<html><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">If you get this to work, you may still have problems as SPC and TIP3P have different geometries. &nbsp;A box of 216 waters is pretty easy to equilibrate; you could have this done for TIP3P in no time at all.<div><br></div><div><br><div><div>On Apr 16, 2010, at 4:46 AM, <a href="mailto:kecy_wu@sina.com">kecy_wu@sina.com</a> wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite"><p>&nbsp;Hello,I&nbsp;want to &nbsp;use spc216.gro and apply the tip3p.itp parameters, but it would make a mistake for the pre-processor "grompp" ,it said can't find HW atomtypes, the force file which I used is "<span lang="EN-US" style="FONT-SIZE: 10.5pt; FONT-FAMILY: 'Times New Roman'; mso-bidi-font-size: 12.0pt; mso-fareast-font-family: 宋体; mso-font-kerning: 1.0pt; mso-ansi-language: EN-US; mso-fareast-language: ZH-CN; mso-bidi-language: AR-SA">ffG<st1:chmetcnv w:st="on" unitname="a" sourcevalue="43" hasspace="False" negative="False" numbertype="1" tcsc="0">43a</st1:chmetcnv>1.itp". my tip3p.itp file&nbsp;is as follows:</span>&nbsp;</p><p>&nbsp;<em>[ moleculetype ]<br>; molname&nbsp;nrexcl<br>SOL&nbsp;&nbsp;2</em></p><p><em>[ atoms ]<br>; id&nbsp;at type&nbsp;res nr &nbsp;residu name&nbsp;at name&nbsp;&nbsp;cg nr&nbsp;charge<br>#ifdef _FF_OPLS<br>1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_111&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; SOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; OW&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.834<br>2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_112&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; SOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HW1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.417<br>3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_112&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; SOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HW2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.417<br>#endif<br>#ifdef _FF_CHARMM<br>1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; OT&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; SOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; OW&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.834<br>2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HT&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; SOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HW1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.417<br>3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HT&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; SOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HW2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.417<br>#endif<br>#ifdef _FF_GROMACS <br>1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; OWT3&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; SOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; OW&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.834<br>2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HW&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; SOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HW1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.417<br>3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HW&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; SOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HW2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.417<br>#endif<br>#ifdef _FF_GROMOS96<br>1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; OWT3&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; SOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; OW&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.834<br>2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HW&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; SOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HW1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.417<br>3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HW&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; SOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HW2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.417<br>#endif</em></p><p><em>#ifdef FLEXIBLE<br>[ bonds ]<br>; i&nbsp;j&nbsp;funct&nbsp;length&nbsp;force.c.<br>1&nbsp;2&nbsp;1&nbsp;0.09572&nbsp;502416.0 0.09572&nbsp;502416.0 <br>1&nbsp;3&nbsp;1&nbsp;0.09572&nbsp;502416.0 0.09572&nbsp;502416.0 <br>&nbsp;</em></p><p><em>[ angles ]<br>; i&nbsp;j&nbsp;k&nbsp;funct&nbsp;angle&nbsp;force.c.<br>2&nbsp;1&nbsp;3&nbsp;1&nbsp;104.52&nbsp;628.02&nbsp;104.52&nbsp;628.02&nbsp;</em></p><p><em>#else<br>[ settles ]<br>; i&nbsp;j&nbsp;funct&nbsp;length<br>1&nbsp;1&nbsp;0.09572&nbsp;0.15139</em></p><p><em>[ exclusions ]<br>1&nbsp;2&nbsp;3<br>2&nbsp;1&nbsp;3<br>3&nbsp;1&nbsp;2<br>#endif</em></p><p>the version of the gromacs is 4.0.5.</p><div>&nbsp;<br class="khtml-block-placeholder"></div><p>Thank you for all your help !</p><div>&nbsp;<br class="khtml-block-placeholder"></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">--<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">gmx-users mailing list<span class="Apple-converted-space">&nbsp; &nbsp; </span><a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a></div> </blockquote></div><br></div></body></html>