<div dir="ltr"><div>Thank you Jochem,</div>
<div> </div>
<div>In your last reply, did you mean that i can perform the WHAM on Various histograms that were collected with different force constants? i mean , will it know to do the correction for the biasing potential<br></div>
<div>amir<br></div>
<div class="gmail_quote">On Fri, Apr 30, 2010 at 4:00 PM, Jochen Hub <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jochen@xray.bmc.uu.se">jochen@xray.bmc.uu.se</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="PADDING-LEFT: 1ex; MARGIN: 0px 0px 0px 0.8ex; BORDER-LEFT: #ccc 1px solid">
<div class="im">Justin A. Lemkul wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="PADDING-LEFT: 1ex; MARGIN: 0px 0px 0px 0.8ex; BORDER-LEFT: #ccc 1px solid"><br><br>Amir Marcovitz wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="PADDING-LEFT: 1ex; MARGIN: 0px 0px 0px 0.8ex; BORDER-LEFT: #ccc 1px solid">Thanks for your answers,<br><br>I tried to struggle a bit more with that today.<br>my input dat files listings (i.e., tpr-files.dat, pullf-files.dat and pullx-files.dat) are fine and consistent with other in terms of file numbering.<br>
i use gromacs 4.0.5 on Linux with gcc 4.1.2 compiler.<br></blockquote><br>Time and time again, we have to point out the bold warning on the Downloads page:<br><br>&quot;WARNING: do not use the gcc 4.1.x set of compilers. They are broken. These compilers come with recent Linux distrubutions like Fedora 5/6 etc.&quot;<br>
<br>Buggy behavior that is difficult to diagnose is often due to these faulty compilers.<br><br>
<blockquote class="gmail_quote" style="PADDING-LEFT: 1ex; MARGIN: 0px 0px 0px 0.8ex; BORDER-LEFT: #ccc 1px solid"><br>i run: *g_wham -it tpr-files.dat -if pullf-files.dat -o -hist -unit kCal -b 1000    *(my data is 16ns long and i ignore the first ns)<br>
<br>and it starts reporting that the file are read:<br><br>Reading file topol742.tpr, VERSION 4.0.5 (single precision)<br>File topol742.tpr, 1 groups, geometry &quot;distance&quot;, dimensions [N Y N], (1 dimensions)<br>       grp 0) k = 1000.000  inittial distance = 2.41331<br>
Reading file topol748.tpr, VERSION 4.0.5 (single precision)<br>Reading file topol761.tpr, VERSION 4.0.5 (single precision)<br>Reading file topol792.tpr, VERSION 4.0.5 (single precision)<br>and so on..<br><br>it reports that the boundaries are found and continue to read until it stucks..<br>
<br>However, when i do the WHAM with the pullx files (i.e., -ix pullx-files instead of -if pullf-files.dat) the wham converges within a reasonable time to a PMF profile which not so smooth.<br><br>i therefore have some questions:<br>
1) what is the difference in the profiles for using  pullx or pullf files?<br></blockquote><br>In principle, there probably shouldn&#39;t be any, but if there is perhaps someone else has seen that.<br></blockquote></div>It should not make any difference at all. It it does, there is something wrong with the data or g_wham is buggy. With the pullf files, g_wham simply computes the pullx values from the force and the force constant. This is not really required since it is more natural to just work with the pullx, but I added to for the case that someone forgot to write the pullx and only has the pullf files. 
