Hi,<br><br>we are working with a protein-ligand system (MHC + peptide). We have computed radius of gyration using the following command line:<br><br><br>g_gyrate -f File1.xtc -s File2.tpr -n index.ndx -o GYRATE<br><br>      * File1: refer to concatenated trajectories of our <b>protein</b> plus <b>ligand </b>during 8ns simulation. <br>

<br>We choose the <b>ligand</b> group to compute the radius of gyration. My questions are:<br><br>1) Which  center of mass GROMACS  will set: the center of mass of the ligand or of the protein? <br><br>2) If the center of mass is the protein, all the atoms of the ligand are used for the radius og gyration calculation? <br>

<br> <br clear="all">Thanks in advance<br><br>-- <br>Maurício Menegatti Rigo<br>Núcleo de Bioinformática do Laboratório de Imunogenética<br>Departamento de Genética<br>Instituto de Biociências<br>Universidade Federal do Rio Grande do Sul<br>

<br>