Dear Justin,<br><br>Thank you so much for your help.  Could you please help me with some simple questions:<br><br>1- Regarding the atom types: For n-Hexane why did not you choose atom types:<br><br>opls_068   15.03500  ; CH3 (C2) N-ALKANES<br>
opls_071   14.02700  ; CH2 (SP3) ALKANES<br><br>rather than:<br><br>opls_157   12.01100  ; all-atom C: CH3 &amp; CH2, alcohols<br>opls_158   12.01100  ; all-atom C: CH, alcohols<br><br>I would like to know the reason because I am confused which type to pick up.<br>
<br>2-Please tell me what  the difference between atom type C and CA is?<br><br><br>[ HEX ]<br>
  [ atoms ]<br>
    CAA  opls_157    -0.180      1<br>
    HA1  opls_140     0.060      1<br>
    HA2  opls_140     0.060      1<br>
    HA3  opls_140     0.060      1<br>
    CAC  opls_158    -0.120      2<br>
    HC1  opls_140     0.060      2<br>
    HC2  opls_140     0.060      2<br>
    CAE  opls_158    -0.120      3<br>
    HE1  opls_140     0.060      3<br>
    HE2  opls_140     0.060      3<br>
    CAF  opls_158    -0.120      4<br>
    HF1  opls_140     0.060      4<br>
    HF2  opls_140     0.060      4<br>
    CAD  opls_158    -0.120      5<br>
    HD1  opls_140     0.060      5<br>
    HD2  opls_140     0.060      5<br>
    CAB  opls_157    -0.180      6<br>
    HB1  opls_140     0.060      6<br>
    HB2  opls_140     0.060      6<br>
    HB3  opls_140     0.060      6<br>
  [ bonds ]<br>
    CAA  HA1<br>
    CAA  HA2<br>
    CAA  HA3<br>
    CAA  CAC<br>
    CAC  HC1<br>
    CAC  HC2<br>
    CAC  CAE<br>
    CAE  HE1<br>
    CAE  HE2<br>
    CAE  CAF<br>
    CAF  HF1<br>
    CAF  HF2<br>
    CAF  CAD<br>
    CAD  HD1<br>
    CAD  HD2<br>
    CAD  CAB<br>
    CAB  HB1<br>
    CAB  HB2<br>
    CAB  HB3<br><br><br>3- Regarding pdb file:<br><br> 3-1-How did you create this pdb file? <br> 3-2- Why HETATM rather than ATOM?<br>I searched for HETATM and ATOM and I found this:<br>ATOM:Atomics coordinate records for standard groups<br>
HETATM: Atomics coordinate records for heterogens<br>What does this mean?<br><br>4-In my Pdb file I had zero numbers for the last two columns. What is the reason for 1 and 20 figures in this pdb file?<br><br>5-and finally, do I need to add the rtp file to ffoplsaa.rtp in share/gromacs/top directory?<br>
<br>Thank you for your help and time in advance. :)<br>
<br>
(in conjunction with the following .pdb file): <br>
<br>
HETATM    1  CAA HEX     1       8.330   1.510  -0.010  1.00 20.00             C<br>
HETATM    2  HA1 HEX     1       9.281   1.200  -0.024  1.00 20.00             H<br>
HETATM    3  HA2 HEX     1       8.154   2.080  -0.813  1.00 20.00             H<br>
HETATM    4  HA3 HEX     1       8.166   2.044   0.820  1.00 20.00             H<br>
HETATM    5  CAC HEX     1       7.400   0.300  -0.030  1.00 20.00             C<br>
HETATM    6  HC1 HEX     1       7.584  -0.267   0.773  1.00 20.00             H<br>
HETATM    7  HC2 HEX     1       7.573  -0.231  -0.860  1.00 20.00             H<br>
HETATM    8  CAE HEX     1       5.940   0.730  -0.010  1.00 20.00             C<br>
HETATM    9  HE1 HEX     1       5.754   1.291  -0.816  1.00 20.00             H<br>
HETATM   10  HE2 HEX     1       5.769   1.266   0.817  1.00 20.00             H<br>
HETATM   11  CAF HEX     1       5.010  -0.480  -0.020  1.00 20.00             C<br>
HETATM   12  HF1 HEX     1       5.192  -1.038   0.790  1.00 20.00             H<br>
HETATM   13  HF2 HEX     1       5.186  -1.020  -0.843  1.00 20.00             H<br>
HETATM   14  CAD HEX     1       3.540  -0.050  -0.010  1.00 20.00             C<br>
HETATM   15  HD1 HEX     1       3.357   0.507  -0.820  1.00 20.00             H<br>
HETATM   16  HD2 HEX     1       3.363   0.489   0.813  1.00 20.00             H<br>
HETATM   17  CAB HEX     1       2.610  -1.270  -0.020  1.00 20.00             C<br>
HETATM   18  HB1 HEX     1       1.658  -0.964  -0.013  1.00 20.00             H<br>
HETATM   19  HB2 HEX     1       2.780  -1.812  -0.843  1.00 20.00             H<br>
HETATM   20  HB3 HEX     1       2.785  -1.830   0.790  1.00 20.00             H<br>