Hi,<br>I&#39;m trying to apply some distance restraints to several H-bonds in my systems (all in protein) . Due to manual I added following lines<br>[ distance_restraints ]<br>; ai     aj     type index type’ low up1  up2 fac<br>
  3880   4829    1    0     1     0.0 0.22 0.4 1.0<br>  3880   7692    1    0     1     0.0 0.22 0.4 1.0<br>  4820   6654    1    1     1     0.0 0.22 0.4 1.0<br>  4820   6700    1    1     1     0.0 0.22 0.4 1.0<br>  6652   6889    1    2     1     0.0 0.22 0.4 1.0<br>
  6652   6856    1    2     1     0.0 0.22 0.4 1.0<br>in itp. file<br><br>and following lines <br>disre                    = simple<br>disre_weighting          = equal<br>disre_mixed              = no<br>disre_fc                 = 1000<br>
disre_tau                = 0<br><br>in .mdp file. Next md simulation run fine and after it I see Dist.-Rest. option when executing g_energy, but I don&#39;t see any distinct influence on trajectory - all restrainted distances seems to be free and sometimes even exceeding 4 angstrom. I tried to change index, type&#39;, disre_fc values from 1000 to 200000, but nothing helped.<br>
Besides that when I&#39;m trying to use g_disre I&#39;m getting following error - &#39;Segmentation fault&#39;<br>So what&#39;s wrong and how can I be sure that distance restraints works?<br>thanks in advance.<br><br>