<br>Dear gmx experts,<br><br>I am having problem doing MD run for a hydrocarbon system. The system contains a stack of Hexane molecules using editconf.  <br><br>The distance between molecuels in the box is more than 30 A. I am wondering why I get large forces (system is blowing up) with this distance!. (LINCS warning) with dt=0.002<br>

Program mdrun, VERSION 4.0.7<br>Source code file: constr.c, line: 136<br><br>Fatal error:<br>Too many LINCS warnings (1053)<br>If you know what you are doing you can adjust the lincs warning threshold in your mdp file<br>

or set the environment variable GMX_MAXCONSTRWARN to -1,<br>but normally it is better to fix the problem<br><br><br>It seems Fmax, Epot values are reasonable. . In the list archive I read this statement 


        by Mr.Justin Lemskul:
        
        
        

<p style="margin-bottom: 0cm;"><font style="color: rgb(0, 0, 0);" color="#008000">&quot;changing </font><font color="#008000"><span style="color: rgb(0, 0, 0);">cutoffs
haphazardly is a recipe for failure&quot; but I have no idea how this works....</span><u><br></u></font></p>
<p style="margin-bottom: 0cm;" lang="en-US"><font face="Courier New, monospace"><font size="2"><font color="#008000"><span style="color: rgb(0, 0, 0);">I also reduced the timestep to 0.001 ps but it did not work. I even did not get those  written pdb files I got from dt=0.002 I had a look at structures and they were like rings!!. (initially hezane had a linear structure). <br>

</span></font></font></font></p><p style="margin-bottom: 0cm;" lang="en-US">Thank you for your time and help in advance<br><font face="Courier New, monospace"><font size="2"><font color="#008000"><span style="color: rgb(0, 0, 0);"></span></font></font></font></p>


<br><br><u>em output file:</u><br><br>Steepest Descents:<br>   Tolerance (Fmax)   =  1.00000e+03<br>
   Number of steps    =          100<br>
Step=    0, Dmax= 1.0e-02 nm, Epot=  8.36824e+05 Fmax= 2.26627e+03, atom= 2947<br>Step=    1, Dmax= 1.0e-02 nm, Epot=  8.17823e+05 Fmax= 2.98349e+03, atom= 2007<br>
Step=    2, Dmax= 1.2e-02 nm, Epot=  7.87850e+05 Fmax= 2.24621e+03, atom= 2447<br>Step=    3, Dmax= 1.4e-02 nm, Epot=  7.70259e+05 Fmax= 3.13292e+03, atom= 3127<br>Step=    4, Dmax= 1.7e-02 nm, Epot=  7.50886e+05 Fmax= 2.87650e+03, atom= 3125<br>




Step=    5, Dmax= 2.1e-02 nm, Epot=  7.15803e+05 Fmax= 5.48652e+03, atom= 3127<br>Step=    6, Dmax= 2.5e-02 nm, Epot=  6.59011e+05 Fmax= 2.97146e+03, atom= 3105<br>Step=    7, Dmax= 3.0e-02 nm, Epot=  7.10849e+05 Fmax= 5.51243e+03, atom= 3127^MStep=    8, Dmax= 1.5e-02 nm, Epot=  6.38805e+05 Fmax= 3.87761e+03, atom= 3107<br>




Step=    9, Dmax= 1.8e-02 nm, Epot=  6.21481e+05 Fmax= 2.69101e+03, atom= 1687<br>Step=   10, Dmax= 2.1e-02 nm, Epot=  6.43071e+05 Fmax= 5.74780e+03, atom= 227^MStep=   11, Dmax= 1.1e-02 nm, Epot=  6.00633e+05 Fmax= 2.56262e+03, atom= 3107<br>




Step=   12, Dmax= 1.3e-02 nm, Epot=  5.86914e+05 Fmax= 2.40254e+03, atom= 1687<br>Step=   13, Dmax= 1.5e-02 nm, Epot=  5.85431e+05 Fmax= 4.58696e+03, atom= 3107<br>Step=   14, Dmax= 1.9e-02 nm, Epot=  5.61423e+05 Fmax= 2.94308e+03, atom= 3127<br>




