<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">

<html>

<head>

  <meta content="text/html;charset=ISO-8859-1" http-equiv="Content-Type">

</head>

<body bgcolor="#ffffff" text="#000000">

Hi,<br>

<br>

NMA is not MD - for one thing you don't run an NMA simulation for a

certain time. I suggest you read about NMA and make sure you understand

what the method does and what it can achieve before continuing. There

is some data on the manual, a lot of data on the web and even more in

books. When you have a good idea on what is NMA and why you're

interested in running it, you can try to run things and come back to

the list with more specific questions if such arise. In parallel, it

may be a good idea to read some papers where NMA was applied. I have in

mind papers of Lindahl and Levitt from the recent years, but you should

be able to come with an elaborate list.<br>

<br>

Good luck,<br>

Ran<br>

<br>

Anirban Ghosh wrote:

<blockquote

 cite="midn2q7495f3841004270414j951056e2x4f21c42779c512e7@mail.gmail.com"

 type="cite">

  <div class="gmail_quote"><br>

Hi ALL,<br>

  <br>

This may sound like a very basic question, but I am still pondering

over it. I have simulated a membrane protein system for 30 ns after

Steepest Descent minimization and now I want to perform NMA. From the

help pages what I understand is that I need a very well minimized

system (using l-bfgs) and then generate a Hessian matrix. My question

is that after my 30 ns run, should I again go for another run of

minimization with l-bfgs and the should I run MD using "nm" as the

integrator? For how long should I run this MD with "nm" integrator? Is

a 1 ns run enough? Or am I required to run it for 30 ns (for which I

have run the normal MD)?<br>

Any suggestion is welcome. Thanks a lot in advance.<br>

  <br>

Regards,<br>

  <font color="#888888"><br>

Anirban<br>

  </font></div>

</blockquote>

<br>

</body>

</html>