>
&gt; Shuangxing Dai<br>
&gt;<br>
<br>
--<br>
========================================<br>
<br>
Justin A. Lemkul<br>
Ph.D. Candidate<br>
ICTAS Doctoral Scholar<br>
MILES-IGERT Trainee<br>
Department of Biochemistry<br>
Virginia Tech<br>
Blacksburg, VA<br>
jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | (540) 231-9080<br>
<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>
========================================<br>
<br>
<br>
------------------------------<br>
<br>
Message: 3<br>
Date: Thu, 15 Apr 2010 16:11:15 +0200<br>
From: XAvier Periole &lt;<a href="mailto:x.periole@rug.nl">x.periole@rug.nl</a>&gt;<br>
Subject: Re: [gmx-users] slow speed<br>
To: Discussion list for GROMACS users &lt;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>
Message-ID: &lt;<a href="mailto:04339834-5E09-4A83-86DC-7DCA920E53BE@rug.nl">04339834-5E09-4A83-86DC-7DCA920E53BE@rug.nl</a>&gt;<br>
Content-Type: text/plain; charset=US-ASCII; format=flowed; delsp=yes<br>
<br>
<br>
What makes you think it should be so fast?<br>
<br>
Nothing appears obviously wrong in the mdp file.<br>
<br>
May be this though!<br>
<br>
lincs-order              = 12<br>
<br>
On Apr 15, 2010, at 4:02 PM, Shuangxing Dai wrote:<br>
<br>
&gt; Hi, gmx-users:<br>
&gt;    I am using latest version of gromacs and found it was really<br>
&gt; slow. I was wondering anyone got the same experience and can point<br>
&gt; out where the problem is.<br>
&gt;    I was running double precision for MD. But for each dynamics<br>
&gt; simulation, it takes 4 days. I should only take two or three hours.<br>
&gt;    Here is the .mdp file:<br>
&gt; define                   =<br>
&gt; ; RUN CONTROL PARAMETERS =<br>
&gt; integrator               = sd<br>
&gt; ; start time and timestep in ps =<br>
&gt; tinit                    = 0<br>
&gt; dt                       = 0.001<br>
&gt; nsteps                   = 200000<br>
&gt; ; number of steps for center of mass motion removal =<br>
&gt; nstcomm                  = 100<br>
&gt; ; OUTPUT CONTROL OPTIONS =<br>
&gt; ; Output frequency for coords (x), velocities (v) and forces (f) =<br>
&gt; nstxout                  = 0<br>
&gt; nstvout                  = 0<br>
&gt; nstfout                  = 0<br>
&gt; ; Output frequency for energies to log file and energy file =<br>
&gt; nstlog                   = 100<br>
&gt; nstenergy                = 100<br>
&gt; ; Output frequency and precision for xtc file =<br>
&gt; nstxtcout                = 100<br>
&gt; xtc-precision            = 1000<br>
&gt; ; NEIGHBORSEARCHING PARAMETERS =<br>
&gt; ; nblist update frequency =<br>
&gt; nstlist                  = 50<br>
&gt; ; ns algorithm (simple or grid) =<br>
&gt; ns_type                  = grid<br>
&gt;<br>
&gt; ;OPTIONS FOR PRESSURE COUPLING<br>
&gt; Pcoupl                   = berendsen<br>
&gt; tau_p                    = 1<br>
&gt; compressibility          = 4.5e-05<br>
&gt; ref_p                    = 0.1<br>
&gt; ;OPTIONS FOR TEMPERATURE COUPLING<br>
&gt; tc_grps                  = system<br>
&gt; tau_t                    = 0.1<br>
&gt; ref_t                    = 300<br>
&gt; ; OPTIONS FOR BONDS     =<br>
&gt; constraints              = hbonds<br>
&gt; ; Type of constraint algorithm =<br>
&gt; constraint-algorithm     = Lincs<br>
&gt; ; Do not constrain the start configuration =<br>
&gt; unconstrained-start      = no<br>
&gt; ; Relative tolerance of shake =<br>
&gt; shake-tol                = 0.0001<br>