Step=   15, Dmax= 2.2e-02 nm, Epot=  5.85550e+05 Fmax= 5.56128e+03, atom= 1827^MStep=   16, Dmax= 1.1e-02 nm, Epot=  5.43780e+05 Fmax= 1.91577e+03, atom= 3107<br>Step=   17, Dmax= 1.3e-02 nm, Epot=  5.42825e+05 Fmax= 3.49456e+03, atom= 4247<br>




Step=   18, Dmax= 1.6e-02 nm, Epot=  5.30046e+05 Fmax= 3.16969e+03, atom= 4247<br>Step=   19, Dmax= 1.9e-02 nm, Epot=  5.41307e+05 Fmax= 4.27646e+03, atom= 4247^MStep=   20, Dmax= 9.6e-03 nm, Epot=  5.14493e+05 Fmax= 1.28031e+03, atom= 3115<br>




Step=   21, Dmax= 1.2e-02 nm, Epot=  5.14984e+05 Fmax= 3.45692e+03, atom= 4247^MStep=   22, Dmax= 5.8e-03 nm, Epot=  5.07865e+05 Fmax= 1.27065e+03, atom= 3115<br>Step=   23, Dmax= 6.9e-03 nm, Epot=  5.02771e+05 Fmax= 1.75304e+03, atom= 4247<br>




Step=   24, Dmax= 8.3e-03 nm, Epot=  4.98096e+05 Fmax= 2.10118e+03, atom= 4247Step=   23, Dmax= 6.9e-03 nm, Epot=  5.02771e+05 Fmax= 1.75304e+03, atom= 4247<br>Step=   24, Dmax= 8.3e-03 nm, Epot=  4.98096e+05 Fmax= 2.10118e+03, atom= 4247<br>




Step=   25, Dmax= 1.0e-02 nm, Epot=  4.95017e+05 Fmax= 2.30502e+03, atom= 4247<br>Step=   26, Dmax= 1.2e-02 nm, Epot=  4.94561e+05 Fmax= 3.17535e+03, atom= 1847<br>Step=   27, Dmax= 1.4e-02 nm, Epot=  4.91526e+05 Fmax= 2.99909e+03, atom= 1847<br>




Step=   28, Dmax= 1.7e-02 nm, Epot=  5.00763e+05 Fmax= 4.45550e+03, atom= 1847^MStep=   29, Dmax= 8.6e-03 nm, Epot=  4.76093e+05 Fmax= 9.86600e+02, atom= 3115<br><br>writing lowest energy coordinates.<br><br>Steepest Descents converged to Fmax &lt; 1000 in 30 steps<br>




Potential Energy  =  4.76092783832156e+05<br>Maximum force     =  9.86600079729483e+02 on atom 3115<br>Norm of force     =  5.33725886931530e+02<br><br>gcq#345: &quot;Look at these, my work-strong arms&quot; (P.J. Harvey)<br>



<br><br><br><br>md parameter file:<br><br>title               = Hexane<br>cpp                 = /lib/cpp<br><br>;        Preprocessing<br>define              =  -DPOSRES<br><br>;        Run control<br>integrator          =  md<br>



dt                  =  0.001        ; ps !<br>nsteps              =  5000        ; total 1.0 ps.<br>nstcomm             =  1        ; frequency for center of mass motion removal    <br><br>;        Output control<br>nstenergy           =  10        ; frequency to write energies to energy file. i.e., energies and other statistical data are stored every 10 steps<br>



nstxout             =  10        ; frequency to write coordinates/velocity/force to output trajectory file<br>nstvout             =  1000<br>nstfout             =  1<br>;nstlog              =  10        ; frequency to write energies to log file<br>



