
<html><head></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">Hi Vijaya,&nbsp;<div><br></div><div>please check out the newest 4.0 version from the git release-4-0-patches</div><div>branch. The make_edi problem should be fixed there.</div><div><br></div><div>Regards,</div><div>&nbsp;&nbsp;Carsten</div><div><br></div><div><br></div><div><br><div><div>On Apr 26, 2010, at 11:19 PM, vijaya subramanian wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite"><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; font-family: Helvetica; font-size: medium; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; "><div class="hmmessage" style="font-size: 10pt; font-family: Verdana; ">Hi<br>I checked again with Gromacs 4.0.7 and I find that I have a problem<br>with make_edi when I use eigenvec.trr files generated using g_covar<br>-nofit.&nbsp; I use the -nofit option because the data was already fit to a reference structure<br>using trjconv -fit rot+trans.<br>I end up with a segmentation fault when I use the following command:<br><br>make_edi -linfix "4,5,7,8" -outfrq 500 -f evec170nfit.trr -s fframe170compact.gro -o edsamp.edi -linstep ".000001 .000001 .000001 .000001"<br><br>As before I get the following message:<br><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :-)&nbsp; G&nbsp; R&nbsp; O&nbsp; M&nbsp; A&nbsp; C&nbsp; S&nbsp; (-:<br><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Good ROcking Metal Altar for Chronical Sinners<br><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :-)&nbsp; VERSION 4.0.7&nbsp; (-:<br><br><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Written by David van der Spoel, Erik Lindahl, Berk Hess, and others.<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Copyright (c) 2001-2008, The GROMACS development team,<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; check out<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span><a href="http://www.gromacs.org/">http://www.gromacs.org</a><span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span>for more information.<br><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; This program is free software; you can redistribute it and/or<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; modify it under the terms of the GNU General Public License<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; as published by the Free Software Foundation; either version 2<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; of the License, or (at your option) any later version.<br><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :-)&nbsp; make_edi&nbsp; (-:<br><br>Option&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Filename&nbsp; Type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Description<br>------------------------------------------------------------<br>&nbsp; -f evec170nfit.trr&nbsp; Input&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Full precision trajectory: trr trj cpt<br>-eig&nbsp;&nbsp; eigenval.xvg&nbsp; Input, Opt.&nbsp; xvgr/xmgr file<br>&nbsp; -s fframe170compact.gro&nbsp; Input&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Structure+mass(db): tpr tpb tpa gro<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; g96 pdb<br>&nbsp; -n&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; index.ndx&nbsp; Input, Opt.&nbsp; Index file<br>-tar&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; target.gro&nbsp; Input, Opt.&nbsp; Structure file: gro g96 pdb tpr tpb tpa<br>-ori&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; origin.gro&nbsp; Input, Opt.&nbsp; Structure file: gro g96 pdb tpr tpb tpa<br>&nbsp; -o&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; edsamp.edi&nbsp; Output&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ED sampling input<br><br>Option&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Type&nbsp;&nbsp; Value&nbsp;&nbsp; Description<br>------------------------------------------------------<br>-[no]h&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp; no&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Print help info and quit<br>-nice&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; int&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Set the nicelevel<br>-[no]xvgr&nbsp;&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp; yes&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Add specific codes (legends etc.) in the output<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; xvg files for the xmgrace program<br>-mon&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; string&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Indices of eigenvectors for projections of x<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; (e.g. 1,2-5,9) or 1-100:10 means 1 11 21 31 ... 91<br>-linfix&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; string 4,5,7,8&nbsp; Indices of eigenvectors for fixed increment<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; linear sampling<br>-linacc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; string&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Indices of eigenvectors for acceptance linear<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; sampling<br>-flood&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; string&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Indices of eigenvectors for flooding<br>-radfix&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; string&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Indices of eigenvectors for fixed increment<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; radius expansion<br>-radacc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; string&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Indices of eigenvectors for acceptance radius<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; expansion<br>-radcon&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; string&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Indices of eigenvectors for acceptance radius<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; contraction<br>-outfrq&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; int&nbsp;&nbsp;&nbsp; 500&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Freqency (in steps) of writing output in .edo file<br>-slope&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; real&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Minimal slope in acceptance radius expansion<br>-maxedsteps&nbsp; int&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Max nr of steps per cycle<br>-deltaF0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; real&nbsp;&nbsp; 150&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Target destabilization energy&nbsp; - used for flooding<br>-deltaF&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; real&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Start deltaF with this parameter - default 0,<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; i.e. nonzero values only needed for restart<br>-tau&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; real&nbsp;&nbsp; 0.1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Coupling constant for adaption of flooding<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; strength according to deltaF0, 0 = infinity i.e.