Hi,<div><br></div><div>bugs should be reported to <a href="http://bugzilla.gromacs.org">bugzilla.gromacs.org</a>. This way they are not forgotten.</div><div><br></div><div>Roland<br><br><div class="gmail_quote">On Fri, Apr 30, 2010 at 7:12 AM, Fabrizio Marinelli <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:marinell@sissa.it">marinell@sissa.it</a>&gt;</span> wrote:<br>

<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">Hi all, i have found the source of the error. I was compiling the latest<br>
gromacs git version using the option --enable-fortran during the<br>
configuration, this for the system i used (even the simple 216 spc box)<br>
and for a generic force field gives SR interactions = 0.<br>
Eliminating the option --enable-fortran everything works and the energies<br>
are the same of gromacs-4.0.5.<br>
This maybe useful for some of you.<br>
Best,<br>
Fabrizio<br>
<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; ----- Original Message -----<br>
&gt; From: Fabrizio Marinelli &lt;<a href="mailto:marinell@sissa.it">marinell@sissa.it</a>&gt;<br>
&gt; Date: Friday, April 30, 2010 19:17<br>
&gt; Subject: [gmx-users] Problem in the gromacs git version<br>
&gt; To: <a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>, Discussion list for GROMACS users<br>
&gt; &lt;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;&gt; Hi all,<br>
&gt;&gt; i have downloaded and installed the latest gromacs git version<br>
&gt;&gt; with the<br>
&gt;&gt; purpose of testing the charmm force field. I noticed that with<br>
&gt;&gt; pdb2gmx i<br>
&gt;&gt; am able to construct the topology without problems and also to<br>
&gt;&gt; run the<br>
&gt;&gt; simulation. Then when i look to the energy terms i notice that SR<br>
&gt;&gt; interaction are 0 and this of course generate problems to the<br>
&gt;&gt; simulationeven if it does not crush. I also tried with the<br>
&gt;&gt; GROMOS96 43a1 force field<br>
&gt;&gt; and it gives the same. I also tried to remove the protein and<br>
&gt;&gt; run only<br>
&gt;&gt; water molecules and still SR are 0. I tried also to run the<br>
&gt;&gt; simulation of<br>
&gt;&gt; spc216.gro water box, and it still gives the same.<br>
&gt;&gt; Does any one of you faced with the same problem? If not, could<br>
&gt;&gt; some you<br>
&gt;&gt; try the same test to see if you find the same? Could some of you<br>
&gt;&gt; eventually propose a solution?<br>
&gt;<br>
&gt; I was using git master this week without observing such a problem.<br>
&gt;<br>
&gt; Two approaches to a solution occur to me. Either vary your .mdp entries<br>
&gt; until it works, which can identify the broken algorithm, or, use git to go<br>
&gt; back in time until you find a point where the simulation works. Then the<br>
&gt; erroneous commit, if any, can be found.<br>
&gt;<br>
&gt; What&#39;s best will depend why you&#39;re using the git version.<br>
&gt;<br>
&gt; Mark<br>
&gt;<br>
&gt;&gt; &gt; Fabrizio Marinelli wrote:<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; Here it is my .mdp file, i attach you also the topology file,<br>
&gt;&gt; just to be<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; more specific the one that are 0 are the SR interactions,<br>
&gt;&gt; thank you very<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; much.<br>
&gt;&gt; &gt;<br>
&gt;&gt; &gt; For diagnostic purposes, can you re-process your structure<br>
&gt;&gt; using a<br>
&gt;&gt; &gt; different<br>
&gt;&gt; &gt; force field and try again?  If the energies are still<br>
&gt;&gt; coming up zero, then<br>
&gt;&gt; &gt; there<br>
&gt;&gt; &gt; may be something wrong in the code as a whole, otherwise it is<br>
&gt;&gt; specific to<br>
&gt;&gt; &gt; the<br>
&gt;&gt; &gt; CHARMM force field.  Either way, I&#39;m out of my league on<br>
&gt;&gt; this one :)<br>
&gt;&gt; &gt; Maybe a<br>
&gt;&gt; &gt; developer can comment.<br>
&gt;&gt; &gt;<br>
&gt;&gt; &gt; -Justin<br>
&gt;&gt; &gt;<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; Fabrizio<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;<br>
&gt;&gt; title                    = Teaa MD<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;<br>
&gt;&gt; cpp                      = /lib/cpp<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;<br>
&gt;&gt; include                  =<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;<br>
&gt;&gt; integrator               = md<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;<br>
&gt;&gt; comm_mode                = Linear<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;<br>
&gt;&gt; nstcomm                  = 10<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;<br>
&gt;&gt; tinit                    = 0<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; comm-<br>
&gt;&gt; grps                = System<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;<br>
&gt;&gt; dt                       = 0.002<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;<br>
&gt;&gt; nsteps                   = 6000000<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; ; OUTPUT CONTROL OPTIONS =<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; ; Output frequency for coords (x), velocities (v) and forces<br>
&gt;&gt; (f) =<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;<br>
&gt;&gt; nstxout                  = 5000<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;<br>
&gt;&gt; nstvout                  = 5000<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; ; Output frequency for energies to log file and energy file =<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;<br>
