Dear experts,<br><br>Could you please take a
look at energy values. The system contains only stack of hexane molecules. MD sun gives lincs warning. <br><br>1- How can I get rid of high repulsive potential? <br><br><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8"><meta name="ProgId" content="Word.Document"><meta name="Generator" content="Microsoft Word 11"><meta name="Originator" content="Microsoft Word 11"><link rel="File-List" href="file:///C:%5CDOCUME%7E1%5Cmoeed%5CLOCALS%7E1%5CTemp%5Cmsohtml1%5C01%5Cclip_filelist.xml"><style>
<!--
 /* Font Definitions */
 @font-face
        {font-family:"Nimbus Roman No9 L";
        mso-font-alt:"Arial Unicode MS";
        mso-font-charset:128;
        mso-generic-font-family:roman;
        mso-font-pitch:variable;
        mso-font-signature:0 0 0 0 0 0;}
@font-face
        {font-family:"DejaVu Sans";
        mso-font-charset:128;
        mso-generic-font-family:auto;
        mso-font-pitch:variable;
        mso-font-signature:0 0 0 0 0 0;}
@font-face
        {font-family:"\@Nimbus Roman No9 L";
        mso-font-charset:128;
        mso-generic-font-family:roman;
        mso-font-pitch:variable;
        mso-font-signature:0 0 0 0 0 0;}
@font-face
        {font-family:"\@DejaVu Sans";
        mso-font-charset:128;
        mso-generic-font-family:auto;
        mso-font-pitch:variable;
        mso-font-signature:0 0 0 0 0 0;}
 /* Style Definitions */
 p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal
        {mso-style-parent:"";
        margin:0in;
        margin-bottom:.0001pt;
        mso-pagination:none;
        mso-hyphenate:none;
        font-size:12.0pt;
        font-family:"Nimbus Roman No9 L";
        mso-fareast-font-family:"DejaVu Sans";
        mso-hansi-font-family:"Nimbus Roman No9 L";
        mso-bidi-font-family:"Times New Roman";
        mso-ansi-language:EN-CA;
        mso-fareast-language:#00FF;}
@page Section1
        {size:8.5in 11.0in;
        margin:1.0in 1.25in 1.0in 1.25in;
        mso-header-margin:.5in;
        mso-footer-margin:.5in;
        mso-paper-source:0;}
div.Section1
        {page:Section1;}
-->
</style><b><span style="font-size: 12pt; font-family: &quot;Nimbus Roman No9 L&quot;;">genconf_d -f Hexane.gro -nbox 4.0 8.0 8.0 -dist
1.1 0.55 0.55 -o Hexane-stack.gro</span></b><br><br><br>********------------------------***************************************************************************<br>energy minimization<br>my output.mdrun_em:<br><br>Steepest Descents converged to Fmax &lt; 1000 in 30 steps<br>





Potential Energy  =  4.76092783832156e+05<br>Maximum force     =  9.86600079729483e+02 on atom 3115<br>Norm of force     =  5.33725886931530e+02<br>*********************************************************************************************************<br>
g_energy file:<br><br>Statistics over 61 steps [ 0.0000 thru 0.1200 ps ], 12 data sets<br>
All averages are exact over 61 steps<br><br>Energy                      Average       RMSD     Fluct.      Drift  Tot-Drift<br>------------------------------<div id=":18o" class="ii gt">-------------------------------------------------<br>
Angle                       78416.5    38731.2    25083.3     838187     102231<br>
LJ-14                    1.16009e+08 8.87401e+08 8.87401e+08 3.06025e+06     373250<br>Coulomb-14                  734.065    480.683    140.481    13056.3    1592.44<br>LJ (SR)                     5482.29    5991.07    4445.16     114080    13914.1<br>

Coulomb (SR)                1711.47    732.288    228.708     -19758   -2409.83<br>Potential                1.16326e+08 8.8739e+08 8.8739e+08     921124     112347<br>Kinetic En.              1.77327e+18 5.4851e+18 4.28286e+18 9.73294e+19 1.1871e+19<br>

