
<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN">


<HTML><HEAD>


<META http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=gb2312">


<META content="MSHTML 6.00.2900.5945" name=GENERATOR>


<STYLE></STYLE>


</HEAD>


<BODY bgColor=#ffffff>


<DIV><FONT size=3>Hi,gmx-users,</FONT></DIV>


<DIV><FONT size=2>&nbsp;&nbsp;&nbsp;</FONT><FONT size=3>Now I want to control 


the motion of&nbsp;a certain atom&nbsp;(due to special needs).So I added some 


codes like&nbsp;<EM>"<FONT color=#ff0000>if(n==my_atom)xprime[n][d]&nbsp;&nbsp; 


= x[n][d]+...;"</FONT></EM>&nbsp; in the functionstatic <EM>"void 


do_update_md()"</EM> of the file<EM> "gromacs-4.0.7\src\mdlib\update.c".</EM>But 


when mpi run,The gromacs performs a domain decomposition algorithm ,which 


assign&nbsp; a certain amount&nbsp;of atoms to each CPU(The atoms called local 


atoms).But the serial number "n"&nbsp;of local atoms always start from 0.So the 


code <EM>"<FONT color=#ff0000>if(n==my_atom)"</FONT></EM> is 


futile.</FONT></DIV>


<DIV><FONT size=2>&nbsp;&nbsp; <FONT size=3>Now I</FONT> </FONT><FONT 


size=3>come into consideration to differentiate "my_atom" by its name.But I am 


not sure about whether there exist the atom name&nbsp;at the the process 


of&nbsp;mdrun.Or Is there a more simple way to&nbsp; achieve it.</FONT></DIV>


<DIV>&nbsp;</DIV>


<DIV><FONT size=2>{The functions&nbsp;be involved with <FONT size=3>domain 


decomposition algorithm </FONT></FONT><FONT size=2>are:</FONT></DIV>


<DIV><FONT size=2><FONT size=3>&nbsp;</FONT>


<DIV class=O v:shape="_x0000_s1026">


<DIV style="mso-char-wrap: 1; mso-kinsoku-overflow: 1"><SPAN lang=EN-US 


style="mso-fareast-font-family: ثخجه; mso-hansi-font-family: Arial; mso-fareast-language: ZH-CN">&nbsp;


<DIV class=O v:shape="_x0000_s1026">


<DIV style="mso-char-wrap: 1; mso-kinsoku-overflow: 1"><SPAN lang=EN-US 


style="mso-fareast-font-family: ثخجه; mso-hansi-font-family: Arial; mso-fareast-language: ZH-CN">/src/mdlib/domdec.c(7458) 


</SPAN><SPAN lang=EN-US 


style="mso-fareast-font-family: ثخجه; mso-hansi-font-family: Arial; mso-fareast-language: ZH-CN">void 


dd_partition_system()&nbsp; (called by do_md())</SPAN></DIV>


<DIV style="mso-char-wrap: 1; mso-kinsoku-overflow: 1"><SPAN lang=EN-US 


style="mso-fareast-font-family: ثخجه; mso-hansi-font-family: Arial; mso-fareast-language: ZH-CN">&nbsp;


<DIV class=O v:shape="_x0000_s1026">


<DIV style="mso-char-wrap: 1; mso-kinsoku-overflow: 1"><SPAN lang=EN-US 


style="mso-fareast-font-family: ثخجه; mso-hansi-font-family: Arial; mso-fareast-language: ZH-CN">/src/mdlib/domdec.c(3365) 


</SPAN><SPAN lang=EN-US 


style="mso-fareast-font-family: ثخجه; mso-hansi-font-family: Arial; mso-fareast-language: ZH-CN">static 


void get_cg_distribution()</SPAN></DIV>


<DIV style="mso-char-wrap: 1; mso-kinsoku-overflow: 1"><SPAN lang=EN-US 


style="mso-fareast-font-family: ثخجه; mso-hansi-font-family: Arial; mso-fareast-language: ZH-CN">&nbsp;


<DIV class=O v:shape="_x0000_s1026">


<DIV style="mso-char-wrap: 1; mso-kinsoku-overflow: 1"><SPAN lang=EN-US 


style="mso-fareast-font-family: ثخجه; mso-hansi-font-family: Arial; mso-fareast-language: ZH-CN">/src/mdlib/domdec_network.c(187)</SPAN><SPAN 


lang=EN-US 


style="mso-fareast-font-family: ثخجه; mso-hansi-font-family: Arial; mso-fareast-language: ZH-CN">void 


dd_scatter() </SPAN></DIV></DIV></SPAN></DIV></DIV></SPAN></DIV>


<DIV style="mso-char-wrap: 1; mso-kinsoku-overflow: 1"><SPAN lang=EN-US 


style="mso-fareast-font-family: ثخجه; mso-hansi-font-family: Arial; mso-fareast-language: ZH-CN"></SPAN>&nbsp;</DIV></DIV></SPAN></DIV>


<DIV 


style="mso-char-wrap: 1; mso-kinsoku-overflow: 1; mso-line-spacing: '100 50 0'"></DIV></DIV>}</FONT></DIV>


<DIV>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


Thank your.</DIV>


<DIV>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


chuan</DIV></BODY></HTML>