<br>;        Neighbor searching<br>nstlist             =  10        ; neighborlist will be updated at least every 10 steps  <br>;ns_type             =  grid<br><br>;        Electrostatics/VdW<br>coulombtype         =  PME<br>



vdw-type            =  cut-off<br>;        Cut-off<br>rlist               =  1.0<br>rcoulomb            =  1.0<br>rvdw                =  1.0<br><br>;        Temperature coupling    Berendsen temperature coupling is on in two groups<br>



Tcoupl              =  berendsen<br>tc-grps             =  HEX      ;sol<br>tau_t               =  0.1      ;0.1<br>ref_t               =  300      ;300<br><br>;        Pressure coupling:     Pressure coupling is not on<br>



Pcoupl              =  no<br>tau_p               =  0.5<br>compressibility     =  4.5e-5<br>ref_p               =  1.0<br><br>;        Velocity generation    Generate velocites is on at 300 K. Manual p155<br>gen_vel             =  yes<br>



gen_temp            =  300.0<br>gen_seed            =  173529<br><br>;        Bonds<br>constraints         =  all-bonds<br>constraint-algorithm = lincs<br><br>pbc=xyz<br><br><br>topology file:<br><br> moleculetype ]<br>; Name            nrexcl<br>
HEX                 3<br><br>[ atoms ]<br>;   nr       type  resnr residue  atom   cgnr     charge       mass  typeB    chargeB      massB<br>     1   opls_157      1   HEX      C1      1      -0.18     12.011   ; qtot -0.18<br>
     2   opls_158      1   HEX      C2      2      -0.12     12.011   ; qtot -0.3<br>     3   opls_158      1   HEX      C3      3      -0.12     12.011   ; qtot -0.42<br>     4   opls_158      1   HEX      C4      4      -0.12     12.011   ; qtot -0.54<br>
     5   opls_158      1   HEX      C5      5      -0.12     12.011   ; qtot -0.66<br>     6   opls_157      1   HEX      C6      6      -0.18     12.011   ; qtot -0.84<br>     7   opls_140      1   HEX      H1      6       0.06      1.008   ; qtot -0.78<br>
     8   opls_140      1   HEX      H2      6       0.06      1.008   ; qtot -0.72<br>     9   opls_140      1   HEX      H3      6       0.06      1.008   ; qtot -0.66<br>    10   opls_140      1   HEX      H4      5       0.06      1.008   ; qtot -0.6<br>
    11   opls_140      1   HEX      H5      5       0.06      1.008   ; qtot -0.54<br>    12   opls_140      1   HEX      H6      4       0.06      1.008   ; qtot -0.48<br>    13   opls_140      1   HEX      H7      4       0.06      1.008   ; qtot -0.42<br>
    14   opls_140      1   HEX      H8      3       0.06      1.008   ; qtot -0.36<br>    15   opls_140      1   HEX      H9      3       0.06      1.008   ; qtot -0.3<br>    16   opls_140      1   HEX     H10      2       0.06      1.008   ; qtot -0.24<br>
    17   opls_140      1   HEX     H11      2       0.06      1.008   ; qtot -0.18<br>    18   opls_140      1   HEX     H12      1       0.06      1.008   ; qtot -0.12<br>    19   opls_140      1   HEX     H13      1       0.06      1.008   ; qtot -0.06<br>
    20   opls_140      1   HEX     H14      1       0.06      1.008   ; qtot 0<br><br>[ bonds ]<br>;  ai    aj funct            c0            c1            c2            c3<br>    1     2     1  1.530000e-01  4.000000e+05  1.530000e-01  4.000000e+05 <br>
