Thanks for the help,<br><br>With center of mass removal option I thought my sugar would stay in the center of the box. It does in the first simulation I ran however what I mean by diffuse is that it leaves the box on one side and enters from the other. There is nothing physically wrong with this but I&#39;d like the center of mass removal to keep the sugar in the center.<br>

<br>Oliver<br><br><div class="gmail_quote">On 29 April 2010 12:40, Justin A. Lemkul <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">

<div class="im"><br>
<br>
Oliver Grant wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
Hi there,<br>
<br>
I&#39;m running a 200ns simulation with a small trisaccharide in water. The trisacc drifts around the box. I&#39;ve tried using comm-grps = System and comm-grps = &lt;blank&gt; and comm-grps = carb and what is below.<br>


</blockquote>
<br></div>
Why wouldn&#39;t your trisaccharide diffuse around?  The only appropriate way to treat your system is &quot;comm-grps = System.&quot;  Re-setting COM motion for different components (in a normal aqueous system) is incorrect.  Membranes are a different story, but that&#39;s not important here.<div class="im">

<br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
<br>
carb is the name I use in my top file and index file. For the index I specify the groups in make_ndx and then text edit the index file and change the name to carb. I&#39;ve run this simulation on a different carb before but with integrator set to md and it worked fine.<br>


<br>
</blockquote>
<br></div>
What do you mean &quot;worked fine&quot;?  Your sugar didn&#39;t diffuse around?  I don&#39;t see anything &quot;wrong&quot; with the behavior you&#39;ve described yet.<br>
<br>
&lt;snip&gt;<br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
Tcoupl                   = berendsen<br>
</blockquote>
<br>
This parameter is ignored when using the sd integrator, just FYI.<div class="im"><br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
; Groups to couple separately<br>
tc-grps                  = carb SOL Na<br>
</blockquote>
<br></div>
You should not couple ions separately from solvent:<br>
<br>
<a href="http://www.gromacs.org/Documentation/Terminology/Thermostats" target="_blank">http://www.gromacs.org/Documentation/Terminology/Thermostats</a><div class="im"><br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
; Time constant (ps) and reference temperature (K)<br>
tau_t                    = 0.1 0.1 0.1<br>
</blockquote>
<br></div>
When using sd, a small tau_t may lead to overdamping of the dynamics.  I don&#39;t know specifically what implication this might have on your results, but there are a number of threads in the list archive that might give you some information.  I think the general suggestion is to use tau_t &gt;= 1.0 with sd.<br>

<font color="#888888">
<br>
-Justin</font><div><div></div><div class="h5"><br>
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-- <br>
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Justin A. Lemkul<br>
Ph.D. Candidate<br>
ICTAS Doctoral Scholar<br>
MILES-IGERT Trainee<br>
Department of Biochemistry<br>
Virginia Tech<br>
Blacksburg, VA<br>
jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | (540) 231-9080<br>
<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
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gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
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