&gt; ; Highest order in the expansion of the constraint coupling matrix =<br>
&gt; lincs-order              = 12<br>
&gt; ; Lincs will write a warning to the stderr if in one step a bond =<br>
&gt; ; rotates over more degrees than =<br>
&gt; lincs-warnangle          = 30<br>
&gt; ; Periodic boundary conditions: xyz, no, xy<br>
&gt; pbc                      = xyz<br>
&gt; periodic_molecules       = no<br>
&gt; ; nblist cut-off<br>
&gt; rlist                    = 1<br>
&gt;<br>
&gt; ; OPTIONS FOR ELECTROSTATICS AND VDW<br>
&gt; ; Method for doing electrostatics<br>
&gt; coulombtype              = Ewald<br>
&gt; rcoulomb                 = 1<br>
&gt; ; Method for doing Van der Waals<br>
&gt; vdw-type                 = Cut-off<br>
&gt; ; cut-off lengths<br>
&gt; rvdw                     = 1<br>
&gt;<br>
&gt; ; Spacing for the PME/PPPM FFT grid<br>
&gt; fourierspacing           = 0.12<br>
&gt; ; FFT grid size, when a value is 0 fourierspacing will be used<br>
&gt; fourier_nx               = 0<br>
&gt; fourier_ny               = 0<br>
&gt; fourier_nz               = 0<br>
&gt; ; EWALD/PME/PPPM parameters<br>
&gt; pme_order                = 6<br>
&gt; ewald_rtol               = 1e-4<br>
&gt; ewald_geometry           = 3d<br>
&gt; epsilon_surface          = 0<br>
&gt; optimize_fft             = no<br>
&gt;<br>
&gt;   Can anyone help me? Thank you in advance.<br>
&gt; Thanks,<br>
&gt; Shuangxing Dai<br>
&gt; --<br>
&gt; gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
&gt; <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
&gt; Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before<br>
&gt; posting!<br>
&gt; Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
&gt; www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
&gt; Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
<br>
<br>
<br>
------------------------------<br>
<br>
Message: 4<br>
Date: Fri, 16 Apr 2010 00:18:05 +1000<br>
From: Mark Abraham &lt;<a href="mailto:Mark.Abraham@anu.edu.au">Mark.Abraham@anu.edu.au</a>&gt;<br>
Subject: Re: [gmx-users] slow speed<br>
To: Discussion list for GROMACS users &lt;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>
Message-ID: &lt;<a href="mailto:4BC7201D.4010304@anu.edu.au">4BC7201D.4010304@anu.edu.au</a>&gt;<br>
Content-Type: text/plain; charset=UTF-8; format=flowed<br>
<br>
On 16/04/2010 12:02 AM, Shuangxing Dai wrote:<br>
&gt; Hi, gmx-users:<br>
&gt;     I am using latest version of gromacs and found it was really slow. I<br>
&gt; was wondering anyone got the same experience and can point out where the<br>
&gt; problem is.<br>
&gt;     I was running double precision for MD. But for each dynamics<br>
&gt; simulation, it takes 4 days. I should only take two or three hours.<br>
<br>
Well, double precisions is slower - possibly very much so. You need<br>
twice the bus and cache bandwidth because you are throwing around twice<br>
the memory. Otherwise, we can&#39;t say much because we don&#39;t know anything<br>
about your hardware or where you got your benchmark from.<br>
<br>
Other comments below. It looks very much like you&#39;ve gone and made a<br>
bunch of semi-random changes to things. That&#39;s not normally a good idea.<br>
<br>
&gt;     Here is the .mdp file:<br>
&gt; define                   =<br>
&gt; ; RUN CONTROL PARAMETERS =<br>
&gt; integrator               = sd<br>
&gt; ; start time and timestep in ps =<br>
&gt; tinit                    = 0<br>
&gt; dt                       = 0.001<br>
