<DIV>Hi,</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>I use Gromacs4.0.5 to run a 20 ns npt simulation in periodic boundary box. At first I put peptide in the center of the box, then I write comm_mode = linear in *mdp file. However, the peptide still moves out of the box and go through to the other side of the box. Is there any method that can solve this problem?</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>Another question is that after the peptide accross the box like I said above, I think if&nbsp;I want to use g_dist&nbsp;I should use "trjconv -nojump" first. Then if&nbsp;I use the umbrella sampling method and use g_wham -it tpr.dat -ix pullx.dat to analyze the data. Do I need to do any other steps before I use the &nbsp;g_wham command?</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>Thanks a lot.</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>Best,</DIV>
<DIV>Qian</DIV>