<br clear="all">Hi gromacs users,<br><br>I am using Gromacs 4.0.4 package. I am doing SMD of a ligand transport through a channel. <br><br>I performed SMD and did umbrella sampling (Thanks to Justin for his  tutorial). Extracted frames with a window spacing interval  of ~0.12nm. and did 1ns sampling. Histograms are with reasonabvle overlap. Then I used g_wham for plotting PMF considering first 300ps as equilibration. <br>
<br>I am getting a plot , but potential is increasing constantly. ie, PMF is not converged as mentioned the tutorial? Do I need to extend the sampling ? or any other reason?<br><br>Please help me.<br>Thank you.<br><br>-Aswathy<br>