I have download dsspcmbi.zip and extract the dssp folder into /cygdrive/c/cygwin/usr/local/bin/ directory. Then <br>set the environment variable export DSSP=/cygdrive/c/cygwin/usr/local/bin/dssp for bash. then I have gone to my folder by using cd where all my md files were present i.e. /cygdrive/c/gromacs-4.0.7. At last I executed the command do_dssp -f traj.xtc -s md.tpr -n index.ndx -aa area.xvg after preformed this I still got an error i.e. Fatal error: failed to execute command: /cygdrive/c/cygwin/usr/local/bin/dssp     ddrN1s8q  dd4bcjqa  &gt; /dev/null 2&gt; /dev/null<br>
 <br>Please rectify this..<br clear="all"><br>-- <br>Pawan<br>