<html><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><br><div><div>On Apr 20, 2010, at 7:39 PM, Bharath.K. Chakravarthi wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite"><div>no i did not used -v flag at that command may be thats the mistake</div><div>thank u Justin</div><div><br></div><div class="gmail_quote">On Tue, Apr 20, 2010 at 10:54 PM, Justin A. Lemkul <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;</span> wrote:<br> <blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;"><div class="im"><br> <br> Bharath.K wrote:<br> <blockquote class="gmail_quote" style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0.8ex; border-left-width: 1px; border-left-color: rgb(204, 204, 204); border-left-style: solid; padding-left: 1ex; position: static; z-index: auto; "> I'm using gromacs-3.3.3 and here is the parameter<br> <br> ..<br> ..<br> nstxout &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;500<br> nstvout &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;1000<br> nstfout &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;0<br> nstlist &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;100<br></blockquote></div></blockquote></div></blockquote>This might not be the best choice! it is generally kept under 10! It depends on your</div><div>system/force field though....<br><blockquote type="cite"><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;"><div class="im"><blockquote class="gmail_quote" style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0.8ex; border-left-width: 1px; border-left-color: rgb(204, 204, 204); border-left-style: solid; padding-left: 1ex; position: static; z-index: auto; "> nstlog &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;100<br> nstenergy &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;10<br> nstxtcout &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;500<br> ..<br> ..<br> <br> &nbsp;for writing trajectories in .mdp file and what is check point file and -cpi file.cpt ...<br> i did not get u.... :(<br> <br> </blockquote> <br></div> This is why stating your Gromacs version at the outset is useful. &nbsp;Checkpointing was introduced in Gromacs 4.0, so you won't be able to use it.<br> <br> You also have not answered my first question. &nbsp;What is your mdrun command line? &nbsp;Did you use the -v flag? &nbsp;If not, you will not get any information about completion time. &nbsp;There is nothing that the .mdp options or tpbconv will do for you as far as completion time is concerned.<br> <font color="#888888"> <br> -Justin</font><div><div class="h5"><br> <br> <blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"> On Tue, 20 Apr 2010 22:20:35 +0530, XAvier Periole &lt;<a href="mailto:x.periole@rug.nl" target="_blank">x.periole@rug.nl</a>&gt; wrote:<br> <br> <blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"> <br> <blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"> <br> &gt;tpbconv -s md.tpr -f md_traj.chk.trr -o md_01.tpr -until 1000<br> this shows last step before crashing and starts from there until 1000<br> <br> </blockquote> <br> <blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"> then<br> <br> &gt;mdrun -s md_01.tpr -o md_traj_01.trr -c minim_water.gro -g md.log -<br> e minim_ener_01.edr<br> <br> </blockquote> <br> Nothing seem particularly wrong! May be you write your trajectory file<br> too often! Did the original the indicated the same amount of data to be<br> written?<br> <br> which version of gmx you are using? actually using the check point<br> file is relatively easy (-cpi fie.cpt to add to mdrun) and does all<br> the work for you!<br> <blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"> <br> </blockquote> <br> <br> <blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"> <br> On Tue, Apr 20, 2010 at 7:50 PM, XAvier Periole &lt;<a href="mailto:x.periole@rug.nl" target="_blank">x.periole@rug.nl</a>&gt;<br> wrote:<br> <br> On Apr 20, 2010, at 9:14 AM, Bharath.K wrote:<br> <br> Hello all....<br> i got a system crash at some steps..<br> after creating the new .trr file using command tpbconv<br> trr file with tpbconv? you mean tpr?<br> and running MDS<br> what is MDS?<br> <br> by mdrun command the approximate finishing time is not showing.....<br> and also a warning is showing as<br> <br> WARNING: this run may generate approximately 4583292 Mb of data....<br> That is a bit enormous<br> <br> <br> is there any changes that i should do while giving the command and<br> can i continue with this warning.....<br> Which exact command did you use?<br> <br> <br> <br> -- <br> Bharath.K<br> Ph-9535629260<br> -- <br> gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br> <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br> Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before<br> posting!<br> Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use thewww<br> interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br> Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br> <br> -- <br> gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br> <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br> Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before<br> posting!<br> Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use thewww<br> interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br> Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br> <br> <br> <br> -- <br> Bharath.K.Chakravarthi<br> Ph:9535629260<br> -- <br> gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br> <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br> Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before<br> posting!<br> Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br> www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br> Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br> </blockquote> <br> </blockquote> <br> <br> </blockquote> <br> -- <br></div></div><div class="im"> ========================================<br> <br> Justin A. Lemkul<br> Ph.D. Candidate<br> ICTAS Doctoral Scholar<br> MILES-IGERT Trainee<br> Department of Biochemistry<br> Virginia Tech<br> Blacksburg, VA<br> jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | (540) 231-9080<br> <a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br> <br> ========================================<br> -- <br></div><div><div class="h5"> gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br> <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br> Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br> Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br> Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br> </div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Bharath.K.Chakravarthi<br>Ph:9535629260<br> -- <br>gmx-users mailing list &nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before posting!<br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</blockquote></div><br></body></html>