<div dir="ltr">Hi, gmx-users:<div>   I am using latest version of gromacs and found it was really slow. I was wondering anyone got the same experience and can point out where the problem is. </div><div>   I was running double precision for MD. But for each dynamics simulation, it takes 4 days. I should only take two or three hours.</div>

<div>   Here is the .mdp file: </div><div>define                   =</div><div>; RUN CONTROL PARAMETERS =</div><div>integrator               = sd</div><div>; start time and timestep in ps =</div><div>tinit                    = 0</div>

<div>dt                       = 0.001</div><div>nsteps                   = 200000</div><div>; number of steps for center of mass motion removal =</div><div>nstcomm                  = 100</div><div>; OUTPUT CONTROL OPTIONS =</div>

<div>; Output frequency for coords (x), velocities (v) and forces (f) =</div><div>nstxout                  = 0</div><div>nstvout                  = 0</div><div>nstfout                  = 0</div><div>; Output frequency for energies to log file and energy file =</div>

<div>nstlog                   = 100</div><div>nstenergy                = 100</div><div>; Output frequency and precision for xtc file =</div><div>nstxtcout                = 100</div><div>xtc-precision            = 1000</div>

<div>; NEIGHBORSEARCHING PARAMETERS =</div><div>; nblist update frequency =</div><div>nstlist                  = 50</div><div>; ns algorithm (simple or grid) =</div><div>ns_type                  = grid</div><div><br></div>

<div>;OPTIONS FOR PRESSURE COUPLING</div><div>Pcoupl                   = berendsen</div><div>tau_p                    = 1</div><div>compressibility          = 4.5e-05</div><div>ref_p                    = 0.1</div><div>;OPTIONS FOR TEMPERATURE COUPLING</div>

<div>tc_grps                  = system</div><div>tau_t                    = 0.1</div><div>ref_t                    = 300</div><div>; OPTIONS FOR BONDS     =</div><div>constraints              = hbonds</div><div>; Type of constraint algorithm =</div>

<div>constraint-algorithm     = Lincs</div><div>; Do not constrain the start configuration =</div><div>unconstrained-start      = no</div><div>; Relative tolerance of shake =</div><div>shake-tol                = 0.0001</div>

<div>; Highest order in the expansion of the constraint coupling matrix =</div><div>lincs-order              = 12</div><div>; Lincs will write a warning to the stderr if in one step a bond =</div><div>; rotates over more degrees than =</div>

<div>lincs-warnangle          = 30</div><div>; Periodic boundary conditions: xyz, no, xy</div><div>pbc                      = xyz</div><div>periodic_molecules       = no</div><div>; nblist cut-off        </div><div>rlist                    = 1</div>

<div><br></div><div>; OPTIONS FOR ELECTROSTATICS AND VDW</div><div>; Method for doing electrostatics</div><div>coulombtype              = Ewald</div><div>rcoulomb                 = 1</div><div>; Method for doing Van der Waals</div>

<div>vdw-type                 = Cut-off</div><div>; cut-off lengths       </div><div>rvdw                     = 1</div><div><br></div><div>; Spacing for the PME/PPPM FFT grid</div><div>fourierspacing           = 0.12</div>

<div>; FFT grid size, when a value is 0 fourierspacing will be used</div><div>fourier_nx               = 0</div><div>fourier_ny               = 0</div><div>fourier_nz               = 0</div><div>; EWALD/PME/PPPM parameters</div>

<div>pme_order                = 6</div><div>ewald_rtol               = 1e-4</div><div>ewald_geometry           = 3d</div><div>epsilon_surface          = 0</div><div>optimize_fft             = no</div><div><br></div><div>
  Can anyone help me? Thank you in advance.</div>
<div>Thanks,<br>Shuangxing Dai<br>
</div></div>