Dear Justin,<br><br>1- Could you please check if I have grouped atoms properly? Lastly, I could generate the tpr file for PR step. Since I am getting segmentation fault in the next step I though maybe there is sth wring with charge groups.. <br>
<br>However, I have a funda,mental question. I am to compute interaction parameters for ternary system of hexane/polyethylene/ethylene. Sofar I have only hexane as solvent, later polyethylene and ethylene will be added. My questions is for this apolar system, do I need to worry about electrostatic interactions between atoms? I mean could I skip buildig charge groups if I am interested in cacluation of interaction parameters BETWEEN hexane, polyethylene and ethylene?<br>
<br>[ atoms ]<br>;   nr       type  resnr residue  atom   cgnr     charge       mass  typeB    chargeB      massB<br>     1   opls_157      1   HEX      C1      1      -0.18     12.011   ; qtot -0.18<br>     2   opls_158      1   HEX      C2      2      -0.12     12.011   ; qtot -0.3<br>
     3   opls_158      1   HEX      C3      3      -0.12     12.011   ; qtot -0.42<br>     4   opls_158      1   HEX      C4      4      -0.12     12.011   ; qtot -0.54<br>     5   opls_158      1   HEX      C5      5      -0.12     12.011   ; qtot -0.66<br>
     6   opls_157      1   HEX      C6      6      -0.18     12.011   ; qtot -0.84<br>     7   opls_140      1   HEX      H1      1       0.06      1.008   ; qtot -0.78<br>     8   opls_140      1   HEX      H2      1       0.06      1.008   ; qtot -0.72<br>
     9   opls_140      1   HEX      H3      1       0.06      1.008   ; qtot -0.66<br>    10   opls_140      1   HEX      H4      2       0.06      1.008   ; qtot -0.6<br>    11   opls_140      1   HEX      H5      2       0.06      1.008   ; qtot -0.54<br>
    12   opls_140      1   HEX      H6      3       0.06      1.008   ; qtot -0.48<br>    13   opls_140      1   HEX      H7      3       0.06      1.008   ; qtot -0.42<br>    14   opls_140      1   HEX      H8      4       0.06      1.008   ; qtot -0.36<br>
    15   opls_140      1   HEX      H9      4       0.06      1.008   ; qtot -0.3<br>    16   opls_140      1   HEX     H10      5       0.06      1.008   ; qtot -0.24<br>    17   opls_140      1   HEX     H11      5       0.06      1.008   ; qtot -0.18<br>
    18   opls_140      1   HEX     H12      6       0.06      1.008   ; qtot -0.12<br>    19   opls_140      1   HEX     H13      6       0.06      1.008   ; qtot -0.06<br>    20   opls_140      1   HEX     H14      6       0.06      1.008   ; qtot 0<br>
<br>2- I tried to run the position restrained simulation. VERSION 4.0.7 with  &quot;mdrun -s Hexane_pr.tpr -o Hexane_pr.tpr -c Hexane_b4md -v &gt;&amp; output.mdrun_pr&quot;. After a few seconds I get segmentation fault error. I did a thorough search on mailing list and found a smilar situation where Mr. MArck Abraham introduced  <a href="http://oldwiki.gromacs.org/index.php/blowing_=up">http://oldwiki.gromacs.org/index.php/blowing_=up</a> but link is not working. Do I need to change the constraint algorithm? Could you please tell me why I am getting segmentation error? Does it have to do with kinetic energy?<br>
<br>output.mdrun_pr<br><br>starting mdrun &#39;HEX&#39;<br>500 steps,      1.0 ps.<br>^Mstep 0<br>Step 26, time 0.052 (ps)  LINCS WARNING<br>relative constraint deviation after LINCS:<br>rms 0.000193, max 0.001508 (between atoms 81 and 100)<br>
bonds that rotated more than 30 degrees:<br> atom 1 atom 2  angle  previous, current, constraint length<br>   2541   2558   31.8    0.1090   0.1090      0.1090<br><br>Step 29, time 0.058 (ps)  LINCS WARNING<br>relative constraint deviation after LINCS:<br>