    1    18     1  1.090000e-01  4.000000e+05  1.090000e-01  4.000000e+05 <br>    1    19     1  1.090000e-01  4.000000e+05  1.090000e-01  4.000000e+05 <br>    1    20     1  1.090000e-01  4.000000e+05  1.090000e-01  4.000000e+05 <br>
    2     3     1  1.530000e-01  4.000000e+05  1.530000e-01  4.000000e+05 <br>    2    16     1  1.090000e-01  4.000000e+05  1.090000e-01  4.000000e+05 <br>    2    17     1  1.090000e-01  4.000000e+05  1.090000e-01  4.000000e+05 <br>
    3     4     1  1.540000e-01  4.000000e+05  1.540000e-01  4.000000e+05 <br>    3    14     1  1.090000e-01  4.000000e+05  1.090000e-01  4.000000e+05 <br>    3    15     1  1.090000e-01  4.000000e+05  1.090000e-01  4.000000e+05 <br>
    4     5     1  1.530000e-01  4.000000e+05  1.530000e-01  4.000000e+05 <br>    4    12     1  1.090000e-01  4.000000e+05  1.090000e-01  4.000000e+05 <br>    4    13     1  1.090000e-01  4.000000e+05  1.090000e-01  4.000000e+05 <br>
    5     6     1  1.530000e-01  4.000000e+05  1.530000e-01  4.000000e+05 <br>    5    10     1  1.090000e-01  4.000000e+05  1.090000e-01  4.000000e+05 <br>    5    11     1  1.090000e-01  4.000000e+05  1.090000e-01  4.000000e+05 <br>
    6     7     1  1.090000e-01  4.000000e+05  1.090000e-01  4.000000e+05 <br>    6     8     1  1.090000e-01  4.000000e+05  1.090000e-01  4.000000e+05 <br>    6     9     1  1.090000e-01  4.000000e+05  1.090000e-01  4.000000e+05 <br>
<br>[ pairs ]<br>;  ai    aj funct            c0            c1            c2            c3<br>    1     4     1 <br>    1    14     1 <br>    1    15     1 <br>    2     5     1 <br>    2    12     1 <br>    2    13     1 <br>
    3     6     1 <br>    3    10     1 <br>    3    11     1 <br>    3    18     1 <br>    3    19     1 <br>    3    20     1 <br>    4     7     1 <br>    4     8     1 <br>    4     9     1 <br>    4    16     1 <br>    4    17     1 <br>
    5    14     1 <br>    5    15     1 <br>    6    12     1 <br>    6    13     1 <br>    7    10     1 <br>    7    11     1 <br>    8    10     1 <br>    8    11     1 <br>    9    10     1 <br>    9    11     1 <br>   10    12     1 <br>
   10    13     1 <br>   11    12     1 <br>   11    13     1 <br>   12    14     1 <br>   12    15     1 <br>   13    14     1 <br>   13    15     1 <br>   14    16     1 <br>   14    17     1 <br>   15    16     1 <br>   15    17     1 <br>
   16    18     1 <br>   16    19     1 <br>   16    20     1 <br>   17    18     1 <br>   17    19     1 <br>   17    20     1 <br><br>[ angles ]<br>;  ai    aj    ak funct            c0            c1            c2            c3<br>
    2     1    18     1  1.120000e+02  4.000000e+02  1.120000e+02  4.000000e+02 <br>    2     1    19     1  1.110000e+02  4.000000e+02  1.110000e+02  4.000000e+02 <br>    2     1    20     1  1.110000e+02  4.000000e+02  1.110000e+02  4.000000e+02 <br>
   18     1    19     1  1.070000e+02  4.000000e+02  1.070000e+02  4.000000e+02 <br>   18     1    20     1  1.070000e+02  4.000000e+02  1.070000e+02  4.000000e+02 <br>   19     1    20     1  1.080000e+02  4.000000e+02  1.080000e+02  4.000000e+02 <br>
    1     2     3     1  1.130000e+02  4.000000e+02  1.130000e+02  4.000000e+02 <br>    1     2    16     1  1.090000e+02  4.000000e+02  1.090000e+02  4.000000e+02 <br>    1     2    17     1  1.090000e+02  4.000000e+02  1.090000e+02  4.000000e+02 <br>