&gt;&gt; nstlog                   = 500<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;<br>
&gt;&gt; nstenergy                = 500<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;<br>
&gt;&gt; nstxtcout                = 500<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; xtc-<br>
&gt;&gt; precision            = 100000<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;<br>
&gt;&gt; xtc_grps                 = System<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;<br>
&gt;&gt; energygrps               = System<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;<br>
&gt;&gt; pbc                      = xyz<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;<br>
&gt;&gt; nstlist                  = 5<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;<br>
&gt;&gt; epsilon_r                = 1.<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;<br>
&gt;&gt; ns_type                  = grid<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;<br>
&gt;&gt; coulombtype              = pme<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;<br>
&gt;&gt; vdwtype                  = Cut-Off<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;<br>
&gt;&gt; fourierspacing           = 0.12<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; ; EWALD/PME/PPPM parameters<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;<br>
&gt;&gt; pme_order                = 4<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;<br>
&gt;&gt; ewald_rtol               = 2.2e-05<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;<br>
&gt;&gt; epsilon_surface          = 0<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;<br>
&gt;&gt; optimize_fft             = yes<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;<br>
&gt;&gt; rlist                    = 1.2<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;<br>
&gt;&gt; rcoulomb                 = 1.2<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;<br>
&gt;&gt; rvdw                     = 1.2<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;<br>
&gt;&gt; tcoupl                   = Berendsen<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; tc-<br>
&gt;&gt; grps                  = System<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;<br>
&gt;&gt; tau_t                    = 1.0<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;<br>
&gt;&gt; ref_t                    = 298<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;<br>
&gt;&gt; pcoupl                   = Berendsen<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;<br>
&gt;&gt; pcoupltype               = isotropic<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;<br>
&gt;&gt; tau_p                    = 2.5<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;<br>
&gt;&gt; compressibility          = 4.5e-5<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;<br>
&gt;&gt; ref_p                    = 1.0<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; ; Dielectric constant of reaction field =<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;<br>
&gt;&gt; epsilon_rf               = 80.0<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;<br>
&gt;&gt; gen_vel                  = yes<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;<br>
&gt;&gt; gen_temp                 = 298<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;<br>
&gt;&gt; gen_seed                 = 173529<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;<br>
&gt;&gt; constraints              = all-bonds<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; constraint_algorithm     = lincs<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;<br>
&gt;&gt; shake_tol                = 0.0001<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; ; Highest order in the expansion of the constraint coupling<br>
&gt;&gt; matrix =<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; lincs-<br>
&gt;&gt; order              = 4<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; ; Lincs will write a warning to the stderr if in one step a<br>
&gt;&gt; bond =<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; ; rotates over more degrees than =<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; lincs-<br>
&gt;&gt; warnangle          = 30<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; user1-<br>
&gt;&gt; grps               = System<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; ; Non-equilibrium MD stuff =<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; acc-<br>
&gt;&gt; grps                 =<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;<br>
&gt;&gt; accelerate               =<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;<br>
&gt;&gt; freezegrps               =<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;<br>
&gt;&gt; freezedim                =<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; cos-<br>
&gt;&gt; acceleration         =<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; Fabrizio Marinelli wrote:<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;&gt; Hi all,<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;&gt; I have downloaded the latest git version of gromacs<br>
&gt;&gt; (yesterday) in<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;&gt; which<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;&gt; it is possible to use the charmm27 force field, I<br>
&gt;&gt; constructed the<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;&gt; topology<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;&gt; for my protein using the pdb2gmx program, everything goes<br>