Total Energy             1.77327e+18 5.4851e+18 4.28286e+18 9.73294e+19 1.1871e+19<br>Temperature              4.06507e+16 1.25741e+17 9.81811e+16 2.2312e+18 2.72133e+17<br>Pressure (bar)           1.48406e+15 4.59052e+15 3.58436e+15 8.14557e+16 9.93493e+15<br>

T-HEX                    4.06507e+16 1.25741e+17 9.81811e+16 2.2312e+18 2.72133e+17<br>Lamb-HEX                    0.99144 0.00206848          0 -0.0617392 -0.00753016<br>Heat Capacity Cv:    -0.934076 J/mol K (factor = 9.56799)<br>
<br>***************                       *************************************************************************<br><br>title               = Hexane <br>cpp                 = /lib/cpp<br><br>;        Run control<br>integrator          =  md<br>
dt                  =  0.002        ; ps !<br>nsteps              =  5000        ; total 1.0 ps.<br>nstcomm             =  1        ; frequency for center of mass motion removal    <br><br>;        Output control<br>nstenergy           =  10        ; frequency to write energies to energy file. i.e., energies and other statistical data are stored every 10 steps<br>
nstxout             =  10        ; frequency to write coordinates/velocity/force to output trajectory file<br>nstvout             =  0<br>nstfout             =  10<br>nstlog              =  10        ; frequency to write energies to log file<br>
<br>;        Neighbor searching<br>nstlist             =  10        ; neighborlist will be updated at least every 10 steps  <br>;ns_type             =  grid<br><br>;        Electrostatics/VdW<br>coulombtype         =  cut-off<br>
vdw-type            =  cut-off<br>;        Cut-offs<br>rlist               =  1.0<br>rcoulomb            =  1.0<br>rvdw                =  1.0<br><br>;        Temperature coupling    Berendsen temperature coupling is on in two groups<br>
Tcoupl              =  berendsen<br>tc-grps             =  HEX      ;sol<br>tau_t               =  0.1      ;0.1<br>ref_t               =  300      ;300<br><br>;        Pressure coupling:     Pressure coupling is not on<br>
Pcoupl              =  no<br>tau_p               =  0.5<br>compressibility     =  4.5e-5<br>ref_p               =  1.0<br><br>;        Velocity generation    Generate velocites is on at 300 K. Manual p155<br>gen_vel             =  yes<br>
gen_temp            =  300.0<br>gen_seed            =  173529<br><br>;        Bonds<br>constraints         =  all-bonds<br>constraint-algorithm = lincs<br><br>pbc=xyz<br><br>****************************************************************************************<br>
;<br>;    File &#39;Hexane.top&#39; was generated<br>;    By user: moeed (500)<br>;    On host: moeed-desktop<br>;    At date: Thu Apr  8 13:51:19 2010<br>;<br>;    This is your include topology file<br>;    Generated by x2top<br>
;<br>; Include forcefield parameters<br>#include &quot;ffoplsaa.itp&quot;<br><br>[ moleculetype ]<br>; Name            nrexcl<br>HEX                 3<br><br>[ atoms ]<br>;   nr       type  resnr residue  atom   cgnr     charge       mass  typeB    chargeB      massB<br>
     1   opls_157      1   HEX      C1      1      -0.18     12.011   ; qtot -0.18<br>     2   opls_158      1   HEX      C2      2      -0.12     12.011   ; qtot -0.3<br>     3   opls_158      1   HEX      C3      3      -0.12     12.011   ; qtot -0.42<br>
     4   opls_158      1   HEX      C4      4      -0.12     12.011   ; qtot -0.54<br>     5   opls_158      1   HEX      C5      5      -0.12     12.011   ; qtot -0.66<br>     6   opls_157      1   HEX      C6      6      -0.18     12.011   ; qtot -0.84<br>
     7   opls_140      1   HEX      H1      6       0.06      1.008   ; qtot -0.78<br>     8   opls_140      1   HEX      H2      6       0.06      1.008   ; qtot -0.72<br>     9   opls_140      1   HEX      H3      6       0.06      1.008   ; qtot -0.66<br>
