<html>
<head>
<style><!--
.hmmessage P
{
margin:0px;
padding:0px
}
body.hmmessage
{
font-size: 10pt;
font-family:Verdana
}
--></style>
</head>
<body class='hmmessage'>
Dear Mr. Periole,<br><br>The atoms that are getting close are oxygen from a GLU residue and hydrogen from a LYS residue. <br><br>Abdullah<br><br><hr id="stopSpelling">From: x.periole@rug.nl<br>To: gmx-users@gromacs.org<br>Subject: Re: [gmx-users] Unneccessary bonding<br>Date: Mon, 3 May 2010 18:00:43 +0200<br><br><br><div><div>On May 3, 2010, at 5:52 PM, abdullah ahmed wrote:</div><br class="ecxApple-interchange-newline"><blockquote><span class="ecxApple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: medium; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px;"><div class="ecxhmmessage" style="font-size: 10pt; font-family: Verdana;">Thank you very much for your reply,<span class="ecxApple-converted-space">&nbsp;</span><br>I agree it is probably a visualization of the effect, and that there is no bond. However, the distance between the two atoms participating in this "phantom bond" is 1.4 A°. Isn't that too close? Shouldn't it be considered a clash?<span class="ecxApple-converted-space">&nbsp;</span><br></div></span></blockquote>1.4 is short for sure! an H-bond goes down to 1.0 ... and charged ions make (depending on their size) bonds with&nbsp;</div><div>water oxygen around 2.0 ...&nbsp;</div><div>If you have two opposite charges in front of each other that might well&nbsp;</div><div>be happening!&nbsp;</div><div>What kind of atoms are the ones getting close?&nbsp;<br><blockquote><span class="ecxApple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: medium; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px;"><div class="ecxhmmessage" style="font-size: 10pt; font-family: Verdana;"><br>Abdullah&nbsp;<span class="ecxApple-converted-space">&nbsp;</span><br><br><hr id="ecxstopSpelling">From:<span class="ecxApple-converted-space">&nbsp;</span><a href="mailto:x.periole@rug.nl">x.periole@rug.nl</a><br>To:<span class="ecxApple-converted-space">&nbsp;</span><a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>Subject: Re: [gmx-users] Unneccessary bonding<br>Date: Mon, 3 May 2010 17:36:29 +0200<br><br><br><div><div>On May 3, 2010, at 5:16 PM, abdullah ahmed wrote:</div><br class="ecxecxApple-interchange-newline"><blockquote><span class="ecxecxApple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: medium; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px;"><div class="ecxecxhmmessage" style="font-size: 10pt; font-family: Verdana;">Hello,<span class="ecxecxApple-converted-space">&nbsp;</span><br><br>I am a new user to GROMACS and so this question maybe somewhat naive.<span class="ecxecxApple-converted-space">&nbsp;</span><br><br>My objective is to run a few steps of minimization on a PDB structure and then obtain the energy value. To do so I ran the procedure suggested in the tutorial called "speptide" using the .mdp file provided in this procedure. &nbsp;<span class="ecxecxApple-converted-space">&nbsp;</span><br><br>The structure I am using has two oppositely charged residues facing each other. The initial distance(3.2 A°) is such that ionic interactions should occur between them, thereby creating a low coloumb energy score after minimization/molecular dynamics (check by looking at the log-file). However, a covalent bond is being created between them instead. This should not be happening.<span class="ecxecxApple-converted-space">&nbsp;</span><br></div></span></blockquote>What do you mean a covalent bond is being created! This is basically not possible!&nbsp;</div><div>Would that just be a visualization effect? This could result from the fact that the two atoms</div><div>get really close to each other and thereby your visualization program thinks it is a covalent</div><div>bond.<br><blockquote><span class="ecxecxApple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: medium; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px;"><div class="ecxecxhmmessage" style="font-size: 10pt; font-family: Verdana;"><br>Does anyone have any ideas on what may be happening and how I can fix it?<span class="ecxecxApple-converted-space">&nbsp;</span><br><br>If this information is not sufficient, please let me know, and thank you in advance.<br><br>Abdullah Ahmed<span class="ecxecxApple-converted-space">&nbsp;</span><br><br><hr>Hotmail: Free, trusted and rich email service.<span class="ecxecxApple-converted-space">&nbsp;</span><a href="https://signup.live.com/signup.aspx?id=60969">Get it now.</a><span class="ecxecxApple-converted-space">&nbsp;</span>--<span class="ecxecxApple-converted-space">&nbsp;</span><br>gmx-users mailing list &nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please search the archive at<span class="ecxecxApple-converted-space">&nbsp;</span><a href="http://www.gromacs.org/search">http://www.gromacs.org/search</a><span class="ecxecxApple-converted-space">&nbsp;</span>before posting!<br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<span class="ecxecxApple-converted-space">&nbsp;</span><br>www interface or send it to<span class="ecxecxApple-converted-space">&nbsp;</span><a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>Can't post? Read<span class="ecxecxApple-converted-space">&nbsp;</span><a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a></div></span></blockquote></div><br><br><hr>Your E-mail and More On-the-Go. Get Windows Live Hotmail Free.<span class="ecxApple-converted-space">&nbsp;</span><a href="https://signup.live.com/signup.aspx?id=60969">Sign up now.</a><span class="ecxApple-converted-space">&nbsp;</span>--<span class="ecxApple-converted-space">&nbsp;</span><br>gmx-users mailing list &nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please search the archive at<span class="ecxApple-converted-space">&nbsp;</span><a href="http://www.gromacs.org/search">http://www.gromacs.org/search</a><span class="ecxApple-converted-space">&nbsp;</span>before posting!<br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<span class="ecxApple-converted-space">&nbsp;</span><br>www interface or send it to<span class="ecxApple-converted-space">&nbsp;</span><a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>Can't post? Read<span class="ecxApple-converted-space">&nbsp;</span><a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a></div></span></blockquote></div><br>                                               <br /><hr />Your E-mail and More On-the-Go. Get Windows Live Hotmail Free. <a href='https://signup.live.com/signup.aspx?id=60969' target='_new'>Sign up now.</a></body>
</html>