&gt; nsteps                   = 200000<br>
&gt; ; number of steps for center of mass motion removal =<br>
&gt; nstcomm                  = 100<br>
&gt; ; OUTPUT CONTROL OPTIONS =<br>
&gt; ; Output frequency for coords (x), velocities (v) and forces (f) =<br>
&gt; nstxout                  = 0<br>
&gt; nstvout                  = 0<br>
&gt; nstfout                  = 0<br>
&gt; ; Output frequency for energies to log file and energy file =<br>
&gt; nstlog                   = 100<br>
&gt; nstenergy                = 100<br>
&gt; ; Output frequency and precision for xtc file =<br>
&gt; nstxtcout                = 100<br>
&gt; xtc-precision            = 1000<br>
&gt; ; NEIGHBORSEARCHING PARAMETERS =<br>
&gt; ; nblist update frequency =<br>
&gt; nstlist                  = 50<br>
&gt; ; ns algorithm (simple or grid) =<br>
&gt; ns_type                  = grid<br>
&gt;<br>
&gt; ;OPTIONS FOR PRESSURE COUPLING<br>
&gt; Pcoupl                   = berendsen<br>
&gt; tau_p                    = 1<br>
&gt; compressibility          = 4.5e-05<br>
&gt; ref_p                    = 0.1<br>
&gt; ;OPTIONS FOR TEMPERATURE COUPLING<br>
&gt; tc_grps                  = system<br>
&gt; tau_t                    = 0.1<br>
&gt; ref_t                    = 300<br>
&gt; ; OPTIONS FOR BONDS     =<br>
&gt; constraints              = hbonds<br>
&gt; ; Type of constraint algorithm =<br>
&gt; constraint-algorithm     = Lincs<br>
&gt; ; Do not constrain the start configuration =<br>
&gt; unconstrained-start      = no<br>
&gt; ; Relative tolerance of shake =<br>
&gt; shake-tol                = 0.0001<br>
&gt; ; Highest order in the expansion of the constraint coupling matrix =<br>
&gt; lincs-order              = 12<br>
<br>
That&#39;s huge, and the use of lincs is somewhat inconsistent with a 1fs<br>
timestep.<br>
<br>
&gt; ; Lincs will write a warning to the stderr if in one step a bond =<br>
&gt; ; rotates over more degrees than =<br>
&gt; lincs-warnangle          = 30<br>
&gt; ; Periodic boundary conditions: xyz, no, xy<br>
&gt; pbc                      = xyz<br>
&gt; periodic_molecules       = no<br>
&gt; ; nblist cut-off<br>
&gt; rlist                    = 1<br>
&gt;<br>
&gt; ; OPTIONS FOR ELECTROSTATICS AND VDW<br>
&gt; ; Method for doing electrostatics<br>
&gt; coulombtype              = Ewald<br>
<br>
This could be a correct decision, but it&#39;s unlikely.<br>
<br>
&gt; rcoulomb                 = 1<br>
&gt; ; Method for doing Van der Waals<br>
&gt; vdw-type                 = Cut-off<br>
&gt; ; cut-off lengths<br>
&gt; rvdw                     = 1<br>
&gt;<br>
&gt; ; Spacing for the PME/PPPM FFT grid<br>
&gt; fourierspacing           = 0.12<br>
&gt; ; FFT grid size, when a value is 0 fourierspacing will be used<br>
&gt; fourier_nx               = 0<br>
&gt; fourier_ny               = 0<br>
&gt; fourier_nz               = 0<br>
&gt; ; EWALD/PME/PPPM parameters<br>
&gt; pme_order                = 6<br>
&gt; ewald_rtol               = 1e-4<br>
<br>
Again, could be correct, or could just be killing you.<br>
<br>
&gt; ewald_geometry           = 3d<br>
&gt; epsilon_surface          = 0<br>
&gt; optimize_fft             = no<br>
<br>
Mark<br>
<br>
<br>
------------------------------<br>
<font color="#888888"><br>
--<br>
gmx-users mailing list<br>
<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
<br>
End of gmx-users Digest, Vol 72, Issue 82<br>
*****************************************<br>
</font></blockquote></div><br></div></div>