Hi ALL,<br><br>I want to do a MD simulation by restraining (freezing) the helical portions and allowing only the loop regions to move. I tried doing this by applying heavy restrain on the helical residues by generating a .itp file with the &quot;genrestr&quot; command with an index file containing the desired residue numbers. However during the simulation I am finding that the entire protein is moving. Am I doing anything wrong? Or is there any other way to freeze a portion of a protein? Any suggestion is welcome. thanks a lot in advance.<br>
<br>Regards,<br><br>Anirban<br>