    10   opls_140      1   HEX      H4      5       0.06      1.008   ; qtot -0.6<br>    11   opls_140      1   HEX      H5      5       0.06      1.008   ; qtot -0.54<br>    12   opls_140      1   HEX      H6      4       0.06      1.008   ; qtot -0.48<br>
    13   opls_140      1   HEX      H7      4       0.06      1.008   ; qtot -0.42<br>    14   opls_140      1   HEX      H8      3       0.06      1.008   ; qtot -0.36<br>    15   opls_140      1   HEX      H9      3       0.06      1.008   ; qtot -0.3<br>
    16   opls_140      1   HEX     H10      2       0.06      1.008   ; qtot -0.24<br>    17   opls_140      1   HEX     H11      2       0.06      1.008   ; qtot -0.18<br>    18   opls_140      1   HEX     H12      1       0.06      1.008   ; qtot -0.12<br>
    19   opls_140      1   HEX     H13      1       0.06      1.008   ; qtot -0.06<br>    20   opls_140      1   HEX     H14      1       0.06      1.008   ; qtot 0<br><br>[ bonds ]<br>;  ai    aj funct            c0            c1            c2            c3<br>
    1     2     1  1.530000e-01  4.000000e+05  1.530000e-01  4.000000e+05 <br>    1    18     1  1.090000e-01  4.000000e+05  1.090000e-01  4.000000e+05 <br>    1    19     1  1.090000e-01  4.000000e+05  1.090000e-01  4.000000e+05 <br>
    1    20     1  1.090000e-01  4.000000e+05  1.090000e-01  4.000000e+05 <br>    2     3     1  1.530000e-01  4.000000e+05  1.530000e-01  4.000000e+05 <br>    2    16     1  1.090000e-01  4.000000e+05  1.090000e-01  4.000000e+05 <br>
    2    17     1  1.090000e-01  4.000000e+05  1.090000e-01  4.000000e+05 <br>    3     4     1  1.540000e-01  4.000000e+05  1.540000e-01  4.000000e+05 <br>    3    14     1  1.090000e-01  4.000000e+05  1.090000e-01  4.000000e+05 <br>
    3    15     1  1.090000e-01  4.000000e+05  1.090000e-01  4.000000e+05 <br>    4     5     1  1.530000e-01  4.000000e+05  1.530000e-01  4.000000e+05 <br>    4    12     1  1.090000e-01  4.000000e+05  1.090000e-01  4.000000e+05 <br>
    4    13     1  1.090000e-01  4.000000e+05  1.090000e-01  4.000000e+05 <br>    5     6     1  1.530000e-01  4.000000e+05  1.530000e-01  4.000000e+05 <br>    5    10     1  1.090000e-01  4.000000e+05  1.090000e-01  4.000000e+05 <br>
    5    11     1  1.090000e-01  4.000000e+05  1.090000e-01  4.000000e+05 <br>    6     7     1  1.090000e-01  4.000000e+05  1.090000e-01  4.000000e+05 <br>    6     8     1  1.090000e-01  4.000000e+05  1.090000e-01  4.000000e+05 <br>
    6     9     1  1.090000e-01  4.000000e+05  1.090000e-01  4.000000e+05 <br><br>[ pairs ]<br>;  ai    aj funct            c0            c1            c2            c3<br>    1     4     1 <br>    1    14     1 <br>    1    15     1 <br>
    2     5     1 <br>    2    12     1 <br>    2    13     1 <br>    3     6     1 <br>    3    10     1 <br>    3    11     1 <br>    3    18     1 <br>    3    19     1 <br>    3    20     1 <br>    4     7     1 <br>    4     8     1 <br>
    4     9     1 <br>    4    16     1 <br>    4    17     1 <br>    5    14     1 <br>    5    15     1 <br>    6    12     1 <br>    6    13     1 <br>    7    10     1 <br>    7    11     1 <br>    8    10     1 <br>    8    11     1 <br>
    9    10     1 <br>    9    11     1 <br>   10    12     1 <br>   10    13     1 <br>   11    12     1 <br>   11    13     1 <br>   12    14     1 <br>   12    15     1 <br>   13    14     1 <br>   13    15     1 <br>   14    16     1 <br>
   14    17     1 <br>   15    16     1 <br>   15    17     1 <br>   16    18     1 <br>   16    19     1 <br>   16    20     1 <br>   17    18     1 <br>   17    19     1 <br>   17    20     1 <br><br>[ angles ]<br>;  ai    aj    ak funct            c0            c1            c2            c3<br>
    2     1    18     1  1.120000e+02  4.000000e+02  1.120000e+02  4.000000e+02 <br>    2     1    19     1  1.110000e+02  4.000000e+02  1.110000e+02  4.000000e+02 <br>    2     1    20     1  1.110000e+02  4.000000e+02  1.110000e+02  4.000000e+02 <br>