<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; constant flooding strength<br>-eqsteps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; int&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Number of steps to run without any perturbations<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span><br>-Eflnull&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; real&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; This is the starting value of the flooding<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; strength. The flooding strength is updated<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; according to the adaptive flooding scheme. To use<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; a constant flooding strength use -tau 0.<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span><br>-T&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; real&nbsp;&nbsp; 300&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; T is temperature, the value is needed if you want<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; to do flooding<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span><br>-alpha&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; real&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Scale width of gaussian flooding potential with<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; alpha^2<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span><br>-linstep&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; string .000001 .000001 .000001 .000001&nbsp; Stepsizes (nm/step) for<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; fixed increment linear sampling (put in quotes!<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; "1.0 2.3 5.1 -3.1")<br>-accdir&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; string&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Directions for acceptance linear sampling - only<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; sign counts! (put in quotes! "-1 +1 -1.1")<br>-radstep&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; real&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Stepsize (nm/step) for fixed increment radius<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; expansion<br>-[no]restrain&nbsp; bool no&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Use the flooding potential with inverted sign -&gt;<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; effects as quasiharmonic restraining potential<br>-[no]hessian bool&nbsp;&nbsp; no&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; The eigenvectors and eigenvalues are from a<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Hessian matrix<br>-[no]harmonic&nbsp; bool no&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; The eigenvalues are interpreted as spring constant<br><br>list -linfix consist of the indices:4 5 7 8<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span><br>list -linacc consist of the indices:<br>list -flood consist of the indices:<br>list -radfix consist of the indices:<br>list -radacc consist of the indices:<br>list -radcon consist of the indices:<br>list -mon consist of the indices:<br>trn version: GMX_trn_file (single precision)<br>Eigenvectors in evec170nfit.trr were determined without fitting<br>Read non mass weighted average/minimum structure with 4128 atoms from evec170nfit.trr<br>Read 2000 eigenvectors (for 4128 atoms)<br><br><br>Select an index group of 4128 elements that corresponds to the eigenvectors<br>Opening library file /sw/analysis/gromacs/4.0.7/centos5.4_pgi8.0.4/share/gromacs/top/aminoacids.dat<br>Group&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0 (&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; System) has&nbsp; 4128 elements<br>Group&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 (&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Protein) has&nbsp; 4128 elements<br>Group&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2 (&nbsp;&nbsp; Protein-H) has&nbsp; 4128 elements<br>Group&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3 (&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C-alpha) has&nbsp; 4128 elements<br>Group&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4 (&nbsp;&nbsp;&nbsp; Backbone) has&nbsp; 4128 elements<br>Group&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5 (&nbsp;&nbsp; MainChain) has&nbsp; 4128 elements<br>Group&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6 (MainChain+Cb) has&nbsp; 4128 elements<br>Group&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7 ( MainChain+H) has&nbsp; 4128 elements<br>Group&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8 (&nbsp;&nbsp; SideChain) has&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0 elements<br>Group&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9 ( SideChain-H) has&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0 elements<br>Select a group: 3<br>Selected 3: 'C-alpha'<br><br>Segmentation fault<br><br>With the eigenvector.trr generated using g_covar -fit option I don't get the<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span><br>segmentation fault.&nbsp; The following line in the above log file<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span><br>" Eigenvectors in evec170nfit.trr were determined without fitting" is replaced instead<br>with<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span><br>"Read non mass weighted reference structure with 4128 atoms from evec170fit.trr"<br>and I get the edsamp.edi file.<br><br>I already performed covariance analyses using the -nofit option on my large protein and would like to use the results I have so far if possible.