<html><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><div><br></div><div>The representation of extended regions (b-sheets) is more stable using elastic&nbsp;</div><div>bonds than a dihedral angle because the flexibility of the force field makes possible</div><div>the occurrence of situations where the two bonds get aligned and therefore the&nbsp;</div><div>plan used to defined the dihedral can not be calculated and the program crashes.</div><div><br></div><div>But I am not sure that was your problem. You mentioned that the program was&nbsp;</div><div>stopping due to too many lincs warnings. Cycles (trp, phe, his) seemed to be the&nbsp;</div><div>cause.&nbsp;</div><div>Do you still have lincs warnings, may be less?&nbsp;</div><div><br></div><div>The other thing is that is your protein deforms as much as before, there is another</div><div>way to simulate you protein with &nbsp;Martini:&nbsp;</div><div><a href="http://md.chem.rug.nl/cgmartini/index.php/tools/118-end">http://md.chem.rug.nl/cgmartini/index.php/tools/118-end</a></div><div><br></div><div>XAvier.</div><div><br></div><div><div>On Apr 20, 2010, at 7:16 AM, Trang wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite">Elastic bonds did help the system survive. I'm not really understand why do we need "more robust" bonds in this system. Does it mean that there exists large forces that cause my system to blow up? Would you mind giving an explanation?<br> <br>Thanks indeed for your taking time to help.<br><br>Trang<br><br><br><div class="gmail_quote">On Mon, Apr 19, 2010 at 4:26 PM, Martti Louhivuori <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:m.j.louhivuori@rug.nl">m.j.louhivuori@rug.nl</a>&gt;</span> wrote:<br> <blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><div class="im">On 19 Apr 2010, at 06:49, Trang wrote:<br> <blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"> The protein topo is too large, so I put it here. <a href="http://pastie.org/926617" target="_blank">http://pastie.org/926617</a><br> </blockquote> <br></div> The protein topology is fine, but you could try also with elastic bonds instead of dihedrals in the extended regions (--elastic option). Elastic bonds are more robust than dihedrals, especially if running with a larger timestep (30fs).<div class="im"> <br> <br> <blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"> Here is the system topology.<br> <br> ----------------------------<br> #include "../martini_v2.1.itp"<br> #include "../martini_v2.1_aminoacids.itp"<br> </blockquote> <br></div> The last line is unnecessary. Use it only when simulating single aminoacids instead of a polypeptide.<div class="im"><br> <br> <blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"> Minimized structure showed no close contact (with distance cutoff 1.6, even to 1.9). Production run stopped at<br> </blockquote> <br></div> That's only 0.16-0.19nm, so overlap is still possible.<div class="im"><br> <br> <blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"> step 175552 (5266.56 ps) with Segmentation fault, preceeded with a lot of Lincs warnings (I set ring_bonds = "constraints"). &nbsp;This is the mdp file, this file goes along with the system in vaccuum that crashed. I'm not sure if<br> </blockquote> <br></div> What's different this time around? Last time you said you couldn't run it even in vacuum.<br> <br> Sounds like you are just hitting statistical limits with your combination of (extended) dihedrals + 30fs timestep. Use a smaller timestep (20fs for example) or switch to local elastic bonds for the beta-strands... and solvate the system (without overlap) so the simulation makes some sense!<div> <div></div><div class="h5"><br> <br> -martti-<br> --<br> Post-doctoral research fellow<br> Moleculaire Dynamica<br> University of Groningen<br> Nijenborgh 4, 9747AG Groningen, the Netherlands<br> tel. +(31) 50 363 4339 | fax. +(31) 50 363 4398<br> <br> -- <br> gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br> <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br> Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br> Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use thewww interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br> Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br> </div></div></blockquote></div><br> -- <br>gmx-users mailing list &nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before posting!<br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</blockquote></div><br></body></html>