<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">
<html>
<head>
  <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
 http-equiv="Content-Type">
  <title></title>
</head>
<body bgcolor="#ffffff" text="#000000">
In continuation with my previous e-mail, I'm sorry to continue
bothering you with this but after reevaluating, it seems that problem
might just be with the amber forcefield after all as I&nbsp; manged to run
grompp just fine and to start the minimization by applying the OPLS
forcefield(with another OPLS compatible protein: bpti).<br>
I'm still interested in running my program with the amber forcefiled as
to be compatible with other calculations being done in the group. <br>
I would be most thankful for any suggestion you might have.<br>
<br>
Thanks a lot <br>
<br>
Arik<br>
<br>
On 4/24/2010 5:23 PM, Arik Cohen wrote:
<blockquote cite="mid:4BD38B6F.7020005@biochem.duke.edu" type="cite">
  <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
 http-equiv="Content-Type">
Thanks again for the ultrafast response.<br>
  <br>
1. The extra '.' is a typo. (I apologize for that). In the command the
file name appears as 1bgq_Complex_b4ion.tpr<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; in addition, Both the single precision and double
precision(grompp_d) gives this error. <br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; The compilation was done with gcc-4.4.3 with and without the option
of --disable-float for the double and single precision version&nbsp;&nbsp;
respectively. <br>
  <br>
2a. This is the first call to grompp<br>
  <br>
b. The following programs such as pdb2gmx_d, editconf_d and genbox are
working properly.<br>
  <br>
c.grompp/_d -h&nbsp; is working , giving a description on the program with
the different options available.<br>
  <br>
3. With regards of running grompp with different forcefield<br>
&nbsp;<br>
  <b>Apparently the problem is with the l-bfgs option in the em.mdp
file.
This is due to the fact that when changing the integrator option to
steep, the program runs fine&nbsp;&nbsp; </b><br>
  <br>
I'm sorry but I just saw this now.<br>
  <br>
The&nbsp; l-bfgs integrator was chosen since I need to do normal mode
analysis<br>
  <br>
Thanks a lot<br>
  <br>
Arik <br>
  <br>
  <br>
On 4/24/2010 2:26 PM, Justin A. Lemkul wrote:<br>
  <blockquote cite="mid:4BD361F5.5060302@vt.edu" type="cite">I suppose
the next set of questions to ask would be: <br>
    <br>
1. How was Gromacs compiled?&nbsp; What options were specified? <br>
2. Does every instance of grompp fail?&nbsp; Do other inputs work?&nbsp; What
does "grompp -h" do? <br>
3. Does grompp seg fault with totally different systems (different
force fields)? <br>
    <br>
-Justin <br>
    <br>
Arik Cohen wrote: <br>
    <blockquote type="cite">Thank a lot for your very fast response !.
Here are the requested details: <br>
      <br>
1. Version 4.07 is being used. <br>
      <br>
2. Upgrading from version 4.04 to 4.07 doesn't help. <br>
      <br>
3. The grompp command given is: <br>
      <br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; grompp -f MDP/em.mdp -c 1bgq_Complex_b4ion.pdb -p 1bgq_Complex.top
-o 1bgq_Complex_b4ion..tpr <br>
      <br>
4. em.mdp: <br>
      <br>
integrator&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; l-bfgs <br>
nsteps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 50000 <br>
nstlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1 <br>
rlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1.0 <br>
coulombtype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; PME <br>
rcoulomb&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1.0 <br>
vdw-type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; cut-off <br>
rvdw&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1.0 <br>
nstenergy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 10 <br>
emtol&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 5.0 ; tolerance kJ/(Mol -1 nm-1) instead of 10.0 <br>
define&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; -DFLEXIBLE ; using flexible water model <br>
      <br>
      <br>
5. The grompp command is issued in this case, before genion. However,
even when running it alone the same problem arises. <br>
      <br>
6. The program is being run on Fedora 12 inside
VMware(2.6.32.11-99.fc12.i686, 32-bit). <br>
      <br>
7. Running the same command on another OS and type of
machine(fc10.x86_64) does not solve the problem <br>
      <br>
7. The output: <br>
      <br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :-)&nbsp; G&nbsp; R&nbsp; O&nbsp; M&nbsp; A&nbsp; C&nbsp; S&nbsp; (-: <br>
      <br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Gnomes, ROck Monsters And Chili Sauce <br>
      <br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :-)&nbsp; VERSION 4.0.7&nbsp; (-: <br>
      <br>
      <br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Written by David van der Spoel, Erik Lindahl, Berk Hess, and
others. <br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The
Netherlands. <br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Copyright (c) 2001-2008, The GROMACS development team, <br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; check out <a moz-do-not-send="true"
 class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.gromacs.org">http://www.gromacs.org</a>
for more information. <br>
      <br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; This program is free software; you can redistribute it and/or <br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; modify it under the terms of the GNU General Public License <br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; as published by the Free Software Foundation; either version 2