rms 0.000200, max 0.001497 (between atoms 1661 and 1678)<br>bonds that rotated more than 30 degrees:<br> atom 1 atom 2  angle  previous, current, constraint length<br>    301    318   31.4    0.1091   0.1090      0.1090<br>
   1521   1538   30.7    0.1091   0.1091      0.1090<br><br>Step 31, time 0.062 (ps)  LINCS WARNING<br>relative constraint deviation after LINCS:rms 0.000184, max 0.001189 (between atoms 1582 and 1596)<br>bonds that rotated more than 30 degrees:<br>
 atom 1 atom 2  angle  previous, current, constraint length<br>    321    338   30.4    0.1091   0.1091      0.1090<br>   1861   1878   31.4    0.1091   0.1090      0.1090<br>   3481   3498   30.1    0.1091   0.1091      0.1090<br>
   4841   4858   30.3    0.1091   0.1091      0.1090<br><br>Step 33, time 0.066 (ps)  LINCS WARNING<br>relative constraint deviation after LINCS:<br>rms 0.000191, max 0.001602 (between atoms 4542 and 4556)<br>bonds that rotated more than 30 degrees:<br>
 atom 1 atom 2  angle  previous, current, constraint length<br>   3101   3118   30.5    0.1091   0.1091      0.1090<br><br>Step 38, time 0.076 (ps)  LINCS WARNING<br>relative constraint deviation after LINCS:<br>rms 0.000242, max 0.001985 (between atoms 2885 and 2891)<br>
bonds that rotated more than 30 degrees:<br> atom 1 atom 2  angle  previous, current, constraint length<br>   2885   2891   33.2    0.1090   0.1092      0.1090<br><br>Step 39, time 0.078 (ps)  LINCS WARNING<br>relative constraint deviation after LINCS:<br>
rms 0.000234, max 0.002949 (between atoms 1465 and 1471)<br>bonds that rotated more than 30 degrees:<br>atom 1 atom 2  angle  previous, current, constraint length<br>   1425   1431   33.6    0.1090   0.1092      0.1090<br>
   1465   1471   43.8    0.1090   0.1093      0.1090<br>   1461   1478   30.2    0.1090   0.1091      0.1090<br>   3005   3011   33.3    0.1090   0.1091      0.1090<br>   3105   3111   40.4    0.1090   0.1093      0.1090<br>
   4025   4031   30.5    0.1090   0.1092      0.1090<br>   4021   4038   33.0    0.1090   0.1092      0.1090<br><br>Step 40, time 0.08 (ps)  LINCS WARNING<br>relative constraint deviation after LINCS:<br>rms 0.000231, max 0.006255 (between atoms 2865 and 2871)<br>
bonds that rotated more than 30 degrees:<br> atom 1 atom 2  angle  previous, current, constraint length<br>    985    991   47.7    0.1090   0.1094      0.1090<br>    981    998   33.5    0.1090   0.1092      0.1090<br>   1585   1591   31.3    0.1090   0.1091      0.1090<br>
   2865   2871   64.9    0.1090   0.1097      0.1090<br>   2861   2878   48.1    0.1090   0.1091      0.1090<br>   3105   3111   34.3    0.1093   0.1091      0.1090<br><br>Step 41, time 0.082 (ps)  LINCS WARNING<br>relative constraint deviation after LINCS:<br>
rms 0.000219, max 0.005322 (between atoms 865 and 871)<br>bonds that rotated more than 30 degrees:bonds that rotated more than 30 degrees:<br> atom 1 atom 2  angle  previous, current, constraint length<br>    865    871   45.0    0.1096   0.1089      0.1090<br>
    986    988   38.0    0.1090   0.1091      0.1090<br>    985    991   32.5    0.1090   0.1090      0.1090<br>   1465   1471   47.9    0.1092   0.1090      0.1090<br>   2005   2011   30.2    0.1090   0.1091      0.1090<br>
   2925   2931   90.0    0.1090   0.1141      0.1090<br>   2921   2938   58.6    0.1090   0.1096      0.1090<br><br>Step 43, time 0.086 (ps)  LINCS WARNING<br>relative constraint deviation after LINCS:<br>rms 0.056702, max 3.196747 (between atoms 2926 and 2928)<br>
bonds that rotated more than 30 degrees:<br> atom 1 atom 2  angle  previous, current, constraint length<br>    865    871   62.8    0.1089   0.1078      0.1090<br>    985    991   30.9    0.1090   0.1090      0.1090<br>   1465   1471   43.5    0.1090   0.1091      0.1090<br>