    3     2    16     1  1.100000e+02  4.000000e+02  1.100000e+02  4.000000e+02 <br>    3     2    17     1  1.100000e+02  4.000000e+02  1.100000e+02  4.000000e+02 <br>   16     2    17     1  1.060000e+02  4.000000e+02  1.060000e+02  4.000000e+02 <br>
    2     3     4     1  1.130000e+02  4.000000e+02  1.130000e+02  4.000000e+02 <br>    2     3    14     1  1.100000e+02  4.000000e+02  1.100000e+02  4.000000e+02 <br>    2     3    15     1  1.100000e+02  4.000000e+02  1.100000e+02  4.000000e+02 <br>
    4     3    14     1  1.090000e+02  4.000000e+02  1.090000e+02  4.000000e+02 <br>    4     3    15     1  1.090000e+02  4.000000e+02  1.090000e+02  4.000000e+02 <br>   14     3    15     1  1.060000e+02  4.000000e+02  1.060000e+02  4.000000e+02 <br>
    3     4     5     1  1.130000e+02  4.000000e+02  1.130000e+02  4.000000e+02 <br>    3     4    12     1  1.090000e+02  4.000000e+02  1.090000e+02  4.000000e+02 <br>    3     4    13     1  1.090000e+02  4.000000e+02  1.090000e+02  4.000000e+02 <br>
    5     4    12     1  1.100000e+02  4.000000e+02  1.100000e+02  4.000000e+02 <br>    5     4    13     1  1.100000e+02  4.000000e+02  1.100000e+02  4.000000e+02 <br>   12     4    13     1  1.060000e+02  4.000000e+02  1.060000e+02  4.000000e+02 <br>
    4     5     6     1  1.130000e+02  4.000000e+02  1.130000e+02  4.000000e+02 <br>    4     5    10     1  1.100000e+02  4.000000e+02  1.100000e+02  4.000000e+02 <br>    4     5    11     1  1.100000e+02  4.000000e+02  1.100000e+02  4.000000e+02 <br>
    6     5    10     1  1.090000e+02  4.000000e+02  1.090000e+02  4.000000e+02 <br>    6     5    11     1  1.090000e+02  4.000000e+02  1.090000e+02  4.000000e+02 <br>   10     5    11     1  1.060000e+02  4.000000e+02  1.060000e+02  4.000000e+02 <br>
    5     6     7     1  1.110000e+02  4.000000e+02  1.110000e+02  4.000000e+02 <br>    5     6     8     1  1.110000e+02  4.000000e+02  1.110000e+02  4.000000e+02 <br>    5     6     9     1  1.120000e+02  4.000000e+02  1.120000e+02  4.000000e+02 <br>
    7     6     8     1  1.080000e+02  4.000000e+02  1.080000e+02  4.000000e+02 <br>    7     6     9     1  1.070000e+02  4.000000e+02  1.070000e+02  4.000000e+02 <br>    8     6     9     1  1.070000e+02  4.000000e+02  1.070000e+02  4.000000e+02 <br>
<br>[ dihedrals ]<br>;  ai    aj    ak    al funct            c0            c1            c2            c3            c4            c5<br>   18     1     2     3     3  3.600000e+02  5.000000e+00  3.000000e+00  3.600000e+02  5.000000e+00  3.000000e+00 <br>
    1     2     3     4     3  3.600000e+02  5.000000e+00  3.000000e+00  3.600000e+02  5.000000e+00  3.000000e+00 <br>    2     3     4     5     3  3.600000e+02  5.000000e+00  3.000000e+00  3.600000e+02  5.000000e+00  3.000000e+00 <br>
    3     4     5     6     3  3.600000e+02  5.000000e+00  3.000000e+00  3.600000e+02  5.000000e+00  3.000000e+00 <br>    4     5     6     7     3  3.600000e+02  5.000000e+00  3.000000e+00  3.600000e+02  5.000000e+00  3.000000e+00 <br>
<br>[ system ]<br>; Name<br>HEX<br><br>[ molecules ]<br>; Compound        #mols<br>HEX                 256<br><br><br><br><br><br>
<br><br><br><br><br>
<input type="hidden"><input type="hidden"><div></div>
<input type="hidden"><input type="hidden"><div></div>
<input id="gwProxy" type="hidden"><input onclick="jsCall();" id="jsProxy" type="hidden"><div id="refHTML"></div>