Hi,<br><br>Actualy suppermicro offers 4 socket machines with 12-core amd cpus so you get 48cores in 1U<br>GROMACS perform well on such hardware =)<br><br>In case of using Infiniband you need IB switch of dual port ib cards (to connect machines as a 1d torus)<br>
<br><div class="gmail_quote">2010/4/28 David van der Spoel <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se">spoel@xray.bmc.uu.se</a>&gt;</span><br><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
<div class="im">On 4/28/10 9:38 AM, Igor Leontyev wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
Hi,<br>
there is a question for hardware experts. What is the optimal hardware to<br>
achieve better scalability in parallel MD simulations of 10K-100K atoms?<br>
<br>
Probably, it should be a cluster of multi-cpu, multi-core units with fast<br>
interconnection. In this case, what is the optimal=performance/price<br>
configuration for the units? Or in greater details the choice should be:<br>
1) Intel or AMD?<br>
2) Server cpus (Xeon/Opteron) or Desktop cpus (i7/Phenom)?<br>
(The problem is that for the cheaper option (Desktop cpus) there is no<br>
multi-cpu<br>
motherboards available on a market. May be somebody knows the<br>
appropriate MB<br>
model.)<br>
3) 4-, 6- or 8-core cpus? See Opteron 6134 which has 8 cores of 2.3 Ghz.<br>
4) Is there network solution faster than 1 Gbps for a reasonable price?<br>
<br>
Or may be the optimum is some preassembled workstation or cluster<br>
available on a market for a reasonable price.<br>
<br>
Resuming the subject: what is the optimal hardware with a budget ~$10K?<br>
April 2010<br>
<br>
</blockquote></div>
Try finding a local vendor to sell you Supermicro based machines. $10k should get you roughly 4 dual quad core Intel or AMD with Infiniband network, 32 cores altogether in a rack (with some haggling). The machines with more cores per chip are usually overprized.<br>

<br>
-- <br>
David.<br>
________________________________________________________________________<br><font color="#888888">
David van der Spoel, PhD, Professor of Biology<br>
Dept. of Cell and Molecular Biology, Uppsala University.<br>
Husargatan 3, Box 596,          75124 Uppsala, Sweden<br>
phone:  46 18 471 4205          fax: 46 18 511 755<br>
<a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se" target="_blank">spoel@xray.bmc.uu.se</a>    <a href="mailto:spoel@gromacs.org" target="_blank">spoel@gromacs.org</a>   <a href="http://folding.bmc.uu.se" target="_blank">http://folding.bmc.uu.se</a><br>

++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++</font><div><div></div><div class="h5"><br>
-- <br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
</div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Best Regards,<br>Alexey &#39;Alexxy&#39; Shvetsov<br>Petersburg Nuclear Physics Institute, Russia<br>Department of Molecular and Radiation Biophysics<br>Gentoo Team Ru<br>
Gentoo Linux Dev<br>mailto:<a href="mailto:alexxyum@gmail.com">alexxyum@gmail.com</a><br>mailto:<a href="mailto:alexxy@gentoo.org">alexxy@gentoo.org</a><br>mailto:<a href="mailto:alexxy@omrb.pnpi.spb.ru">alexxy@omrb.pnpi.spb.ru</a><br>