<div class="im"><br><br>
<blockquote class="gmail_quote" style="PADDING-LEFT: 1ex; MARGIN: 0px 0px 0px 0.8ex; BORDER-LEFT: #ccc 1px solid"><br>
<blockquote class="gmail_quote" style="PADDING-LEFT: 1ex; MARGIN: 0px 0px 0px 0.8ex; BORDER-LEFT: #ccc 1px solid">2) suppose that my histograms overlap is poor for some locations along the pulling vector, how one can solve that?<br>
</blockquote><br>Better sampling (more time) within the sampling windows, or more closely-spaced windows.<br></blockquote></div>And maybe stronger force constants. g_wham can combine the runs with smaller and larger force constants, that is no problem.<br>
<br>That is probably the reason for the weired PMF!<br><font color="#888888"><br>Jochen</font> 
<div>
<div></div>
<div class="h5"><br><br>
<blockquote class="gmail_quote" style="PADDING-LEFT: 1ex; MARGIN: 0px 0px 0px 0.8ex; BORDER-LEFT: #ccc 1px solid"><br>
<blockquote class="gmail_quote" style="PADDING-LEFT: 1ex; MARGIN: 0px 0px 0px 0.8ex; BORDER-LEFT: #ccc 1px solid">3) To generate the input configurations -  what is the ideal pulling procedure?  ( i used     pull = constant_force, with a small value of K1)<br>
</blockquote><br>There isn&#39;t one &quot;best&quot; method, per se.  The only criterion is that you have generated configurations from which you can derive reasonably-spaced windows in which you do sufficient sampling.<br>
<br>-Justin<br><br>
<blockquote class="gmail_quote" style="PADDING-LEFT: 1ex; MARGIN: 0px 0px 0px 0.8ex; BORDER-LEFT: #ccc 1px solid"><br>Again, Thanks a lot for the quick reply<br>Amir<br><br>On Thu, Apr 29, 2010 at 10:33 AM, Jochen Hub &lt;<a href="mailto:jochen@xray.bmc.uu.se" target="_blank">jochen@xray.bmc.uu.se</a> &lt;mailto:<a href="mailto:jochen@xray.bmc.uu.se" target="_blank">jochen@xray.bmc.uu.se</a>&gt;&gt; wrote:<br>
<br>   Amir Marcovitz wrote:<br><br>       Hi All,<br><br>       I have some problems with g_wham, and i already gone through all<br>       the postings and didn&#39;t find a hint..<br><br>       basically, I&#39;m trying to calculate PMF between two charged<br>
       plates. I&#39;ve performed a pulling simulation between the 2 plates<br>       according to Justin&#39;s UMBRELLA tutorial in the website (all<br>       steps, i.e., minimization, equilibration etc. up to that point<br>
       work fine)<br>       from the pulling i generated input configurations for the<br>       umbrella sampling runs (pull=umbrella , rate=0.0), which are 15<br>       ns long<br>       and collected all the output pullf.xvg and *.tpr files.<br>
<br>   You could also run g_wham -histonly to get the histogram file. Then<br>   check with xmgrace -nxy histo.xvg whether the histograms properly<br>   overlap.<br><br>   But if they do not overlap, I would rather expect g_wham to give a<br>
   zero PMF or to iterate forever, so not sure what is wrong.<br><br>   Jochen<br><br><br><br><br>       i then run g_wham (with -it and -if) and it works fine at the<br>       beginning, but then the computer simply gets stuck (!?) and the<br>
       calculation is killed -  with no error massage.<br><br>       what is it that I&#39;m doing wrong?<br>       it looks like my output data (pullf and tpr files) are fine, but<br>       is it possible that some of them causing the problem?<br>
<br>       this is really frustrating..<br>       need your help,<br>       Amir<br><br><br><br>   --     ---------------------------------------------------<br>   Dr. Jochen Hub<br>   Molecular Biophysics group<br>   Dept. of Cell &amp; Molecular Biology<br>
   Uppsala University. Box 596, 75124 Uppsala, Sweden.<br>   Phone: +46-18-4714451 Fax: +46-18-511755<br>   ---------------------------------------------------<br><br><br>   --     gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
   &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>   <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
   Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before<br>   posting!<br>   Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www<br>
   interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a><br>   &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt;.<br>
   Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br><br><br></blockquote><br></blockquote><br><br>-- <br>---------------------------------------------------<br>
Dr. Jochen Hub<br>Molecular Biophysics group<br>Dept. of Cell &amp; Molecular Biology<br>Uppsala University. Box 596, 75124 Uppsala, Sweden.<br>Phone: +46-18-4714451 Fax: +46-18-511755<br>---------------------------------------------------<br>
<br>-- <br>gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br></div></div>
<div>
<div></div>
<div class="h5"><a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
</div></div></blockquote></div><br></div>