&nbsp; If anyone knows<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span><br>what the problem is, it would be of great help.<br><br>Thanks<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span><br>Vijaya<br><br><hr id="stopSpelling">From:<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span><a href="mailto:ckutzne@gwdg.de">ckutzne@gwdg.de</a><br>Subject: Re: [gmx-users] make_edi<br>Date: Fri, 23 Apr 2010 10:05:12 +0200<br>To:<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span><a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><br>Hi&nbsp;<span class="ecxApple-style-span" style="font-family: Verdana; font-size: 13px; ">Vijaya,</span><div><font class="ecxApple-style-span" face="Verdana" size="3"><span class="ecxApple-style-span" style="font-size: 13px; "><br></span></font></div><div><font class="ecxApple-style-span" face="Verdana" size="3"><span class="ecxApple-style-span" style="font-size: 13px; ">what version of Gromacs is this and how big do the trr files</span></font></div><div><font class="ecxApple-style-span" face="Verdana" size="3"><span class="ecxApple-style-span" style="font-size: 13px; ">have to be so that the segv shows up?</span></font></div><div><font class="ecxApple-style-span" face="Verdana" size="3"><span class="ecxApple-style-span" style="font-size: 13px; "><br></span></font></div><div><font class="ecxApple-style-span" face="Verdana" size="3"><span class="ecxApple-style-span" style="font-size: 13px; ">Carsten</span></font></div><div><font class="ecxApple-style-span" face="Verdana" size="3"><span class="ecxApple-style-span" style="font-size: 13px; "><br></span></font></div><div><font class="ecxApple-style-span" face="Verdana" size="3"><span class="ecxApple-style-span" style="font-size: 13px; "><br></span></font></div><div><font class="ecxApple-style-span" face="Verdana" size="3"><span class="ecxApple-style-span" style="font-size: 13px; "><br></span></font><div><div>On Apr 22, 2010, at 6:56 PM, vijaya subramanian wrote:</div><br class="ecxApple-interchange-newline"><blockquote><span class="ecxApple-style-span" style="border-collapse: separate; font-family: Helvetica; font-size: medium; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; "><div class="ecxhmmessage" style="font-size: 10pt; font-family: Verdana; ">Hi<br>When I run make_edi with a small eigenvec.trr file it works, but gives me a segmentation fault when I input large .trr files generated using g_covar.&nbsp; These large eigenvector<br>files work well with g_anaeig and I have used them to generate projections as well as filtered trajectories.<br>The command line with options for make_edi is given below:<span class="ecxApple-converted-space">&nbsp;</span><br><br>make_edi -linfix "4,5,7,8" -outfrq 500 -f eigvec.trr -s fframe.gro&nbsp; -o edsamp.edi -linstep ".0001 .0001 .0001 .0001"<br><br><br>One option would be to read the large eigenvec.trr file and write out only the eigenvectors<br>I need to a new file.&nbsp; Is there some way I can do that?&nbsp; Else, is there some way to modify<br>make_edi so I don't get a segmentation fault.<br><br>Thanks<br>Vijaya<br><br><hr>The New Busy think 9 to 5 is a cute idea. Combine multiple calendars with Hotmail.<span class="ecxApple-converted-space">&nbsp;</span><a href="http://www.windowslive.com/campaign/thenewbusy?tile=multicalendar&amp;ocid=PID28326::T:WLMTAGL:ON:WL:en-US:WM_HMP:042010_5">Get busy.</a><span class="ecxApple-converted-space">&nbsp;</span>--<span class="ecxApple-converted-space">&nbsp;</span><br>gmx-users mailing list &nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please search the archive at<span class="ecxApple-converted-space">&nbsp;</span><a href="http://www.gromacs.org/search">http://www.gromacs.org/search</a><span class="ecxApple-converted-space">&nbsp;</span>before posting!<br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<span class="ecxApple-converted-space">&nbsp;</span><br>www interface or send it to<span class="ecxApple-converted-space">&nbsp;</span><a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>Can't post? Read<span class="ecxApple-converted-space">&nbsp;</span><a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a></div></span></blockquote></div><br><div><span class="ecxApple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 14px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; "><span class="ecxApple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 14px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; "><div><div><span class="ecxApple-style-span" style="font-size: medium; "><br></span></div></div></span></span></div></div><br><hr>Hotmail is redefining busy with tools for the New Busy. Get more from your inbox.<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span><a href="http://www.windowslive.com/campaign/thenewbusy?ocid=PID28326::T:WLMTAGL:ON:WL:en-US:WM_HMP:042010_2" target="_new">See how.</a><span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span>--<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span><br>gmx-users mailing list &nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please search the archive at<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span><a href="http://www.gromacs.org/search">http://www.gromacs.org/search</a><span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span>before posting!<br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span><br>www interface or send it to<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span><a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>Can't post? Read<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span><a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a></div></span></blockquote></div><br><div>

<span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 14px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: auto; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0; "><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 14px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><div><br class="Apple-interchange-newline">--</div><div>Dr.&nbsp;Carsten Kutzner</div><div>Max Planck Institute for Biophysical Chemistry</div><div>Theoretical and Computational Biophysics</div><div>Am Fassberg 11,&nbsp;37077 Goettingen, Germany</div><div>Tel. +49-551-2012313, Fax: +49-551-2012302</div><div><a href="http://www.mpibpc.mpg.de/home/grubmueller/ihp/ckutzne">http://www.mpibpc.mpg.de/home/grubmueller/ihp/ckutzne</a></div><div><br></div></div><br class="Apple-interchange-newline"></span><br class="Apple-interchange-newline"></span>

</div>

<br></div></body></html>