      <br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; of the License, or (at your option) any later version. <br>
      <br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :-)&nbsp; grompp_d (double precision)&nbsp; (-: <br>
      <br>
Option&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Filename&nbsp; Type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Description <br>
------------------------------------------------------------ <br>
&nbsp; -f&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; MDP/em.mdp&nbsp; Input, Opt!&nbsp; grompp input file with MD parameters <br>
&nbsp;-po&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; mdout.mdp&nbsp; Output&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; grompp input file with MD parameters <br>
&nbsp; -c 1bgq_Complex_b4ion.pdb&nbsp; Input&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Structure file: gro g96 pdb
tpr tpb <br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; tpa <br>
&nbsp; -r&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; conf.gro&nbsp; Input, Opt.&nbsp; Structure file: gro g96 pdb tpr tpb
tpa <br>
&nbsp;-rb&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; conf.gro&nbsp; Input, Opt.&nbsp; Structure file: gro g96 pdb tpr tpb
tpa <br>
&nbsp; -n&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; index.ndx&nbsp; Input, Opt.&nbsp; Index file <br>
&nbsp; -p 1bgq_Complex.top&nbsp; Input&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Topology file <br>
&nbsp;-pp&nbsp; processed.top&nbsp; Output, Opt. Topology file <br>
&nbsp; -o 1bgq_Complex_b4ion..tpr&nbsp; Output&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Run input file: tpr tpb tpa <br>
&nbsp; -t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; traj.trr&nbsp; Input, Opt.&nbsp; Full precision trajectory: trr trj
cpt <br>
&nbsp; -e&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ener.edr&nbsp; Input, Opt.&nbsp; Energy file: edr ene <br>
      <br>
Option&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Type&nbsp;&nbsp; Value&nbsp;&nbsp; Description <br>
------------------------------------------------------ <br>
-[no]h&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp; no&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Print help info and quit <br>
-nice&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; int&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Set the nicelevel <br>
-[no]v&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp; yes&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Be loud and noisy <br>
-time&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; real&nbsp;&nbsp; -1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Take frame at or first after this time. <br>
-[no]rmvsbds bool&nbsp;&nbsp; yes&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Remove constant bonded interactions with
virtual <br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; sites <br>
-maxwarn&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; int&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Number of allowed warnings during input
processing <br>
-[no]zero&nbsp;&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp; no&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Set parameters for bonded interactions
without <br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; defaults to zero instead of generating an
error <br>
-[no]renum&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp; yes&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Renumber atomtypes and minimize number of <br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; atomtypes <br>
      <br>
Ignoring obsolete mdp entry 'title' <br>
      <br>
Back Off! I just backed up mdout.mdp to ./#mdout.mdp.6# <br>
checking input for internal consistency... <br>
      <br>
WARNING 1 [file MDP/em.mdp, line unknown]: <br>
&nbsp; For efficient BFGS minimization, use switch/shift/pme instead of
cut-off. <br>
      <br>
processing topology... <br>
Opening library file
/usr/local/gromacs/share/gromacs/top//ffamber99sb.itp <br>
Opening library file
/usr/local/gromacs/share/gromacs/top//ffamber99sbnb.itp <br>
Opening library file
/usr/local/gromacs/share/gromacs/top//ffamber99sbbon.itp <br>
Segmentation fault (core dumped) <br>
      <br>
      <br>
Thanks a lot in advance for all your help <br>
      <br>
Arik <br>
      <br>
      <br>
On 4/23/2010 4:45 PM, Mark Abraham wrote: <br>
      <blockquote type="cite">On 24/04/2010 7:28 AM, Arik Cohen wrote: <br>
        <blockquote type="cite">I'll be most thankful if any one would
be
able to help me with the <br>
following problem. <br>
        </blockquote>
        <br>
Giving more complete information will give you a much better chance.
It's not our job to be the family doctor and ask questions :-) <br>
        <br>
What GROMACS version is it? Does upgrading to 4.0.7 help? <br>
        <br>
        <blockquote type="cite">While running the grompp (in both
single
and double precision) command I <br>
get a Segmentation fault (core dumped) error. <br>
        </blockquote>
        <br>
When? What was the output to date? <br>
        <br>
        <blockquote type="cite">The error persist even <br>
after recompiling the GROMACS with gcc-4.4.3(previously I was running <br>
4.04 compiled with the buggy gcc-4.1 compiler). <br>
        </blockquote>
        <br>
Does it happen on another machine? <br>
        <br>
        <blockquote type="cite">The command I'm using is: <br>
          <br>
grompp_d -f MDP/em.mdp -c 1bgq_Complex_b4ion.pdb -p 1bgq_Complex.top -o
          <br>
1bgq.tpr <br>
        </blockquote>
        <br>
What's in the .mdp file? <br>
        <br>
Mark <br>
      </blockquote>
    </blockquote>
    <br>
  </blockquote>
</blockquote>
</body>
</html>