<html><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><div><br></div><div>for the position restrain simulations have a llok at :</div><div><a href="http://www.gromacs.org/Documentation/How-tos/Position_Restraints">http://www.gromacs.org/Documentation/How-tos/Position_Restraints</a></div><div><br></div><div>Starting from an homology model you should expect some relaxation&nbsp;</div><div>of the structure during the simulation.</div><div><br></div><div><div>On Apr 15, 2010, at 11:06 AM, sonali dhindwal wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite"><table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0"><tbody><tr><td valign="top" style="font: inherit;">Thanks for the answer,<br>My protein strucutre is a homology model,,on which i want to do the simulation. and the change in conformation after MD simulation is more than RMSD of 2 Angstrom, that too in&nbsp; the active site of the protein<br>and you said that "Using position restrain on the&nbsp;<div>heavy atoms of the protein first, and then on the Calphas is generally a good</div>idea."<br>How we can do this ??<br>and you also mentioned that time period could b increased from 100 to 500 ps, does increase in time will be helpful in not distorting the strucutre ?<br>Regards<br><div>--<br>Sonali Dhindwal</div><br><br>--- On <b>Thu, 15/4/10, XAvier Periole <i>&lt;<a href="mailto:x.periole@rug.nl">x.periole@rug.nl</a>&gt;</i></b> wrote:<br><blockquote style="border-left: 2px solid rgb(16, 16, 255); margin-left: 5px; padding-left: 5px;"><br>From: XAvier Periole &lt;<a href="mailto:x.periole@rug.nl">x.periole@rug.nl</a>&gt;<br>Subject: Re: [gmx-users] Time for equilibration<br>To: "Discussion list for GROMACS users" &lt;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>Date: Thursday, 15 April, 2010, 1:46 PM<br><br><div id="yiv217793610"><div><br></div>The distortion of a protein starting structure can result from various reasons:<div>1- experimental determination of the structure: this include the experimental</div><div>conditions (T, pH) as well as the crystal contacts if X-ray were used, dynamics</div><div>of some part of the molecule if NMR.</div><div>2- the manner you solvate and equilibrate. Using position restrain on the&nbsp;</div><div>heavy atoms of the protein first, and then on the Calphas is generally a good</div><div>idea. The time you need to run those simulations depends on the system. If</div><div>you see deviations you can try to run a bit longer. 100 ps is generally sufficient</div><div>but can be extended to 500 ps, this is no problem.</div><div>3- the force field you are using might also trigger some "small" deviations of the&nbsp;</div><div>protein. The protein structure might contain "strange" local configuration that</div><div>are not sable in the FF.&nbsp;</div><div>4- you set up, meaning time step, temperature, pressure, ...</div><div><br></div><div>Note finally that a deviation from the starting structure might just be a fluctuation</div><div>of a labile region of the protein ...&nbsp;</div><div><br></div><div><div><div>On Apr 15, 2010, at 8:40 AM, sonali dhindwal wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite"><table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0"><tbody><tr><td style="font-family: inherit; font-style: inherit; font-variant: inherit; font-weight: inherit; font-size: inherit; line-height: inherit; font-size-adjust: inherit; font-stretch: inherit;" valign="top">Hello All,<br>I have a protein of 576 amino acid long, and has a barell shape topolgy.<br>I have done MD simulation on it for 1ns, and my protein has got distorted shape, i.e, one of the strand became coil and other strands became small.<br>I wrote this query before also, can it be possible that this is due to equilibration conditons i am giving, i am equilibrating it for 100 ps under NVT using brendenson coupling.<br>What should be ideal time for equibrating the protein with solvent ?<br>How should it be determined, or it is based on experimenting with different conditions ?<br>Please help.<br>Regards.<br><div>--<br>Sonali Dhindwal</div></td></tr></tbody></table><br>-- <br>gmx-users mailing list &nbsp;&nbsp;&nbsp;<a rel="nofollow" ymailto="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank" href="/mc/compose?to=gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><a rel="nofollow" target="_blank" href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a></blockquote></div><br></div></div><br>-----Inline Attachment Follows-----<br><br><div class="plainMail">-- <br>gmx-users mailing list&nbsp; &nbsp; <a ymailto="mailto:gmx-users@gromacs.org" href="/mc/compose?to=gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>www interface or send it to <a ymailto="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" href="/mc/compose?to=gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a></div></blockquote></td></tr></tbody></table><br>-- <br>gmx-users mailing list &nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before posting!<br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</blockquote></div><br></body></html>