   2926   2928   90.0    0.1091   0.4574      0.1090<br>   2925   2931   89.9    0.1141   0.3619      0.1090<br>   2921   2938   36.2    0.1096   0.1088      0.1090<br>   3806   3808   90.0    0.1090   0.1291      0.1090<br>
   3805   3811   54.4    0.1090   0.1101      0.1090<br>Wrote pdb files with previous and current coordinates<br><br>Step 44, time 0.088 (ps)  LINCS WARNING<br><br> atom 1 atom 2  angle  previous, current, constraint length<br>
relative constraint deviation after LINCS:<br>rms 0.010167, max 0.571986 (between atoms 1464 and 1472)<br>bonds that rotated more than 30 degrees:<br> atom 1 atom 2  angle  previous, current, constraint length<br>    865    871   51.9    0.1078   0.1095      0.1090<br>
   1465   1471   50.7    0.1091   0.1083      0.1090<br>   1464   1472   90.0    0.1089   0.1713      0.1090<br>   1461   1478   35.7    0.1090   0.1093      0.1090<br>   2926   2928   46.8    0.4574   0.1044      0.1090<br>
   2925   2931   90.4    0.3619   0.1542      0.1090<br>   3806   3808   60.1    0.1291   0.1076      0.1090<br>   3805   3811   77.1    0.1101   0.1097      0.1090<br>Wrote pdb files with previous and current coordinates<br>
<br>Step 45, time 0.09 (ps)  LINCS WARNING<br>relative constraint deviation after LINCS:<br>rms 0.837736, max 51.641046 (between atoms 864 and 872)<br>bonds that rotated more than 30 degrees:<br> atom 1 atom 2  angle  previous, current, constraint length<br>
    866    869   86.2    0.1090   0.0467      0.1090<br>    866    867   85.4    0.1090   0.0505      0.1090<br>    865    871   89.9    0.1095   3.0474      0.1090<br>    865    870   82.2    0.1095   0.0570      0.1090<br>
    865    866   91.8    0.1533   0.1376      0.1530<br>    864    873   88.7    0.1090   0.2586      0.1090<br>    864    872   90.0    0.1090   5.7379      0.1090<br> 864    865   87.9    0.1532   0.5058      0.1530<br>
    863    875   84.9    0.1090   0.2277      0.1090<br>    863    874   55.9    0.1090   0.1560      0.1090<br>    863    864   89.8    0.1540   0.3037      0.1540<br>    862    863   60.9    0.1530   0.2445      0.1530<br>
    984    992   30.8    0.1090   0.1090      0.1090<br>   1465   1471   58.3    0.1083   0.1108      0.1090<br>   1464   1472   65.8    0.1713   0.1092      0.1090<br>   1461   1478   32.4    0.1093   0.1092      0.1090<br>
   2926   2928   90.0    0.1044   0.3092      0.1090<br>   2925   2931   90.1    0.1542   0.3747      0.1090<br>   3806   3808   90.0    0.1076   0.1095      0.1090<br>   3805   3811   42.8    0.1097   0.1090      0.1090<br>
Wrote pdb files with previous and current coordinates<br>Warning: 1-4 interaction between 862 and 872 at distance 5.514 which is larger than the 1-4 table size 2.000 nm<br>These are ignored for the rest of the simulation<br>
This usually means your system is exploding,<br>if not, you should increase table-extension in your mdp file<br>or with user tables increase the table size<br><br>Step 46, time 0.092 (ps)  LINCS WARNING<br>relative constraint deviation after LINCS:<br>
rms 11.415864, max 784.685438 (between atoms 864 and 873)<br>bonds that rotated more than 30 degrees:<br> atom 1 atom 2  angle  previous, current, constraint length<br>    861    862   90.1    0.1572   7.2601      0.1530 866    869   88.9    0.0467   0.8828      0.1090<br>
    866    868   92.7    0.1000   0.8942      0.1090<br>    866    867   89.3    0.0505   0.9796      0.1090<br>    865    871   88.8    3.0474   3.4150      0.1090<br>    865    870   87.8    0.0570   2.2657      0.1090<br>
