Anthony,<div><br></div><div>Thank you very much!!!!  Your suggestions worked!  I really appreciate your help...I have been trying to figure this out for hours!  Have a good night!</div><div><br></div><div>Emily<br><br><div class="gmail_quote">
On Wed, May 5, 2010 at 9:55 PM, Anthony Cruz Balberdi <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:acb15885@uprm.edu">acb15885@uprm.edu</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">
Sorry for my bad english... That happens to me but in linux. If you<br>
are using mkl &gt;= 10 you need to change the way the libraries are<br>
called. Search the configuration file for the lines were the mkl are<br>
called. Search for -lmkl and change -lmkl with -lmkl_i n t e l_lp64<br>
-lmkl_sequential -lmkl_core<br>
<br>
Also you will need to specified the path to the include and lib for mkl with<br>
<br>
 CPPFLAGS=&quot;-I/o p t / i n t e l /m k l / 1 0 . 0 . 2 . 0 1 8 / i n c l u d e /&quot;<br>
<br>
LDFLAGS=&quot;-L/ o p t / i n t e l /m k l / 1 0 . 0 . 2 . 0 1 8 / l i b /<br>
e m 6 4 t &quot;<br>
<br>
 But use the correct path. Hope this help. If you gat confused google<br>
for gromacs intel.<br>
<br>
Best regards<br>
<br>
Anthony<br>
<br>
On Wed, May 5, 2010 at 7:25 PM, Anthony Cruz Balberdi<br>
&lt;<a href="mailto:anthony.cruz5@upr.edu">anthony.cruz5@upr.edu</a>&gt; wrote:<br>
&gt; Sorry for my bad english... That happens to me but in linux. If you are using mkl &gt;= 10 you need to change the way the libraries are called. Search the configuration file for the lines were the mkl are called. Search for -lmkl and change -lmkl with -lmkl_i n t e l_lp64 -lmkl_sequential -lmkl_core<br>

&gt;<br>
&gt; Also you will need to specified the path to the include and lib for mkl with<br>
&gt;<br>
&gt;  CPPFLAGS=&quot;-I/o p t / i n t e l /m k l / 1 0 . 0 . 2 . 0 1 8 / i n c l u d e /&quot;<br>
&gt;<br>
&gt; LDFLAGS=&quot;-L/ o p t / i n t e l /m k l / 1 0 . 0 . 2 . 0 1 8 / l i b / e m 6 4 t &quot;<br>
&gt;<br>
&gt;  But use the correct path. Hope this help. If you gat confused google for gromacs intel.<br>
&gt;<br>
&gt; Best regards<br>
&gt;<br>
&gt; Anthony<br>
<div class="im">&gt;<br>
&gt; -----Original Message-----<br>
&gt; From: Justin A. Lemkul &lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;<br>
&gt; Sent: Wednesday, May 05, 2010 5:15 PM<br>
&gt; To: Discussion list for GROMACS users &lt;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>
&gt; Subject: Re: [gmx-users] Mac OS X with MKL<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; Emily Curtis wrote:<br>
&gt;&gt; Hi.  I am also trying to build Gromacs with MKL on a Mac OS X.  I get the same error that you reported:<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; checking for mkl.h... yes<br>
&gt;&gt; checking for DftiComputeForward in -lmkl... no<br>
&gt;&gt; configure: error: Cannot find Intel Math Kernel Library &gt;= 6.0<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; Did you ever figure out how to fix this?  I would really appreciate your help.<br>
&gt;<br>
&gt; I don&#39;t have much to contribute other than that this has been an issue for a<br>
&gt; long time apparently:<br>
&gt;<br>
&gt; <a href="http://lists.gromacs.org/pipermail/gmx-users/2007-March/026158.html" target="_blank">http://lists.gromacs.org/pipermail/gmx-users/2007-March/026158.html</a><br>
&gt;<br>
&gt; Those are the only tips I could find in the archive.<br>
&gt;<br>
&gt; Try using FFTW instead, maybe :)<br>
&gt;<br>
</div>&gt; -Justin<br>
&gt;<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; Emily--<br>
<div class="im">&gt;&gt; gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
&gt;&gt; <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
&gt;&gt; Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
&gt;&gt; Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
&gt;&gt; www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
&gt;&gt; Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
&gt;&gt;<br>
&gt;<br>
</div>&gt; --<br>
<div class="im">&gt; ========================================<br>
&gt;<br>
&gt; Justin A. Lemkul<br>
&gt; Ph.D. Candidate<br>
&gt; ICTAS Doctoral Scholar<br>
&gt; MILES-IGERT Trainee<br>
&gt; Department of Biochemistry<br>
&gt; Virginia Tech<br>
&gt; Blacksburg, VA<br>
&gt; jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | (540) 231-9080<br>
&gt; <a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
&gt;<br>
&gt; ========================================<br>
&gt; --<br>
</div><div><div></div><div class="h5">&gt; gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
&gt; <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
&gt; Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
&gt; Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
&gt; www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
&gt; Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
&gt;<br>
&gt;<br>
--<br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
</div></div></blockquote></div><br></div>