<div>Did you preprocess the .tpr file for 2 cores with grompp? Also, I believe you have to have an additional -np 2 after the mdrun_mpi command: mpirun -np 2 mdrun_mpi -s 200ns.tpr -e 200ns.edr -o 200ns.trr -g 200ns.log<br>
-c 200ns.gro -np 2<br></div>
<div>-- at least this is what I understand from what my prof told me. We just started running parallel simulations for an undergraduate research project and I believe that is how we input commands. I&#39;m sure the gromacs experts will correct me if I&#39;m wrong.</div>

<div> </div>
<div>Good luck!</div>
<div> </div>
<div>Arden<br></div>
<div class="gmail_quote">On Tue, Apr 20, 2010 at 7:55 AM, Hsin-Lin <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jiangsl@phys.sinica.edu.tw">jiangsl@phys.sinica.edu.tw</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote style="BORDER-LEFT: #ccc 1px solid; MARGIN: 0px 0px 0px 0.8ex; PADDING-LEFT: 1ex" class="gmail_quote">Hi,<br><br>I want to use my dual core PC to do the simulation.<br>The version of GROMACS installed is version 4.0.5.<br>
According the message post by others on mailing list before.<br>I type &quot;lamboot&quot; first, and type the commend:<br>mpirun -np 2 mdrun_mpi -s 200ns.tpr -e 200ns.edr -o 200ns.trr -g 200ns.log<br>-c 200ns.gro.<br>When the simulation starts, I use the commend, &quot;top&quot;, to check the utility<br>
of CPU.<br>I found there is only one core which is used by GROMACS.<br>And the utility of this core is separated to 52% and 48% for two mdrun_mpi<br>jobs.<br>How can I do for that?<br>Any and all assistance is greatly appreciated.<br>
<font color="#888888"><br>Hsin-Lin<br></font>
<div>
<div></div>
<div class="h5"><br>--<br>gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br></div></div></blockquote></div><br>