<div class="gmail_quote"><br>Hello Justin,<br><br>Thanks a lot for your reply.<br>I am using the option &quot;freezegrps&quot; in my .mdp file, given below:<br>-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------<br>

<br>;define          = -DSTRONG_POSRES<br>define          = -DPOSRES      ; position restrain the protein<div class="im"><br>; Run parameters<br>integrator      = md            ; leap-frog integrator<br></div>nsteps          = 10000         ; 2 * 50000 = 100 ps<div class="im">
<br>
dt              = 0.002         ; 2 fs<br></div>; Output control<br>nstxout         = 100           ; save coordinates every 0.2 ps<br>nstvout         = 100           ; save velocities every 0.2 ps<br>nstenergy       = 100           ; save energies every 0.2 ps<br>

nstlog          = 100           ; update log file every 0.2 ps<br>; Bond parameters<br>continuation    = no            ; first dynamics run<br>constraint_algorithm = lincs    ; holonomic constraints<br>constraints     = all-bonds     ; all bonds (even heavy atom-H bonds) constrained<br>

lincs_iter      = 1             ; accuracy of LINCS<br>lincs_order     = 4             ; also related to accuracy<br>; Neighborsearching<br>ns_type         = grid          ; search neighboring grid cels<br>nstlist         = 5             ; 10 fs<br>

rlist           = 1.0           ; short-range neighborlist cutoff (in nm)<br>rcoulomb        = 1.0           ; short-range electrostatic cutoff (in nm)<br>rvdw            = 1.0           ; short-range van der Waals cutoff (in nm)<br>

; Electrostatics<br>coulombtype     = PME           ; Particle Mesh Ewald for long-range electrostatics<br>pme_order       = 4             ; cubic interpolation<br>fourierspacing  = 0.16          ; grid spacing for FFT<br>

; Temperature coupling is on<br>tcoupl          = V-rescale     ; modified Berendsen thermostat<br>tc-grps         = Protein Non-Protein   ; two coupling groups - more accurate<br>tau_t           = 0.1   0.1     ; time constant, in ps<br>

ref_t           = 300   300     ; reference temperature, one for each group, in K<br>; Pressure coupling is off<br>pcoupl          = no            ; no pressure coupling in NVT<br>; Periodic boundary conditions<br>pbc             = xyz           ; 3-D PBC<br>

; Dispersion correction<br>DispCorr        = EnerPres      ; account for cut-off vdW scheme<br>; Velocity generation<br>gen_vel         = yes           ; assign velocities from Maxwell distribution<br>gen_temp        = 300           ; temperature for Maxwell distribution<br>

gen_seed        = -1            ; generate a random seed<br><br>freezegrps      = Fixed<br>freezedim       = Y Y Y<br>--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------<br>

<br>I was just wondering how to give the &quot;energygrp_excl&quot; parameters with it. Can you please guide me regarding this and also please go through the other parameters in the .mdp file.<br><br>Regards,<br><font color="#888888"><br>
Anirban</font><div><div></div><div class="h5"><a name="12848176b461c478_egexcl"><br>
</a>
<h4><a name="12848176b461c478_egexcl"><br></a></h4><br><br><br><br><div class="gmail_quote">On Wed, Apr 28, 2010 at 4:52 PM, Justin A. Lemkul <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
<div><br>
<br>
Anirban Ghosh wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Hello Justin,<br>
<br>
In my topology file I am declaring:<br>
---------------------------------------------------------------------------------------------------------------<br>
; Include Position restraint file<br>
#ifdef POSRES<br>
#include &quot;posre.itp&quot;<br>
#endif<br>
<br>
; Strong position restraints on rest of B2AR<br>
#ifdef STRONG_POSRES<br>
#include &quot;strong_posre.itp&quot;<br>
#endif<br>
<br>
</blockquote>
<br></div>
What is in strong_posre.itp?  Presumably you&#39;re only restraining certain residues, right?  Did you create this with genrestr and an appropriate index group?<div><br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
; Include water topology<br>
#include &quot;spc.itp&quot;<br>
-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------<br>
And in my .mdp file I am giving:<br>
-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------<br>
define           = -DSTRONG_POSRES    ; Run parameters<br>
integrator      = md            ; leap-frog integrator<br>
nsteps          = 5000          ; 2 * 50000 = 100 ps<br>
dt                 = 0.002         ; 2 fs<br>
-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------<br>
</blockquote>
<br></div>
If this is the entirety of your .mdp file, you&#39;re asking for trouble.  Allowing all other parameters to be taken as default is very dangerous, and probably inappropriate (most notably cutoff electrostatics).<div>
<br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
But now what I am getting is that if I run MD using these restraints on the helical portion of the protein, then I am getting LINCS errors. However, if I allow the entire protein to move during MD, then it is running fine. What mistake am I making? And how can I freeze properly the helical portions and simulate only the loop? Thanks a lot in advance.<br>


