Hello Justin,<br><br>In my topology file I am declaring:<br>---------------------------------------------------------------------------------------------------------------<br>; Include Position restraint file<br>#ifdef POSRES<br>
#include &quot;posre.itp&quot;<br>#endif<br><br>; Strong position restraints on rest of B2AR<br>#ifdef STRONG_POSRES<br>#include &quot;strong_posre.itp&quot;<br>#endif<br><br>; Include water topology<br>#include &quot;spc.itp&quot;<br>
-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------<br>And in my .mdp file I am giving:<br>-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------<br>
define           = -DSTRONG_POSRES     <br>; Run parameters<br>integrator      = md            ; leap-frog integrator<br>nsteps          = 5000          ; 2 * 50000 = 100 ps<br>dt                 = 0.002         ; 2 fs<br>
-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------<br>But now what I am getting is that if I run MD using these restraints on the helical portion of the protein, then I am getting LINCS errors. However, if I allow the entire protein to move during MD, then it is running fine. What mistake am I making? And how can I freeze properly the helical portions and simulate only the loop? Thanks a lot in advance.<br>
<br>Regards,<br><br>Anirban<br><br><div class="gmail_quote">On Fri, Apr 23, 2010 at 5:37 PM, Justin A. Lemkul <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
<div class="im"><br>
<br>
Anirban Ghosh wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Hi ALL,<br>
<br>
I want to do a MD simulation by restraining (freezing) the helical portions and allowing only the loop regions to move. I tried doing this by applying heavy restrain on the helical residues by generating a .itp file with the &quot;genrestr&quot; command with an index file containing the desired residue numbers. However during the simulation I am finding that the entire protein is moving. Am I doing anything wrong? Or is there any other way to freeze a portion of a protein? Any suggestion is welcome. thanks a lot in advance.<br>

</blockquote>
<br></div>
If your protein is still moving, then you aren&#39;t correctly applying your position restraints.  Without seeing your topology and .mdp file, there&#39;s no way to know what you&#39;re doing wrong.<br>
<br>
You can also use the freezegrps option in the .mdp file, but then you also have to make sure you&#39;re using the appropriate energygrp_excl, etc.  It is generally much easier to apply position restraints.<br>
<br>
-Justin<br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
<br>
Regards,<br>
<br>
Anirban<br>
<br>
</blockquote>
<br>
-- <br><div class="im">
========================================<br>
<br>
Justin A. Lemkul<br>
Ph.D. Candidate<br>
ICTAS Doctoral Scholar<br>
MILES-IGERT Trainee<br>
Department of Biochemistry<br>
Virginia Tech<br>
Blacksburg, VA<br>
jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | (540) 231-9080<br>
<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>
========================================<br>
-- <br></div><div><div></div><div class="h5">
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
</div></div></blockquote></div><br>