   18     1    19     1  1.070000e+02  4.000000e+02  1.070000e+02  4.000000e+02 <br>   18     1    20     1  1.070000e+02  4.000000e+02  1.070000e+02  4.000000e+02 <br>   19     1    20     1  1.080000e+02  4.000000e+02  1.080000e+02  4.000000e+02 <br>
    1     2     3     1  1.130000e+02  4.000000e+02  1.130000e+02  4.000000e+02 <br>    1     2    16     1  1.090000e+02  4.000000e+02  1.090000e+02  4.000000e+02 <br>    1     2    17     1  1.090000e+02  4.000000e+02  1.090000e+02  4.000000e+02 <br>
    3     2    16     1  1.100000e+02  4.000000e+02  1.100000e+02  4.000000e+02 <br>    3     2    17     1  1.100000e+02  4.000000e+02  1.100000e+02  4.000000e+02 <br>   16     2    17     1  1.060000e+02  4.000000e+02  1.060000e+02  4.000000e+02 <br>
    2     3     4     1  1.130000e+02  4.000000e+02  1.130000e+02  4.000000e+02 <br>    2     3    14     1  1.100000e+02  4.000000e+02  1.100000e+02  4.000000e+02 <br>    2     3    15     1  1.100000e+02  4.000000e+02  1.100000e+02  4.000000e+02 <br>
    4     3    14     1  1.090000e+02  4.000000e+02  1.090000e+02  4.000000e+02 <br>    4     3    15     1  1.090000e+02  4.000000e+02  1.090000e+02  4.000000e+02 <br>   14     3    15     1  1.060000e+02  4.000000e+02  1.060000e+02  4.000000e+02 <br>
    3     4     5     1  1.130000e+02  4.000000e+02  1.130000e+02  4.000000e+02 <br>    3     4    12     1  1.090000e+02  4.000000e+02  1.090000e+02  4.000000e+02 <br>    3     4    13     1  1.090000e+02  4.000000e+02  1.090000e+02  4.000000e+02 <br>
    5     4    12     1  1.100000e+02  4.000000e+02  1.100000e+02  4.000000e+02 <br>    5     4    13     1  1.100000e+02  4.000000e+02  1.100000e+02  4.000000e+02 <br>   12     4    13     1  1.060000e+02  4.000000e+02  1.060000e+02  4.000000e+02 <br>
    4     5     6     1  1.130000e+02  4.000000e+02  1.130000e+02  4.000000e+02 <br>    4     5    10     1  1.100000e+02  4.000000e+02  1.100000e+02  4.000000e+02 <br>    4     5    11     1  1.100000e+02  4.000000e+02  1.100000e+02  4.000000e+02 <br>
    6     5    10     1  1.090000e+02  4.000000e+02  1.090000e+02  4.000000e+02 <br>    6     5    11     1  1.090000e+02  4.000000e+02  1.090000e+02  4.000000e+02 <br>   10     5    11     1  1.060000e+02  4.000000e+02  1.060000e+02  4.000000e+02 <br>
    5     6     7     1  1.110000e+02  4.000000e+02  1.110000e+02  4.000000e+02 <br>    5     6     8     1  1.110000e+02  4.000000e+02  1.110000e+02  4.000000e+02 <br>    5     6     9     1  1.120000e+02  4.000000e+02  1.120000e+02  4.000000e+02 <br>
    7     6     8     1  1.080000e+02  4.000000e+02  1.080000e+02  4.000000e+02 <br>    7     6     9     1  1.070000e+02  4.000000e+02  1.070000e+02  4.000000e+02 <br>    8     6     9     1  1.070000e+02  4.000000e+02  1.070000e+02  4.000000e+02 <br>
<br>[ dihedrals ]<br>;  ai    aj    ak    al funct            c0            c1            c2            c3            c4            c5<br>   18     1     2     3     3  3.600000e+02  5.000000e+00  3.000000e+00  3.600000e+02  5.000000e+00  3.000000e+00 <br>
    1     2     3     4     3  3.600000e+02  5.000000e+00  3.000000e+00  3.600000e+02  5.000000e+00  3.000000e+00 <br>    2     3     4     5     3  3.600000e+02  5.000000e+00  3.000000e+00  3.600000e+02  5.000000e+00  3.000000e+00 <br>
    3     4     5     6     3  3.600000e+02  5.000000e+00  3.000000e+00  3.600000e+02  5.000000e+00  3.000000e+00 <br>    4     5     6     7     3  3.600000e+02  5.000000e+00  3.000000e+00  3.600000e+02  5.000000e+00  3.000000e+00 <br>
<br>[ system ]<br>; Name<br>HEX<br><br>[ molecules ]<br>; Compound        #mols<br>HEX                 256<br><br><br><br><br></div><input id="gwProxy" type="hidden"><input onclick="jsCall();" id="jsProxy" type="hidden"><div id="refHTML">
</div>