<div>Dear Justin</div>
<div>thanks for your accuracy.</div>
<div>I want to use simulated annealing to obtain global minimum for<br>protein-dna structure. I will do first heating and then slowly cooling and I will my full md simulation in 300K. is my manner true?<br>if so, is my mdp file true, now?</div>

<div><br>Tcouple = berendsen</div>
<div>ref_t = 300</div>
<div>annealing = single</div>
<div>annealing_npoints = 9</div>
<div>annealing_time = 0  3  6  9  12 15  18  21  24</div>
<div>annealing_temp = 150  650  600  550  500  450  400  350  300</div>
<div><br>my main questions are that</div>
<div>1) is last line of mdp file suitable for simulated annealing?</div>
<div>2) is there relation between (annealing_time = 0  3  6  9  12 15  18  21  24) and (dt and nsteps)? <br></div>
<div> </div>