<br>
</blockquote>
<br></div>
Recognize that there is a difference between &quot;freezing&quot; and &quot;restraining.&quot;  Read in the manual about what freezing is versus position restraints.  Either way, you should be able to get things up and running, but position restraints are a bit easier to implement.<br>


<br>
If an unrestrained simulation runs fine (using that fragmented .mdp file?) then there are probably just bad clashes in the system that the restraints are not allowing to relax.<br>
<br>
-Justin<br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Regards,<br>
<br>
Anirban<div><div></div><div><br>
<br>
On Fri, Apr 23, 2010 at 5:37 PM, Justin A. Lemkul &lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a> &lt;mailto:<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a>&gt;&gt; wrote:<br>


<br>
<br>
<br>
    Anirban Ghosh wrote:<br>
<br>
        Hi ALL,<br>
<br>
        I want to do a MD simulation by restraining (freezing) the<br>
        helical portions and allowing only the loop regions to move. I<br>
        tried doing this by applying heavy restrain on the helical<br>
        residues by generating a .itp file with the &quot;genrestr&quot; command<br>
        with an index file containing the desired residue numbers.<br>
        However during the simulation I am finding that the entire<br>
        protein is moving. Am I doing anything wrong? Or is there any<br>
        other way to freeze a portion of a protein? Any suggestion is<br>
        welcome. thanks a lot in advance.<br>
<br>
<br>
    If your protein is still moving, then you aren&#39;t correctly applying<br>
    your position restraints.  Without seeing your topology and .mdp<br>
    file, there&#39;s no way to know what you&#39;re doing wrong.<br>
<br>
    You can also use the freezegrps option in the .mdp file, but then<br>
    you also have to make sure you&#39;re using the appropriate<br>
    energygrp_excl, etc.  It is generally much easier to apply position<br>
    restraints.<br>
<br>
    -Justin<br>
<br>
<br>
        Regards,<br>
<br>
        Anirban<br>
<br>
<br>
    --     ========================================<br>
<br>
    Justin A. Lemkul<br>
    Ph.D. Candidate<br>
    ICTAS Doctoral Scholar<br>
    MILES-IGERT Trainee<br>
    Department of Biochemistry<br>
    Virginia Tech<br>
    Blacksburg, VA<br></div></div>
    jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> &lt;<a href="http://vt.edu" target="_blank">http://vt.edu</a>&gt; | (540) 231-9080<div><br>
    <a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>
    ========================================<br>
    --     gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br></div>
    &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<div><br>
    <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
    Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before<br>
    posting!<br>
    Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www<br>
    interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a><br></div>
    &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt;.<div><br>
    Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
<br>
<br>
</div></blockquote><div><div></div><div>
<br>
-- <br>
========================================<br>
<br>
Justin A. Lemkul<br>
Ph.D. Candidate<br>
ICTAS Doctoral Scholar<br>
MILES-IGERT Trainee<br>
Department of Biochemistry<br>
Virginia Tech<br>
Blacksburg, VA<br>
jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | (540) 231-9080<br>
<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>
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Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
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