Elastic bonds did help the system survive. I&#39;m not really understand why do we need &quot;more robust&quot; bonds in this system. Does it mean that there exists large forces that cause my system to blow up? Would you mind giving an explanation?<br>
<br>Thanks indeed for your taking time to help.<br><br>Trang<br><br><br><div class="gmail_quote">On Mon, Apr 19, 2010 at 4:26 PM, Martti Louhivuori <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:m.j.louhivuori@rug.nl">m.j.louhivuori@rug.nl</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><div class="im">On 19 Apr 2010, at 06:49, Trang wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
The protein topo is too large, so I put it here. <a href="http://pastie.org/926617" target="_blank">http://pastie.org/926617</a><br>
</blockquote>
<br></div>
The protein topology is fine, but you could try also with elastic bonds instead of dihedrals in the extended regions (--elastic option). Elastic bonds are more robust than dihedrals, especially if running with a larger timestep (30fs).<div class="im">
<br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Here is the system topology.<br>
<br>
----------------------------<br>
#include &quot;../martini_v2.1.itp&quot;<br>
#include &quot;../martini_v2.1_aminoacids.itp&quot;<br>
</blockquote>
<br></div>
The last line is unnecessary. Use it only when simulating single aminoacids instead of a polypeptide.<div class="im"><br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Minimized structure showed no close contact (with distance cutoff 1.6, even to 1.9). Production run stopped at<br>
</blockquote>
<br></div>
That&#39;s only 0.16-0.19nm, so overlap is still possible.<div class="im"><br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
step 175552 (5266.56 ps) with Segmentation fault, preceeded with a lot of Lincs warnings (I set ring_bonds = &quot;constraints&quot;).  This is the mdp file, this file goes along with the system in vaccuum that crashed. I&#39;m not sure if<br>

</blockquote>
<br></div>
What&#39;s different this time around? Last time you said you couldn&#39;t run it even in vacuum.<br>
<br>
Sounds like you are just hitting statistical limits with your combination of (extended) dihedrals + 30fs timestep. Use a smaller timestep (20fs for example) or switch to local elastic bonds for the beta-strands... and solvate the system (without overlap) so the simulation makes some sense!<div>
<div></div><div class="h5"><br>
<br>
-martti-<br>
--<br>
Post-doctoral research fellow<br>
Moleculaire Dynamica<br>
University of Groningen<br>
Nijenborgh 4, 9747AG Groningen, the Netherlands<br>
tel. +(31) 50 363 4339 | fax. +(31) 50 363 4398<br>
<br>
-- <br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use thewww interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
</div></div></blockquote></div><br>