<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;">Hello All,<br>I have a protein of 576 amino acid long, and has a barell shape topolgy.<br>I have done MD simulation on it for 1ns, and my protein has got distorted shape, i.e, one of the strand became coil and other strands became small.<br>I wrote this query before also, can it be possible that this is due to equilibration conditons i am giving, i am equilibrating it for 100 ps under NVT using brendenson coupling.<br>What should be ideal time for equibrating the protein with solvent ?<br>How should it be determined, or it is based on experimenting with different conditions ?<br>Please help.<br>Regards.<br><div>--<br>Sonali Dhindwal</div></td></tr></table><br>