
<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN">


<HTML><HEAD>


<META http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=gb2312">


<META content="MSHTML 6.00.2900.5945" name=GENERATOR>


<STYLE></STYLE>


</HEAD>


<BODY bgColor=#ffffff>


<DIV><FONT size=2></FONT>&nbsp;</DIV>


<DIV style="FONT: 9pt ثخجه"><FONT size=3>Hello gmx-users,</FONT></DIV>


<DIV><FONT size=2>&nbsp;&nbsp;&nbsp;</FONT><FONT size=3> I just have&nbsp;one 


question about&nbsp; modifing the source code of gromacs4.0.7.For I want to 


control the motion of one certain atom (e.g. atom 200).I added some codes 


like&nbsp;<EM>"<FONT color=#ff0000>if(n==my_atom)xprime[n][d]&nbsp;&nbsp; = 


x[n][d]+...;"</FONT></EM>&nbsp; in the functionstatic <EM>void 


do_update_md()</EM> of the file<EM> gromacs-4.0.7\src\mdlib\update.c.</EM>But 


when I run it Parallel (mpi run),I find that the atom serial number n isn't the 


real atom serial number n on each CPU.So the code <EM>"<FONT 


color=#ff0000>if(n==my_atom)"</FONT></EM> is futile.How can I achieve 


it.</FONT></DIV>


<DIV>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


&nbsp; Thank your.</DIV>


<DIV>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


chuan</DIV></BODY></HTML>