&gt;&gt; ok also with<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;&gt; the<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;&gt; solvation, but then when i run the MD i notice that coulomb<br>
&gt;&gt; and LJ<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;&gt; interaction are 0 and also the protein consequently unfold.<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;&gt; Did any of you found this kind of problem? Could some of<br>
&gt;&gt; you rpopose<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;&gt; eventually a solution?<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; Can you post your .mdp file?<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; -Justin<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;&gt; Thanks in advance,<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;&gt; Fabrizio<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;&gt; ------------------------------------------------------------<br>
&gt;&gt; ----<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;&gt;   SISSA Webmail <a href="https://webmail.sissa.it/" target="_blank">https://webmail.sissa.it/</a><br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;&gt;   Powered by SquirrelMail <a href="http://www.squirrelmail.org/" target="_blank">http://www.squirrelmail.org/</a><br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; --<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; ========================================<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; Justin A. Lemkul<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; Ph.D. Candidate<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; ICTAS Doctoral Scholar<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; MILES-IGERT Trainee<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; Department of Biochemistry<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; Virginia Tech<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; Blacksburg, VA<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | (540) 231-9080<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; <a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; ========================================<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; --<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; posting!<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; --------------------------------------------------------------<br>
&gt;&gt; --<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;   SISSA Webmail <a href="https://webmail.sissa.it/" target="_blank">https://webmail.sissa.it/</a><br>
&gt;&gt; &gt;&gt;   Powered by SquirrelMail <a href="http://www.squirrelmail.org/" target="_blank">http://www.squirrelmail.org/</a><br>
&gt;&gt; &gt;<br>
&gt;&gt; &gt; --<br>
&gt;&gt; &gt; ========================================<br>
&gt;&gt; &gt;<br>
&gt;&gt; &gt; Justin A. Lemkul<br>
&gt;&gt; &gt; Ph.D. Candidate<br>
&gt;&gt; &gt; ICTAS Doctoral Scholar<br>
&gt;&gt; &gt; MILES-IGERT Trainee<br>
&gt;&gt; &gt; Department of Biochemistry<br>
&gt;&gt; &gt; Virginia Tech<br>
&gt;&gt; &gt; Blacksburg, VA<br>
&gt;&gt; &gt; jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | (540) 231-9080<br>
&gt;&gt; &gt; <a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
&gt;&gt; &gt;<br>
&gt;&gt; &gt; ========================================<br>
&gt;&gt; &gt; --<br>
&gt;&gt; &gt; gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
&gt;&gt; &gt; <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
&gt;&gt; &gt; Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a><br>
&gt;&gt; before posting!<br>
&gt;&gt; &gt; Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
&gt;&gt; &gt; www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
&gt;&gt; &gt; Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
&gt;&gt; &gt;<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; ----------------------------------------------------------------<br>
&gt;&gt;   SISSA Webmail <a href="https://webmail.sissa.it/" target="_blank">https://webmail.sissa.it/</a><br>
&gt;&gt;   Powered by SquirrelMail <a href="http://www.squirrelmail.org/" target="_blank">http://www.squirrelmail.org/</a><br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; --<br>
&gt;&gt; gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
&gt;&gt; <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
&gt;&gt; Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a><br>
&gt;&gt; before posting!<br>
&gt;&gt; Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
&gt;&gt; www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
&gt;&gt; Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
&gt; --<br>
&gt; gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
&gt; <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
&gt; Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
&gt; Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
&gt; www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
&gt; Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
&gt;<br>
<br>
<br>
<br>
----------------------------------------------------------------<br>
  SISSA Webmail <a href="https://webmail.sissa.it/" target="_blank">https://webmail.sissa.it/</a><br>
  Powered by SquirrelMail <a href="http://www.squirrelmail.org/" target="_blank">http://www.squirrelmail.org/</a><br>
<font color="#888888"><br>
--<br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
</font></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>ORNL/UT Center for Molecular Biophysics <a href="http://cmb.ornl.gov">cmb.ornl.gov</a><br>865-241-1537, ORNL PO BOX 2008 MS6309<br>
</div>