<div>Hi gromacs users</div>
<div> </div>
<div>I will use amber 03 forcefield for simulation of protein-dna interaction. but why ffamber03.atp is as follow :</div>
<div> </div>
<div>amber99_0          1.00800  ; H0  H aliph. bond. to C with 1 electrwd. group (03GLY)<br>amber99_1         79.90000 ; BR  bromine<br>amber99_2         12.01000 ; C  sp2 C carbonyl group<br>amber99_3         12.01000 ; CA  sp2 C pure aromatic (benzene)<br>
amber99_4         12.01000 ; CB  sp2 aromatic C, 5&amp;6 membered ring junction<br>amber99_5         12.01000 ; CC  sp2 aromatic C, 5 memb. ring HIS<br>amber99_6         12.01000 ; CK  sp2 C 5 memb.ring in purines<br>amber99_7         12.01000 ; CM  sp2 C  pyrimidines in pos. 5 &amp; 6<br>
amber99_8         12.01000 ; CN  sp2 C aromatic 5&amp;6 memb.ring junct.(TRP)<br>amber99_9         12.01000 ; CQ  sp2 C in 5 mem.ring of purines between 2 N<br>amber99_10        12.01000 ; CR  sp2 arom as CQ but in HIS</div>

<div> </div>
<div>why amber99 instead of amber03?</div>
<div> </div>
<div><font size="2">
<p>Any help will highly appreciated!</p></font></div>