    865    866   89.1    0.1376   2.0123      0.1530<br>    864    873   89.8    0.2586  85.6397      0.1090<br>    864    872   87.3    5.7379   2.9060      0.1090<br>    864    865   80.4    0.5058   2.0822      0.1530<br>
    863    875   88.3    0.2277   1.2076      0.1090<br>    863    874   91.2    0.1560   1.2040      0.1090<br>    863    864   87.3    0.3037   4.2623      0.1540<br>    862    877   90.0    0.1142   2.8762      0.1090<br>
    862    876   90.4    0.1107   2.6561      0.1090<br>    862    863   88.2    0.2445   1.7121      0.1530<br>    861    880   89.8    0.1118   5.4334      0.1090<br>    861    879   90.0    0.1077   6.9930      0.1090<br>
    861    878   89.7    0.1083   2.0454      0.1090<br>    985    990   30.4    0.1088   0.1090      0.1090<br>    984    992   38.3    0.1090   0.1091      0.1090<br>    983    995   47.6    0.1090   0.1091      0.1090<br>
   1466   1469   90.0    0.1088   0.1770      0.1090<br>   1465   1471   90.1    0.1108   0.2046      0.1090<br>   1464   1472   90.1    0.1092   0.1559      0.1090<br>   2865   2870   34.3    0.1092   0.1091      0.1090<br>
   2926   2929   89.0    0.1099   0.3714      0.1090<br>   2926   2928   90.1    0.3092   7.5029      0.1090<br>   2926   2927   90.6    0.1095   0.3827      0.1090<br>   2925   2931   92.0    0.3747   0.3177      0.1090<br>
   2925   2930   88.9    0.1093   0.2022      0.1090<br>   2925   2926   92.2    0.1526   0.1868      0.1530<br>   2924   2933   89.1    0.1090   0.3161      0.1090<br>   2924   2932   89.9    0.1092   0.4603      0.1090<br>
   2924   2925   87.9    0.1518   0.6112      0.1530<br>   2923   2935   88.8    0.1091   0.3420      0.1090<br>   2923   2934   71.2    0.1089   0.1499      0.1090<br>   2923   2924   90.7    0.1543   0.5792      0.1540<br>
   2922   2937   32.2    0.1090   0.1275      0.1090<br>   2922   2923   70.5    0.1529   0.2721      0.1530<br>   3806   3808   90.0    0.1095   0.1317      0.1090<br>   3805   3811   41.9    0.1090   0.1099      0.1090<br>
   3804   3812   34.9    0.1090   0.1086      0.1090<br>Wrote pdb files with previous and current coordinates<br><br>********************************************************************************************************<br>
I have written a new pr.mdp file for creating tpr file was:<br><br><br>;title              =<br>cpp                 =  /lib/cpp<br><br>; Preprocessing<br>define              =  -DPOSRES<br>; Run control<br>integrator          =  md<br>
dt                  =  0.002    ; ps !<br>nsteps              =  500      ; total 1.0 ps.<br>; Output control<br>nstenergy           =  10       ; energies and other statistical data are stored every 10 steps<br>; Neighbor searching<br>
nstlist             =  10       ; neighborlist will be updated at least every 10 steps<br>;ns_type             =  grid<br>; Electrostatics/VdW<br>coulombtype         =  PME<br>vdw-type                =  cut-off<br>; Cut-off<br>
rlist               =  1.0<br>rcoulomb            =  1.0<br>rvdw                =  1.0<br>; Temperature coupling: Berendsen temperature coupling is on in two groups<br>Tcoupl              =  berendsen<br>tc-grps             =  HEX      <br>
tau_t               =  0.1     <br>ref_t               =  300    <br>; Pressure coupling: Pressure coupling is not on<br>Pcoupl              =  no<br>tau_p               =  0.5<br>compressibility     =  4.5e-5<br>ref_p               =  1.0<br>
; Velocity generation: Generate velocites is on at 300 K. Manual p155<br>gen_vel             =  yes<br>gen_temp            =  300.0<br>gen_seed            =  173529<br>; Bonds<br>constraints         =  all-bonds<br><br><br>
<br><br><br>